這是明史上的記載，至於李自成為何沒有出現在這三大起義軍之中，卻是因為李自成自從陝甘失利之後，一直呆在河南的大山裏遊蕩，這裏人煙稀少，因而明政府將眼光主要放在了張獻忠這些人身上，而當時在某些明政府官吏嚴重甚至以為李自成已經死在了那個疙瘩裏麵了。李自成的事在那時不提及，再說楊嗣昌關於對張獻忠部的打擊策略布置，在正月，左良玉就任大將軍不久，便率軍拜起義軍於枸坪關，張獻忠敗走，而左良玉也一雪當日兵敗簸箕寨之恥，之後楊嗣昌認為張獻忠必定折回陝西，便命令左良玉以主力屯兵興安、平利，另外派遣一支偏師追趕張獻忠就可以了，可是左良玉不同意，他認為以偏師追剿未必能夠成功，更何況他也不認為張獻忠會再回陝西去，若是一旦去了四川平原，那麼形式是相當不利的。
二人的爭論點出現了，那是誰也不服誰，這個時候的楊嗣昌或許有些後悔了，他覺得自己不該找左良玉出來，這個人實在是太難安排了，隻不過木已沉舟，那是沒有辦法的事。而就在兩人誰也說服不了誰的情況下，左良玉竟是獨自一人帶兵從漁溪進四川去追張獻忠了，對於左良玉這個行徑楊嗣昌自然是相當惱怒，不過此時的左良玉已是今非昔比，那是兵強馬壯，他楊嗣昌雖是督師那也拿他沒辦法，沒轍。楊嗣昌隻得一紙奏折遞了上去，一切還是交給崇禎評斷。其實楊嗣昌這般做法意思也很明了，他楊嗣昌字據都立好了，照此存照，他左良玉打了敗仗與我無關。
楊嗣昌的辦法很精明，這一不哭二不鬧，事情就與自己這麼撇開了關係，不過讓楊嗣昌沒有想到的是，左良玉的判斷是對的，而且在四川瑪瑙山一戰之中，左良玉大敗張獻忠，連同張獻忠妻妾七口，外加軍師潘獨鼇都讓左良玉一鍋給端了。
這一戰，左良玉自然功勞最高，當然也和楊嗣昌沒關係，誰叫他老早就和左良玉出兵撇清了關係，北京城裏的崇禎得到左良玉大敗張獻忠義軍的捷報自然是欣喜萬分，立馬給左良玉加了官，而這一加還是太子少保，雖是虛銜，那也是堂堂正二品大員，比起楊嗣昌也不遑多讓。然而此處有一個疑慮，當年崇禎亡國之日，曾說‘君非亡國之君，臣皆亡國之臣’，李自成《登極詔》也說“君非甚暗（崇禎皇帝不算太糟），孤立而煬灶恒多；臣盡行私，比黨而公忠絕少。”因而引來後世許多人皆是同情崇禎說他並非什麼亡國之君，皆是因為臣下無能。不過從此處看來崇禎明知督、將二人不和（之前楊嗣昌上書為證），卻又在獲知捷報之後重重賞賜左良玉一人，並不追究什麼抗命一說，這又無疑是加劇督、將二人之間的矛盾更深，也同時助長其他武將的獨斷專行，勢必會對督師楊嗣昌造成很多方麵的不利，因而可以說崇禎此人對於用人、禦人方麵是相當差勁的，可以說明朝亡國，在很大程度上他的因素是要多於自己臣下的。而在瑪瑙山大捷之後，左良玉果然是更加跋扈，根本也不再將楊嗣昌放在眼裏，而此時此刻二人之間的矛盾那也是越來越深，然而這個時候，一個人的告密無疑使得這督、將二人之間的關係那是形同水火，而這個人便是總兵賀人龍，時人稱之為‘賀瘋子’。
事情的經過是這樣的，當初剛剛接任‘平賊將軍’不久的左良玉很快便被楊嗣昌看出端倪，楊嗣昌當即認為左良玉這人實在是桀驁不馴，以後勢必難以控製，不過這個時候詔命已下，而且當初強烈推薦左良玉的也正是他楊嗣昌，楊嗣昌心裏明白自己如果這個時候提出換人那無疑是自己扇自己的臉皮，這種丟臉麵的事楊嗣昌不會去做，何況當時明政府內部黨患嚴重，楊嗣昌心中明白自己這個位置那是時刻有人惦記著。當然楊嗣昌不換將不意味著他不想換將，而當時總兵賀人龍同樣是戰功赫赫，於是楊嗣昌就私底下跟賀人龍說，隻要他好好表現這左良玉的位置遲早是他的，不過隨著左良玉瑪瑙山大捷，楊嗣昌一時也就拿捏不好主意了，對於賀人龍卻是一推再推，而本來以為楊嗣昌會任命自己做大將的賀人龍自然就不滿了，想必此人也是在這之前在自己軍中多散布自己要被任命為大將軍的小道消息，現如今眼見希望破滅，做不成大將了，自然是在軍中丟了臉皮，這極度的不滿那也是正常的。不過這賀人龍做的也絕，立馬就將楊嗣昌準備換將的消息給告訴了左良玉，左良玉聽聞這個消息那自然是火冒三丈，就差舉兵前去滅了楊嗣昌，而當時這督、將二人關係到了什麼地步，明史上有這麼一段記載，當獻忠之敗走也，追且及，遣其黨馬元利操重寶啖良玉曰：“獻忠在，故公見重。公所部多殺掠，而閣部猜且專。無獻忠，即公滅不久矣。”良玉心動，縱之去。這是一段明史原文，明史雖是清朝人編撰的，其可信性多少暫不提，但是就這一段描寫卻是可信的。
總之，楊嗣昌想要換將的心思不僅使得左良玉與他更加的水火不容，而且使得總兵賀人龍對他同樣是深懷不滿，之後也走上了左良玉的老套路，屬管不屬調，擁兵自重，避免與義軍作戰，自保實力，後來結果被孫傳庭處死。就這樣，因為換將，弄得兩麵都不討好的楊嗣昌在當時自己督師的湖廣眾將中聲望自然是一日不如一日，而乘這個機會張獻忠部才得以脫離包圍圈，返回興山、房縣。而就在同年秋，張獻忠、羅汝才兩部義軍為了擺脫困境，開始向四川進軍。而對於義軍這一部署，明政府做出什麼對策，在明史中有這樣的記載，當時監軍萬元吉知道良玉驕橫，無法調用，敦勸嗣昌讓軍隊前鋒悄悄跟隨在敵軍後麵，後邊的兵力一齊跟上去，自己從小路出梓潼扼守歸州，以便等候救援的部隊來。嗣昌沒有采用他的計策。不過此處卻又是有一點疑慮，為何是監軍萬元吉看出左良玉驕橫，難道楊嗣昌就不清楚，不，楊嗣昌自然心中十分清楚，但是為何沒有采納萬元吉的策略，或許隻是因為楊嗣昌對於勝利的渴望實在是太過於急切，或許是心中對左良玉還抱有那麼一絲的希望，當然曆史沒有或許，總之，這一場追擊對於楊嗣昌來說無疑是一場噩夢的開始。