針對土地增值稅征收中存在的問題，許多省級地方稅務部門在自身權限範圍內出台了土地增值稅預征管理辦法，該辦法以較低稅率(約0.5%—3%)對納稅人按銷售額實施土地增值稅預征。我省今年也在自身權限範圍內，出台了土地增值稅預征管理辦法，稅率(約0.8%—2.5%)。預征規定納稅人在項目竣工時可以提出清算要求。名義上該辦法是公平的且符合國家稅法的內容要求，但按照稅務部門的設計，地方稅務征收機關就沒指望納稅人來清算此項稅收。一方麵由於存在信息不對稱問題，稅務部門無法清楚知道納稅人的稅源情況，而計算的複雜性無疑將增加稅收征收成本，對此項稅收進行監控得不償失。於是稅務部門在納稅人提出清算要求時又設置了許多條件，如需賬目健全、無欠稅記錄等等，這些條件為土地增值稅的清算設置了障礙，必將大大提高納稅人清算的難度。這樣地方稅務部門既能夠降低征收成本又達到了征稅的目的，同時還沒有違背相關稅收法律規定。另一方麵多數房地產企業賬目比較混亂，此時即使土地增值稅預征額高於其實際稅負水平，納稅人也缺乏清算的激勵。因為采取此項行動的期望收益不足以抵消其可能受到的處罰，由此納稅人也願意按照有關規定預繳土地增值稅。預征辦法的實施使土地增值稅成了政策意義和財政意義都不大的稅種。從理論上講，隨著房地產市場競爭的加劇，行業利潤逐步趨於平均化，土地增值稅已失去了存在的意義。從實際征收情況來看，土地增值稅計征繁瑣，征收阻力大，征收效果差，應考慮予以取消。防止收入流失，可把土地增值所得並入一般所得計征所得稅。土地使用稅稅率很低等等。這就決定了房地產稅收在組織財政收入上的後勁乏力。房地產稅收目前還難以成為我國地方政府的主體稅種。從激勵相容角度來看，房地產稅製改革應有利於培植房地產稅源，促進其在地方財政收入中作為主體稅種作用的發揮和鞏固，這樣才能實現中央、地 方、納稅人三方博弈的最大化收益。
5、整個國民經濟持續穩定增長與房地產業迅速崛起壯大不協調。有分析認為，房地產行業是當前我國偷逃稅收最嚴重的行業之一，這雖與稅務部門征管工作不無關係，但從根本上卻暴露出我國現行房地產稅製的諸多不合理之處，在於我國房地產稅收政策設計中存在的問題。筆者認為，稅種繁雜、重複征稅是現行房地產稅的主要問題。現行稅製涉及房地產的近十種稅中，存在征稅稅基重複或同一稅基設兩個稅種等情況。1、房地產開發所得就分別設企業所得稅與外商投資企業和外國企業所得稅；同是對房產保有和使用課稅，城市房地產稅適用於外國人，而對國內法人和自然人則設房產稅和城鎮土地使用稅；印花稅和契稅之間、營業稅和土地增值稅之間，都存在稅基重疊，重複征稅的問題。重複征稅加重了納稅人的負擔，不利於房地產業的健康發展。2、還有一些房地產稅種由於課稅範圍狹窄、稅基覆蓋不全，造成了課稅盲區，導致了漏征漏管。如房產稅和土地使用稅的征稅範圍僅限於城市、縣城、建製鎮、工礦區，客觀上造成了課稅區和非課稅區，既限製了土地稅對土地使用的調節，又造成了市場主體間的不平等競爭；耕地占用稅隻對占用種植農作物的土地的單位和個人征稅，卻沒有向涉及其他農地的單位和個人征稅，漏征明顯。3、在房地產的轉讓和出租環節稅種多、稅負重，在房地產的保有和使用環節稅種少、稅負輕，這種現象集中地表現在城鎮土地使用稅、耕地占用稅和土地增值稅三個主體稅種上，影響了房地產的合理流轉和優化配置。