但是，這個問題由於牛頓和萊布尼茨都沒有作聲而擱置起來。那時他們的關係還是比較好的，都能以比較公正和冷靜的態度對待對方。
萊布尼茨到英國訪問，並沒有得到什麼秘密，因為牛頓給奧爾登伯格等人的信件中是以字跡形式闡述微積分思想的。他們兩人是獨自發明微積分的，隻是使用符號不同。
但是1708年，牛津大學天文學家凱爾在《哲學學報》上發表文章，再次提出牛頓是微積分的最先發明者，說1705年發表在《學術學報》上的一篇匿名文章是萊布尼茨寫的，並且文章暗示微積分是流數術的改頭換麵。對此萊布尼茨提出控告，要凱爾公開道歉。1711年《學術學報》發表評論員文章，說牛頓是“剽竊”。
這樣一來，爭論的性質就發生了根本變化，由爭奪優先權，到指責為剽竊，雙方的爭論升級。英國的學者都站在牛頓一方，歐洲其他一些國家的學者都站在萊布尼茨一方。而且在爭論中雙方都帶上了嚴重的感情色彩，陷入到狹隘的民族主義當中，好像都是為了民族尊嚴而戰似的。
在這種情況下，牛頓的情緒也發生了轉變。1712年3月，在牛頓的領導下，皇家學會專門成立了一個由哈雷等六人組成的委員會，專門負責對此事進行調查和評價。
最後他們得出結論：牛頓是微積分的第一個發明者，萊布尼茨是第二個發明者，並說牛頓的流數術內容由柯林斯在信中告訴了萊布尼茨。實際上這是暗示萊布尼茨有剽竊之嫌，帶有很大的傾向性。
當萊布尼茨向皇家學會申訴這對他不公正時，皇家學會卻否認對委員會的報告負有責任。
對於這場爭論，英國王室也非常關注。
萊布尼茨給人的印象至少是一個彬彬有禮，老於世故的人。即便當他用匿名的方式含沙射影地對牛頓進行攻擊時，他也從不錯過任何一次當眾讚揚牛頓的機會。
1701年，一位爵士與萊布尼茨在柏林的王宮中共進晚餐，當普魯士女王問萊布尼茨他對牛頓的看法時，萊布尼茨說，自從數學在世界上起源到伊薩克爵士時代，有一大半是牛頓的功勞。他還補充說，當他碰到某個難題時，他問遍歐洲所有的學者都不能獲得滿意的答複，可當他寫信向伊薩克爵士請教時，牛頓會在首批郵件中給他寄來答案，告訴他如何去做，然後他就能解決這個問題。
而在兩年前，萊布尼茨曾以匿名的方式暗示說：有人在懸鏈線所犯的錯誤便是由於牛頓的方法有缺陷。
第二次挑戰發生在1716年，那時牛頓已經74歲，萊布尼茨又想出一個問題，再次向牛頓發難，問題是：“對於一個參數曲線來說，正交常角的軌道是什麼？”這一次，萊布尼茨很慶幸，以為這一次可以把牛頓難住了。
牛頓收到這個問題時剛剛下班回家，經過短暫的思考，在睡覺前給出了解答。這一反擊是致命的，它不僅證明了牛頓絕對是前無古人、後無來者的數學天才，而且，這也向人們宣告：踏上仕途的牛頓的數學天分還同年輕時一樣強大，他還擁有超常的創造力。
萊布尼茨沒有對此做任何評論，他知道自己並非不智，隻是絕對無法與牛頓一較短長罷了。從此他一直保持沉默，沒有再提出什麼問題，直至1716年11月14日離開人世，這場曠日持久的爭論也到了盡頭。
似乎是牛頓取得了最終的勝利，但實際上沒有人在這場爭論中取得勝利，這隻不過是一場悲劇，悲劇的結果便是無論萊布尼茨和牛頓，都沒能在微積分上走得比對方更遠一些。如果他們能夠像爭論之前一樣互通有無，共學共進，至少不要把時間浪費在攻擊對方和自我辯解上，一切便會朝更好的方向發展。
最後，還是讓瑞士人和法國人占了先，他們在牛頓數學理論基礎上，采用萊布尼茨先進的表達法，進一步完善了微積分，使其更加簡單而實用。
如果牛頓沒有受到那些所謂摯友的慫恿和提攜，沒有去做什麼造幣廠廠長，他很可能會很容易創造出作為物理和數學探索工具的僅次於微積分的變分法，而不會把它留給伯努利、歐拉和拉格朗日去開創了。
但如果就是如果，曆史由不得假設，雖然牛頓沒能繼續發展他的理論，但作為微積分的第一個發明者，已經得到了科學界的公認，並且將因此為後世所銘記。
樂於搞慈善捐贈
晚年的牛頓非常注重將自己的形象留給後人。他不僅在晚年而且自他到倫敦以來，就不斷讓人替自己畫像，繼1702年內勒給他畫完像之後，不到四年便會有一幅新作問世。
在牛頓生命的最後十年中，畫像似乎成了他的一個嗜好。繼內勒在1702年替他繪製了一幅之後，耶瓦在1703年給他也畫了一幅；甘地在1706年又給他繪了一幅，桑希爾在1709至1710年兩次給他畫像。1714年，他坐下來讓裏奇替他繪製一幅小型畫像。同年，他又讓勒·馬錢德替自己用象牙雕刻了一座半身像。
四年之後，也就是1718年，勒·馬錢德又替牛頓雕刻了一座半身像和其它一些浮雕。同年，穆雷還替他繪製了一幅畫像。1720年，內勒繪製了自己的第三幅畫像，在牛頓1723年去世前的三年中，他又替康迪特繪製了兩幅。1725年，範德班克為牛頓繪製了兩幅畫像，1726年繪製了第三幅，而西曼在1726年也替牛頓繪製了一幅。
在牛頓的晚年有證據證明達爾也替他繪製了一幅畫像。現存的還有兩幅他晚年的畫像是由兩位不知名的藝術家繪製的，其中一幅放在國家畫像藝術館中，另一幅由赫弗和他的兒子們所有。
其中一幅或兩幅可能是複製品，有一幅可能是達爾的作品。雖然這些畫像有許多或大部分都是由其他人委托製作的，但這些畫像也隻有在牛頓的配合下才畫得出來。不管怎麼估算，這都是一個不小的數字，用著迷這個詞來形容牛頓對畫像的喜愛似乎並不過分。
牛頓晚年經常從事的另一項活動是慈善捐贈。他將大部分財產捐贈給了他家族的各個旁支，因為當時他是這個家族中最富有的人，其他成員都指望他能給予幫助。18世紀早期，他們生活中的痛苦多於歡樂，他們帶著痛苦來找富裕的牛頓爵士。他的同母異父妹妹的丈夫去世之後，瑪麗·史密斯·皮爾金頓像她妹妹漢納一樣也成了寡婦，牛頓同樣對她給予資助，後來他定期每季度給她寄去九英鎊以供她的女兒瑪麗的生活費用。※愛好慈善事業是一個人崇高精神境界的反映，我們也應培養這種品質，多為世界奉獻愛心。
牛頓還替他妹妹的兒子托馬斯·皮爾金頓擔保，讓他可以得到貸款。除了他們之外，還有很多人需要牛頓資助。
由於命運的安排，經常有很多窮親戚上門求助。他的賑濟不僅限於他的家族成員，在他的個人書信中，還有很多求助信，這些信件表明牛頓在他周圍的人中是一位有名的慈善家。
這些信中的某些內容還證明，他對很多求助信予以答複。在倫敦居住多年，與很多人建立起來的持久友誼以及他所進行的這些捐助活動，大大改善了他與萊布尼茨之爭在世人心目中留下的印象。
牛頓在他的晚年，喜歡回憶在他一生中起過重要作用的各種話題。至少有三個人都分別聽他講過有關蘋果與萬有引力的故事。
1725年3月7日，牛頓同康迪特進行了一次關於宇宙中各種循環的長時間的談話，康迪特將這次談話的內容記入備忘錄。牛頓告訴他說他相信有一場天體革命，來自太陽的光和氣聚集到一起形成二級物體，例如月亮，而這些二級物體又繼續聚集更多的物質，變成主要的行星，最後變成彗星，而彗星反過來又落入太陽以補充太陽所散失的物質。
牛頓認為1680年發現的那顆大彗星，在圍繞軌道運行五六次或更多次之後，會落入太陽，由於太陽的熱量一下子增加太多，地球上的生命將會毀滅。
牛頓繼續說道，人類是近代才出現的，地球上已有的毀滅跡象可以證明他所預言的這種災難以前曾發生過。
康迪特問他既然生命曾經被毀滅過，那地球上怎麼可能又有生命呢？
牛頓回答他說，這就需要一個造物主了。
“為什麼您不像開普勒那樣將自己的推測公之於眾呢？”“我不讚同推測。”
牛頓拿起《原理》，指給康迪特看書中的一些暗示，那些暗示表明了他對彗星的看法。為什麼他不將它清楚地表述出來呢？他笑了笑說，他發表的已經夠多的了，人們足以從中了解他的意思。
就在牛頓去世前不久，他還與某個不知名的朋友一起回顧了他的一生，並做了一個簡要的概括。他的這段總結真可謂是對追求真理的一生最精彩的回顧：
“我不知道世人怎樣看我，但我自認為我不過像一個在海邊玩耍的孩童，不時為找到比常見的更光滑的石子或更美麗的貝殼而欣喜，而展現在我麵前的是全然未被發現的浩瀚的真理海洋。”