同治二年五月二日(公元1863年6月14日)石達開等五人被押入成都。同一天，駱秉章派出5萬清兵開赴安順場，以接管為名，騙取6000名太平軍放下武器，然後將他們全部殺死。
五月十三日石達開等五人，在成都全部遇害。石達開臨行之際，神色怡然，辭氣不卑不亢。石達開遇害，致使太平天國遭受無法估量的損失。
駱秉章連一個6歲的孩子都不放過，可見其殘忍之心。他用太平軍將士的血，染紅了自己的頂戴，不久被擢升為太子太保。然而好景不長，四年後，駱秉章病死在四川。撚軍擊敗僧格林沁
太平天國起義的同時，全國各地都掀起了農民起義的高潮。在這如火如荼的農民起義中，規模最大、對清朝統治者打擊最重的首舉活躍在山東、河南、安徽等省的撚軍。
“撚”是早在嘉慶年間就存在於農村的一種秘密組織。人們認為它是起義失敗的白蓮教的遺黨。當地農民中迎神賽會時要搓紙燃油，所以“撚”即由此得名。
然而這不起眼的民間組織，在鹹豐三年太平軍抵達長江流域，特別是它的北上遠征軍橫越淮北地區時，成為一支轟轟烈烈的武裝力量。一股一股的“撚”，越搓越粗，組織形式也從秘密變為公開。參加“撚”的人都被稱為“撚黨”。
太平天國建都天京，撚黨受到極大鼓舞，紛紛樹旗，群起響應，組成了撚軍。後來，撚軍的首領張樂行被太平天國封為征北主將和沃王，撚軍大多數首領也都接受了洪秀全授予的封號。隊伍嚴格按太平軍的紀律行事，經常和太平軍聯合作戰，成為太平軍在北方的友軍。
鹹豐十一年(1861年)後，由於太平軍在安慶保衛戰中失敗，撚軍從此失去了聯合作戰的夥伴。
1862年是撚軍的鬥爭極為艱苦的一年。清政府派蒙古親王僧格林沁率領蒙古騎兵鎮壓撚軍。第二年3月(同治二年二月)撚軍的根據地雉河集被清軍占領，撚軍的領袖張樂行被僧格林沁殺害。撚軍雖然失去了友軍，失去了領袖，失去了根據地，但他們的鬥誌毫不衰退。張樂行的侄子張宗禹出任領袖後，帶領部隊衝回雉河集，一舉奪回失地。爾後部隊不斷擴大，越戰越勇，成為清廷的大敵。
同治三年春，洪秀全命賴文光回師援救天京。回師途中遇到被僧格林沁擊敗的撚軍餘部，在張宗禹的率領下，撤到此地，兩軍合在一處，由賴文光統一指揮。
賴文光，廣西人。24歲參加金田村起義，初任文職，曾隨英王陳玉成轉戰安徽、湖北。鹹豐十一年封為遵王。鹹豐十二年奉命遠征西北，進抵漢中。
賴文光自從與張宗禹兵合一起，軍威大震。賴文光又選出部分精兵，組成騎兵。在與清軍多次交鋒中，力挫清軍，擊斃清軍副都統格繃額、徐州總兵滕加興等數名將官。朝廷震怒，慈禧將僧格林沁嚴厲訓斥，並責令他必須消滅這股太平軍。
僧格林沁被賴文光拖著到處打轉轉，而隻有挨打，卻沒有打人之機。所以千方百計想要找到賴文光決戰。有一天，副將匆匆來報州城外有一支打著“太平天國遵王賴”大旗的部隊向南開去。僧格林沁異常興奮即刻下令追擊。
僧格林沁兵分三路，左路由總兵陳國瑞率領，右路由副都統常興阿率領。僧格林沁與內閣大學士全順、總兵何建鼇率領中軍。左右兩路先到高樓寨村外的三岔路口，看到兩條小路上扔下許多衣服，散碎銀兩等物。陳國瑞說：“看來這是撚子倉促逃命扔下的，我分兩路包抄過去，一舉殲滅!”常興阿說：“總兵說得有理，我們趕快追上去，打他個措手不及!”二將命士兵迅速包抄過去，當兩軍會合時，那有什麼太平軍，正在猶豫，突然殺聲四起，這兩支清軍很快就被殲滅了。
當僧格林沁趕到高樓寨時，沒有見到兩軍的一個人影，急派人去聯係，正在這時，探子來報說，林子深處有長毛撚子，躺的躺，臥的臥，正在休息。僧格林沁從望遠鏡中也看到遠處的山道上好像有馬隊剛走過的跡象。於是他命令：“殺過去!活捉賴文光、張宗禹者，有重賞!”
僧格林沁的部隊衝進林子深處，根本沒有看到太平軍，僧格林沁正想舉望遠鏡觀察時，猛然間林子四周戰鼓齊鳴，炮聲驟響，從林子四麵八方殺出無數太平軍，迎麵一杆大旗上寫著“太平天國遵王賴”；東麵豎起一杆“太平天國魯王任”的大旗；西麵也豎起一杆“太平天國梁王張”的大旗。僧格林沁倒也不慌，他即令迎戰，這時，太平軍已鋪天蓋地衝殺過來，連他手下的親兵，護衛都衝上去了，而他正處在幾個太平軍將士的包圍之中，互相拚命廝殺。這時衝上來一位騎馬的年青小將，喝退眾人，舉刀向僧格林沁砍去。此人叫張皮綆，是張宗禹的部將，英勇無比，手腳靈活。他與僧格林沁交戰在一起，僧格林沁的戰袍不小心被挑破，肩頭挑開一條傷口，鮮血直流，痛得僧格林沁雙眉緊鎖，倒吸了一口涼氣。正在危急中，衝來幾十名親兵，保護著他，邊戰邊退，退到林邊一高崗處，親兵給他包紮傷口，僧格林沁向山下望去，遍地是清兵的屍體，心不禁一陣顫栗，左右隻剩幾十名親兵，內閣大學士全順、總兵何建鼇相繼戰死。不可一世的僧格林沁，此時也感到末日將要來臨。
天漸漸的黑下來，僧格林沁想絕不能束手待斃，應趕緊趁黑夜逃走，他對親兵說：“你們好好休息，我去探探路，明日突圍。”說完，牽著馬向火光少的東北方向走去。大約走了半裏路，忽聽後麵有馬蹄聲，他悄悄下馬躲在一個淺溝裏。來人正是小將張皮綆，他發現影影綽綽這個人好像是僧格林沁，就一路跟了過來。追到跟前一看，這人蹲在淺溝裏。張皮綆裝著沒看見，悄悄拾起一塊巨石，猛地向黑影砸去，隻聽咕咚一聲，那人被巨石擊倒，張皮綆跳下一看，正是僧格林沁。張皮綆大喊一聲：“沃王盟主，今日我為你報仇!”說完，舉起手中大刀，將親王僧格林沁的頭砍了下來。
撚軍勝利回師之後，增援的清軍總兵陳國瑞經仔細查找後，找到一具無首的死屍，正是清軍正在找的親王僧格林沁。左宗棠收複新疆
在新疆西邊有個叫浩罕的小國，一直依附於中國的領導。後來俄國侵占了浩罕國的許多領土，引起了浩罕國首領阿古柏的不滿。於是俄國就鼓動他去占領中國的新疆，來補償失去的領土。在俄國人的支持下，阿古柏率兵占領了新疆的南部。接著，他又向北疆擴張，占領了烏魯木齊。後來，阿古柏宣布在新疆成立一個哲德沙爾國，由他當國王。這就是公開要把新疆從中國領土上分裂出去。俄國也早就想奪取我國的新疆地區，於是趁機出兵，占領了新疆西部的伊犁地區。
阿古柏和俄國侵略新疆，在清政府的官員們中間，引起了爭論。曾國藩和李鴻章害怕沙俄，認為，慈禧太後對新疆問題也不放在心上，因為她現在正忙著找一個新皇上。同治皇上不久前病了，慈禧想找一個聽她話的皇上。後來她就選中了醇親王奕譞(音ｙｕāｎ)的兒子載恬。載恬的父親是鹹豐的弟弟，母親是慈禧的妹妹。慈禧把4歲的載恬送上皇帝寶座後，自己又重新開始垂簾聽政。載恬即光緒帝。
阿古柏占領了新疆，身在蘭州的陝西總督左宗棠心裏非常著急。他聽說朝廷對這件事一點兒也不關心，他更是又急又怒。左宗棠立刻寫奏折批駁李鴻章等人。在奏折裏，他氣憤地說：“對於外國人的侵略勢頭，我們決不能助長。放棄了新疆，他們就會占領整個西北。放棄整個西北，他們就會占領整個中國。別人能夠容忍阿古柏的侵略，我不能。如果朝廷同意我的意見，我願意帶兵出征，收複整個新疆。”
左宗棠的奏折寫得很有氣勢，使朝廷中的許多大官非常佩服。他們紛紛向慈禧保舉左宗棠，希望能早日收複新疆。慈禧太後也覺得丟失領土不太光彩，既然有人願意出征，那就試試吧。於是，左宗棠被任命為欽差大臣，領兵去收複新疆。
1876年的春天，左宗棠率領軍隊離開蘭州，經過河西走廊，來到了肅州(現在的酒泉)。一路上可以看到行行楊柳，綠葉繁茂，這些楊柳是左宗棠來西北，為保持水土，命令軍士栽種。左宗棠把軍隊的將領們召集在一起，製定了進軍新疆具體戰略。他說：“新疆地廣人少。中間是天山，把新疆分為南北兩部分。北方地勢平坦，交通方便。我們就先攻打北疆。立穩腳跟以後，我們再進軍南疆，收複全部領土。”劉錦堂等眾位將領都點頭說這個辦法很好。左宗棠一見大家同意，便開始布置任務說：“劉錦堂和金順兩位將軍率領主力攻打烏魯木齊。徐占彪和張曜把守哈密。其餘部隊保衛敦煌、安門和玉門等地，防止敵人入侵內地。”各位將軍接到命令後剛要分頭行動，左宗棠又囑咐大家說：“新疆民族很多，都是我們的姐妹兄弟。你們要尊重他們，絕對不允許殺人放火有犯者嚴懲不貨。”
劉錦堂率領主力部隊離開酒泉後，直向烏魯木齊殺去。駐守烏魯木齊的是阿古柏的大將軍白彥虎。白彥虎是中國人。他聽說左宗棠大將軍殺來了，一麵給阿古柏送信，一麵派大兵死死守在城外的古牧場。劉錦堂一到烏魯木齊，就下令向古牧場發動進攻。阿古柏的軍隊拚命抵抗了一整天。其實，清軍並沒有真正猛烈地進攻。劉錦堂隻是讓部隊遠遠地開槍放炮，大聲呐喊，而並不往前衝。天黑以後，清軍就收兵了。
仗打了一天，白顏虎累得渾身沒勁。他覺得清軍白天已經發動進攻了，晚上就可以安心地睡覺了。可就在睡得正香的時候，外麵的槍聲把他驚醒了。清軍突然的進攻使阿古柏的軍隊來不及準備，就被消滅了。白彥虎拚命逃回烏魯木齊城裏後，帶著家眷連夜逃跑了。劉錦堂率兵攻下古牧場，又很快占領了烏魯木齊。
第二天，阿古柏派來的援軍趕到了。劉錦堂早就在城外設下了一個包圍圈。敵人剛一進到裏麵，埋伏在四周的清兵就槍炮齊發。阿古柏的軍隊被打得死傷無數。