這次起義持續了40年。開頭是一些零星的、分散的暴動，然後才彙合成全國性的大起義。從紙草卷的記載中還可以看出，起義隊伍隻是在政治上打擊了壓迫者，而並沒有組織起全國性的政權；在經濟上剝奪了剝削者，卻沒有及時重視發展自己的經濟，以致生產受到了相當大的影響。紙卷文書上寫著：“……河渠空空如也，人們可以涉水過河。河裏露出的土地比河底的水多。在一切的道路旁，穀物都枯萎了。人們沒有衣服，沒有油脂，更沒有奶油……”
推翻了反動統治，而不注意建設自己的新生活，起義的勝利就不能持久。中王國的法老終於重新組織起他們的政權，農民和奴隸們依舊遭受壓迫。在這次大起義後不久，亞洲的喜克索人侵入了埃及。他們以馬車戰術見長，輕快的馬車風馳電掣地突入了埃及人的隊伍，埃及軍隊隻能望風而逃。因為，當時埃及人還不知道怎樣使用戰馬，隻會用步兵打仗，而步兵是無法阻擋騎兵和戰車的。
喜克索人統治了埃及大約150年。公元前1580年，底比斯城的統治者阿摩西斯發兵攻擊喜克索人，把他們逐出埃及，建立了埃及的新王國。從此，埃及人學會了養馬和使用馬力。王位之爭與埃及崛起
公元前1525年，埃及國王圖特摩斯一世即位。他在位期間，埃及軍事力量非常強大，圖特摩斯一世遠征努比亞、敘利亞，直到幼發拉底河。他是第一個埋在“國王穀”中的法老。
埃及有個規矩，國王實行內婚製，婚姻大事由王族成員內部解決。若無王子，則繼位的族人國王，必須同合法繼承人之一先王的女兒結為夫妻。圖特摩斯一世並非先王阿門霍太普的兒子，隻是具有王族血統。因先王無子，他被王族和僧侶擁為國王，並與公主阿美斯結婚。婚後多年，公主隻生了一個女兒，取名哈特合普蘇。
哈特合普蘇聰明伶俐，十幾歲時就能幫助父王批閱文件。圖特摩斯一世特別欣賞女兒的才幹，他對妃子們為他生的幾個兒子不太滿意。為了使王位平穩交接，不致發生動亂，圖特摩斯一世決定立長子為太子，娶胞姐哈特合普蘇為妻。古埃及宮廷對此婚姻並無非議。
公元前1512年圖特摩斯一世去世，埋到了“國王穀”。圖特摩斯二世即位後，並不熱衷於治理國家，卻整日聲色犬馬。朝政全由哈特舍普蘇主持，她實際上成了古埃及史上第一位女王。不久，哈特舍普蘇身邊就聚集了一群效忠於他的大臣，她的權力越來越大。公元前1504年，圖特摩斯二世歸天，依照他的旨意，繼承人是在阿蒙神廟中做小僧侶的王子圖特摩斯三世。哈特舍普蘇必須交出政權。
哈特舍普蘇麵對眼前的形勢，隻好遵照旨意行事，但她並不甘心交出權力。她讓女兒涅菲魯與10歲的圖特摩斯三世結為夫妻。在心腹大臣的擁護下，埃及開始了哈特舍普蘇與圖特摩斯三世的共治時期。從此，凡是國王頒發的詔令，要署兩人的姓名。而實權，尤其是人權、財權、軍權都操縱在哈特舍普蘇的手中。圖特摩斯三世成了傀儡。
圖特摩斯三世14歲時，在名師調教下，文武兼備，開始在公開場合表現個人的意向，似乎總想讓人知道他才是埃及真正的國王。哈特舍普蘇哪裏肯讓權，於是便產生了除掉國王的念頭。可她深知，埃及自古以來從沒有女人登基稱帝的先例。再者圖特摩斯三世在阿蒙神廟中長大，深得僧侶寵愛。古人篤信宗教，如果全國最大的阿蒙神廟的僧侶同她作對，煽動百姓，她的地位必然受到威脅。她思前想後，終於有了主意。她立即召見阿蒙神廟祭司出身的宰相維吉爾普森涅，讓他傳播一道阿蒙一拉神的神諭：“哈特舍普蘇是埃及的神聖統治者。”
宮廷裏的大臣，多是哈特舍普蘇的心腹，自然對她獨攬朝政大力支持。圖特摩斯三世是個聰明人，知道大勢已去，不如隱退積聚實力，然後再等待時機收回大權。於是他退位修行，由哈特舍普蘇治理國家。這樣，哈特舍普蘇如願以償了。
哈特舍普蘇確實非同一般，她在處理一些大事時比男人還要果斷。她胸懷開闊，有過人的氣魄。在她統治期間，埃及被治理得很好。平時，她經常身穿男子的長袍，下巴掛著一把法老們都有的假胡須。在百姓和大臣的心目中，她和男性法老沒有什麼兩樣。哈特舍普蘇的統治，為橫跨亞非兩大洲的埃及帝國準備了物質基礎。
自從圖特摩斯三世被逼退位後，哈特舍普蘇也很謹慎。為了防備圖特摩斯三世，她特意在神廟內安插了眼線。圖特摩斯三世早已發現女王對她不放心，平日裏勤於騎射而極少拋頭露麵。他一直裝作無意功名的樣子，女王漸漸放鬆對他的警惕了。後來，圖特摩斯三世向女王要求到軍隊裏去鍛煉時，哈特舍普蘇毫不猶豫地同意了。
圖特摩斯三世到軍隊後，和士卒一樣操練，他從不過問政治，不接近女人，受到將領們的讚賞。哈特舍普蘇聽到這些反映後，也非常滿意。後來，埃及要組建遠征努比亞的軍隊，女王提議任命圖特摩斯三世為全軍統帥。圖特摩斯三世知道這是女王對她的考驗。他在遠征中盡心盡力，不久便凱旋班師了。他獻給女王許多從異邦帶來的珍寶，還交出了兵權。這樣，女王對他徹底放心了。
公元前1482年，臣服埃及的巴勒斯坦和敘利亞在西部強國米坦尼的慫恿和支持下脫離了埃及。以敘利亞卡疊什為首的反埃軍事聯盟將埃及駐軍和收取貢賦的官員趕回埃及，並有進軍尼羅河之勢。埃及局勢立即緊張起來。哈特舍普蘇聞訊大怒，立刻調兵遣將，準備發兵征討。
正當與外敵的戰爭一觸即發之時，哈特舍普蘇突然去世。圖特摩斯三世執掌了政權，恢複年號為圖特摩斯三世在位第22年。緊接著，哈特舍普蘇在全國各地的畫像被搗毀。她在各地紀念碑和寺廟牆上的浮雕也全部毀掉了。
圖特摩斯三世在哈特舍普蘇的基礎上，繼續擴充埃及的實力。他在位期間，先後進行了16次對巴勒斯坦和敘利亞的遠征、占領美吉多，深入奧倫特河流域，並西侵利比亞和南伐努比亞，將領土擴至尼羅河第四瀑布，建立了橫跨西亞、北非的大帝國。鄰近的巴比倫、亞述、米坦尼等國紛紛向埃及表示臣服。埃及首都底比斯城一時成了地中海的文明中心之一。固執的埃赫那吞
圖特摩斯三世建立的埃及帝國，到阿蒙霍特普三世晚年，開始衰落。阿蒙霍特普於公元前1417年即位，在位期間保持對敘利亞和巴勒斯坦的領屬關係，與巴比倫和米尼丹締結盟約。他極其崇信阿蒙神，為此修建了宏偉的阿蒙神廟及號稱“門農巨像”的兩座雕像。然而，他的兒子阿蒙霍特普四世卻不信奉阿蒙神。
晚年的阿蒙霍特普三世決定引退，他在公元前1380年將王位交給了王後泰伊所生的幼子阿蒙霍特普四世。阿蒙霍特普四世自小博聞強記，勤學好問，性格果斷，認準的事，決不動搖。即位前，他就耳聞目睹僧侶們專橫跋扈，連法老都不看在眼裏。那時，他就有過整治他們的念頭了。
阿蒙霍特普即位後，對朝中弊政很看不慣。尤其對阿蒙神廟中一些僧侶的言行更是深惡痛絕。他組織了一套新班子為自己出謀劃策，從人事上進行調整，以保證自己的意旨能貫徹執行。他從下層書吏中提拔了一些資曆淺但有能力的新官吏，使他們成為自己政權的支柱。
麻伊出自於地方小奴隸主家庭，起初隻充當王室的下級官吏。平日裏，他小心謹慎，唯命是從。他發現新法老有拋棄阿蒙神，崇尚阿吞神的意向，就認真地寫了一首歌頌阿吞神的詩。為此，他深得法老和篤信阿吞神的王後的讚賞，麻伊很快提升到政權中樞的位置。為了打擊阿蒙神廟的僧侶勢力，加強王權，阿蒙霍特普四世采取了激烈的宗教措施，不隻將他偏愛的地方神阿吞神抬出來，取代阿蒙神為全國最高神，而且還廢除了一些形形色色的地方崇拜，命令全體臣民一律供奉全國最高神，而且還廢除了一切形形色色的地方崇拜，命令全體臣民一律供奉新神。為此，他將自己的名字改成埃赫那吞，意即阿吞的光輝。
阿蒙霍特普四世要借清除阿蒙神廟僧侶貴族之機，讓人們在思想上獨尊國王，因為國王是太陽神之子。人們哪裏知道其中的原因呢？好多人以為要大難臨頭了。於是富人忙著藏匿私人財產，遷到鄉間避禍。僧侶們慌張失措，企圖阻止埃赫那吞的改革。他們不斷散布謠言，信徒們無不憤慨萬分，表示要與那顛狂的叛教者勢不兩立。
宮廷內也不安寧了。僧侶們的活動甚至搞到退位的阿蒙霍特普三世和母後泰伊身上。老法老夫婦倆趁兒子請安之際，耐心地勸導埃赫那吞放棄宗教改革。埃赫那吞卻堅持自己的主意，並告訴父母已想好了對策：“可將首都遷往中部，一則避開阿蒙神廟僧侶的糾纏，二則便於管理上下埃及和亞洲行省。至於百姓一時不解，那隻是時間問題，他們遲早會習慣新神阿吞的。”老法老夫婦對兒子的主張隻好默默認了。
埃赫那吞更堅定了自己的信心。他很快發布敕令說：“關閉全國各地阿吞神的神廟，將僧侶趕出廟門，還俗為民。在全國各城市必須建起至少一座阿吞神廟。禁止僧侶參政。首都遷往底比斯以北三百公裏的希爾摩，取名埃赫塔吞。”埃赫那吞在位的第六年，動員數十萬勞力營建的新都埃赫塔吞落成了。新都包括宏偉的王宮，高官顯貴的住宅，可與底比斯阿蒙神廟媲美的阿吞神廟，部隊營房、手工業作坊和商人居住區。埃赫那吞率領文武百官浩浩蕩蕩地遷往新都，他認為這樣僧侶就不會幹涉朝政，全埃及人會跟他一樣崇奉阿吞神了。
除宗教改革外，埃赫那吞還對文藝特別關注。他對頌歌和雕刻藝術情有獨鍾，他指令宮廷雕刻師雕出他生活的“寫真”，捕捉他的一舉一動。埃赫那吞攜王後和子女乘著華貴的馬車赴神廟早祭的一瞬間被捕捉下來，製成了浮雕。埃赫那吞最喜愛的是一尊王後涅菲爾的彩繪頭像。王後的頭微向上仰，高聳的金邊青藍花帶王冠稍稍傾斜，而用玻璃製作的一雙炯炯有神的眼睛卻恰到好處地平視著，顯出王後無與倫比的高貴。埃赫那吞熱愛雕刻和壁畫，竟到了癡迷的地步。他把一切政事交給麻伊，軍事交給赫倫希克。
與埃赫那吞熱衷於藝術有些不合諧的是，埃及帝國的危機卻在不斷加深。由於埃赫那吞疏於治政，國家統治日益鬆弛了。這時，底比斯的僧侶暗地裏又集結起來，舉行了向阿蒙神的獻祭運動。百姓受租稅和勞役的雙重負擔，多有不滿。亞洲和努比亞地區被征服的居民頻頻騷動，巴勒斯坦人在北方新興的強國赫梯的支持下掀起了暴動，耶路撒冷忠於埃及的王公的告急信紛紛送到新都。
新王國危機四伏，埃赫那吞仍然脫離現實，繼續生活在自己的理想境界之中。他依然每日上午帶著王後和子女去神廟禱告獻祭，下午便在宮廷享受天倫之樂。一些正直的大臣們認為國王不能這樣繼續下去，國家需要埃赫那吞親自管理，才能和平安定。便聯名上書泰伊太後，請求他為帝國的利益勸說埃赫那吞改弦易轍，與阿蒙神僧侶和解，恢複國內的穩定。泰伊最了解自己的兒子，他認準的路是誰也改變不了的。她來到首都埃赫塔吞後，並不急於訴說此行的目的。
就在這時發生了一件事，埃赫那吞在和母親去阿吞廟祭祀的路上，遭遇了刺殺，所幸都沒有受傷。泰伊借此事勸阻兒子，歸還阿蒙僧侶的寺院財產，但好話說盡，埃赫那吞依然認為自己是正確的。為這件事，王後涅菲爾離開他搬到別處去了。泰伊知道再住下去也無濟於事了，於是叮囑兒子好自為之，太後帶著無限傷感，惆悵地離開了新都。
一意孤行的埃赫那吞依然那麼堅定。他派人通知駐守孟斐斯的軍隊統帥赫倫希布，將全國各地任何可能發生的騷亂扼殺於萌芽狀態之中，繼續嚴禁對任何非阿吞教的崇拜。公元前1362年，這位意誌剛強、性格固執的法老去世。他在臨死之前，想見見涅菲爾皇後的願望都沒有實現。
埃赫那吞死後，他的女婿圖坦卡蒙即位，由舊臣麻伊攝政。在阿蒙祭司的舊貴族壓力下，終止了阿蒙霍特普四世宗教改革。後來阿蒙神的僧侶重新掌握朝政，小王朝很快滅亡了。
埃赫那吞的改革雖然失敗了，但它沉重打擊了阿蒙祭司和世襲貴族勢力，給後世留下了寶貴的經驗和深刻的教訓。