隋文帝對仆射高熲說：“我為百姓父母，豈可限於一衣帶水而不加拯救？”命令大造戰船。有人建議秘密建造，隋文帝說：“我要替天行誅，何須秘密辦理，假使把造船木投入江中，而他能改過，我又有何求!”後主接納了西梁的蕭□、蕭岩後，隋文帝更為憤怒，任命晉王楊廣為元帥，督率80位總管進行討伐。又將揭露後主20項罪行的璽書送到陳朝。書寫了30萬張詔書，分傳到江南各地。
諸軍南下，江濱鎮戍相繼報告。新任命的湘州刺史施文慶、中書舍人沈客卿掌握機密大權，對這樣的報告都壓下不上奏。
此前，蕭岩、蕭□來投奔時，德教學士沈君道夢到殿前有一巨人，紅色衣服，武士冠帶，頭伸到欄上，揮動胳臂發怒道：“哪能忍受叛蕭誤大事。”後主聽說後，很忌諱二蕭，所以把他們二人都分散到遠處：任命蕭岩為東揚州刺史，蕭□為吳州刺史。又派領軍任忠出任吳興太守，以控扼上述二州。又任命南平王陳嶷鎮守江州，永嘉王陳彥鎮守南徐州(今江蘇鎮江)。接著又召二王來赴次年元旦的朝會，命沿江防守的艦船，都跟隨二王返回都城，向歸附的梁人顯威，因此江中沒有一隻作戰船隻。上流各州兵馬，都被楊素大軍攔阻不能東下。都城士兵尚有十餘萬人。
聽到隋軍渡江的消息，後主說：“王氣在此，齊兵來了三次，周兵也來了兩次，無不被摧敗。虜今若來必自取滅亡。”孔範也說隋兵沒有渡江的可能。隻是奏樂縱酒，作詩不停。
三年春正月初一，朝會時，大霧彌漫，吸入鼻內都感到辛酸。
後主一直昏睡，該吃午飯時才起身。這一天，隋將賀若弼自廣陵渡江，韓擒虎自橫江渡江，分兵利用清晨襲擊采石，順利地攻克了采石，進而攻下姑孰(今安徽當塗)，駐兵新林(在今南京西南)。這時賀若弼也攻下了京口(今江蘇鎮江)，沿江戍守者望風而逃。賀若弼分兵切斷通往曲阿(今江蘇丹陽)的要道後，攻入曲阿城。采石戍主徐子建到京城告急。後主親率大軍出征，任命蕭摩訶為皇畿大都督，樊猛為上流大都督，樊毅為下流大都督，司馬消難、施文慶都任大監軍，重重懸賞，分兵把守要害，僧侶、尼姑、道士也都要服役守城。
很快，賀若弼攻下了南徐州，韓擒虎又攻陷了南豫州(今安徽當塗)。隋軍南北並進。賀若弼進軍鍾山，駐兵白土岡東南，陳軍大敗。賀若弼又乘勝進攻宮城，燒北掖門。這時，韓擒虎率兵自新林抵達石子岡，鎮東大將軍任忠投降，並引導韓擒虎由朱雀航到達宮城，自南掖門進入。城內的文武百官都逃出來了，隻有尚書仆射袁憲、後閣舍人夏侯公韻侍奉在後主身邊。
袁憲勸後主在殿上端坐，正色以待。後主說：“鋒刃之下，未可交當，吾自有計。”於是逃到井邊。二人苦勸無效，用身子蓋住井口，後主與他們爭奪了許久才跳入井中。沈皇後在宮中如平常一樣。太子陳深十五歲，閉門而坐，舍人孔伯魚侍奉在一旁。
隋軍士叩門而入，陳深在座中慰勞道：“戎旅在途，不至勞也。”接著，士兵對著井口呼叫後主，後主不應。要扔石頭，才聽到後主的叫聲。用繩子往上拉，拉起時都很驚奇為什麼這麼重，到出井後，才發現原來後主與張貴妃、孔貴人三人一同被拉上來。隋文帝聽說後大驚。
三月，後主與王公百官由建康出發，來到長安。被寬赦後，隋文帝給了他豐厚的賞賜，幾次引見，在三品官員的行列。每次有後主參與的宴會，怕他傷心，令不奏吳地樂曲。後來，監守後主的官員報告道：“叔寶說，既然沒有官職，每次參與朝拜時，請求能有一個官的名號。”隋文帝說：“叔寶全無心肝。”監守官員又說：“叔寶常沉醉，很少有醒的時候。”隋文帝讓限製他飲酒，但接著又說：“任其性，不然，何以度日。”不久，文帝又問監守官員叔寶的嗜好。回答說：“嗜驢肉。”問飲酒多少，回答道：“與子弟們一天能吃一石。”隋文帝大驚。
後主隨從文帝往東方巡視時，登芒山，陪文帝飲酒，賦詩道：“日月光天德，山川壯帝居。太平無以報，願上東封書。”上表請文帝封禪，文帝答詔謙讓不許。後來隋文帝來到仁壽宮，常陪同宴飲，到後主出去時，隋文帝看著他說道：“此人敗亡難道不是由於酒嗎？有作詩工夫，何如思慮時事。當賀若弼渡江到京時，有人用密信向宮中告急，叔寶因為飲酒，便不拆閱。高潁進到宮中時，那封密信還在床下，未開封。這真可笑，大概是天亡陳國。過去苻氏征服的國家，對亡國之君都高官厚祿。隻知求虛名，不知違天命，給他們這些人高官，是違反天命的。”