2、農業科技產業化龍頭企業數量少，規模小。與發達國家相比，我國農業科技產業化龍頭企業數量小，有國際競爭力的更是鳳毛麟角，多數還處於產業化的初級發展階段，規模小，自主研發能力差，而數量眾多、高層次的科技人才仍主要集中在大學和政府研究機構中“吃皇糧”，不願到企業中去。科研與產業化脫節的情況仍然十分嚴重。
3、企業化的運行機製尚未建立起來。
目前，我國的農業科技成果產業化過程仍然沒有在一個企業內或企業與科研單位、大學的“雙贏”合作中完成，相當多的國家科研機構和大學仍然是向政府要課題，研究出成果後再交給政府，政府再組織推廣機構進行推廣，或者就束之高閣，事實上造成了農業科研、生產、銷售的階段化、部門利益化，嚴重地阻礙了科技成果產業化。
4、外部環境建設差。我國政府尚未為推進農業科技產業化發展創造一個有利於發展的良好外部環境。(1)、相關的法律法規體係不完備，知識產權交易不規範，使許多企業對新的科研成果望而卻步。(2)、缺乏支持農業科技產業化的稅收優惠政策體係，企業用於科研的儀器設備購置費、技術轉讓收益等，都尚未納入免稅或抵扣稅金的範圍。(3)、國家對農業科技產業化的補貼政策落實不到位，企業難以吸引優秀科研人才進入企業工作。(4)、國家設立的政府科研機構過多，客觀上阻礙了科技經濟一體化的實現，必然影響農業科技產業化一體化的發展。
三、促進中國農業科技產業化發展的對策
1、完善政策體係，鼓勵多渠道創辦農業科技產業化龍頭企業。減少國家辦農業科研機構的數量，凡是從事與農業科技產業化相關聯的科研機構，都應轉製為企業，或並入國家重點農業產業化龍頭企業，以提高農業科技產業化的一體化水平。鼓勵支持企業和個人與科研單位、大學以參股、兼並、合同等方式聯辦農業科技產業化企業。鼓勵支持組建大型農業科技產業化集團，使科研、生產、銷售等產業化環節在企業內部完成，增強企業的國際競爭力。大力發展民營農業科技產業化龍頭企業，吸收民間資本投入農業科技產業化發展，加快農業科技產業化企業的資本聚集和科研能力建設。
2、充分發揮政府的協調組織作用，整合各類資源，推進科技經濟一體化。農業科技產業化是一個係統工程，是知識創新、技術創新、成果轉化、規模化生產各個環節的整合與集成，根據我國目前的實際，大多數企業都還難以全麵完成這些資源的整合和集成，必須發揮政府的組織協調功能。首先政府應采取有力措施促進產學研的聯合，特別是要支持科研機構進入企業，培育一批研究、開發、生產、銷售一體化的大型產業化龍頭企業。第二，以開放、流動、競爭、協作作為科研運行的首要原則，加大現有農業、科研、企業、大學及資金、技術、市場、人才等資源的整合和優化配置，鼓勵支持各類農業產業化龍頭企業與科研單位、高等院校及企業科研機構的合作，建立大型的科技型產業化龍頭企業集團，大幅度提高我國農業科技產業化水平。
3、加強農業科技產業化外部環境的建設。借鑒發達國家的經驗，我國在加強農業科技產業化外部環境建設方麵，應重點加強三個方麵：一是完善相關法律法規體係建設。製度是減少交易成本的潤滑劑，市場經濟是法製經濟，健全的法律法規體係，是農業科技產業化健康發展的重要保障。應加快建立知識產權法律法規政策體係，鼓勵支持農業科技產業化發展的法規政策體係，促進和保障農業科技產業化的健康發展。二是要鼓勵和支持建立促進農業科技產業化發展的多元化融資體係。包括：降低農業科技產業化龍頭企業上市融資的門檻；製定農業科技產業化龍頭企業利用外資的優惠政策；設立農業科技產業化龍頭企業銀行貸款貼息專項資金；簡化農業科技產業化龍頭企業發行企業債券的手續；國家加大農業科技產業化龍頭企業進行研究開發的資金支持力度，使其盡快成為農業科技產業化發展中科研與開發的主體。三是建立稅收優惠政策體係。包括對農業科技產業化龍頭企業的研究開發實行稅收優惠；製定鼓勵和吸引企業研究開發投入的減免稅、退稅及允許企業技術開發費用或購買技術費用抵扣稅金等政策。