接下來相處的日子裏，淩蕭感覺到格瓦拉除了每天忙忙碌碌，一旦閑暇下來卻是情緒一天比一天低沉，似乎有什麼事情在困擾著這個一向朝氣蓬勃的青年。格瓦拉變得越來越不開心，隻有他身邊幾個最親近的人才能夠發覺他身上的這些變化。
一次，在私下的談論中，淩蕭他們幾個聽到格瓦拉無意中吐露出的心聲：首先格瓦拉對於當時的國際形勢感覺迷茫，同為社會主義陣營的中國和蘇聯論戰勢同水火，幾乎已經快到決裂的地步，讓格瓦拉感到兩麵為難，他主張中國同蘇聯停止論戰，但他的建議未被接受。
此外，在對蘇聯關係、援助第三世界革命等問題上，他跟卡斯特羅的分歧也日趨嚴重。格瓦拉說起他在訪問蘇聯期間看到的現象，使得他對單一的蘇聯模式感到不解和失望，對社會主義的前途感到憂慮，因為他發現不少的革命者都是在豪華的汽車裏、在漂亮的女秘書的懷抱裏喪失了往日的銳氣。
格瓦拉堅決抵製官僚主義，自己生活非常節儉，並且拒絕給自己增加薪水，他從沒上過夜總會，沒有看過電影，也沒去過海灘。一次在蘇聯一位官員家裏做客時，當那位官員拿出極昂貴的瓷器餐具來招待格瓦拉時，格瓦拉對主人說：“真是諷刺，我這個土包子怎麼配使用這麼高級的餐具？”
同時他又看到當時明顯北美人的富裕是建立在拉美人的貧窮的基礎上的社會現實，所謂國際分工就是指一些國家專門贏利，而一些國家專門遭受損失；北美與拉美的貧富矛盾也可以在墨西哥城得有最直觀的體會，那裏是美洲貧富懸殊最大的城市，國內特權階層保持自己地位的方式有三條：被毀壞的土地、有秩序的國家和廉價而馴服的勞動力。
也就是說，格瓦拉對於當時革命和社會不平等的現實已經非常不滿了，他急切地需要投入到新的、火熱的革命理想當中去。但是淩蕭已經不可能等到那一天了，量天尺已經蓄積滿了能量，他在一個月圓之夜再次啟動了跨越時空的旅程。
他唯一可以確定的是切·格瓦拉不是一個凡人，他必定將轟動那個時代，他的精神力量遠遠超過了他孱弱的身體，假如能降生在太古星係，格瓦拉必定是一位不世出的偉大英雄！
果不出淩蕭所料，在他離開之後，切·格瓦拉續寫下他鳳凰涅盤的光輝事跡，照耀了那個混亂紛爭的年代。
切·格瓦拉在1965年2月再次訪華，他主張同蘇聯停止論戰，但他的建議不但沒有被接受，也沒再見到毛澤東，不過他見到了劉少奇、周恩來、鄧小平、李先念、彭真，相傳周恩來曾勸格瓦拉留在中國不要回去，因為當時的環境太危險，但格瓦拉明知凶險依然要去繼續他的革命事業。
帶著憂鬱離華後，格瓦拉便在公開場合消失，他辭去黨內外的一切職務、軍籍和軍銜。為了避免連累古巴，他還宣布放棄古巴國籍，１０月３日，卡斯特羅在古巴共chan黨中央委員會成立大會上宣讀切·格瓦拉的告別信。
切·格瓦拉在那段時間的神秘失蹤曾經讓外界作出種種猜測，後來人們才知道，1965年6月，格瓦拉率領一支有125人的古巴遊擊小分隊，開赴非洲的剛果(現在的紮伊爾)金沙薩地區，化名“塔圖司令員”，指揮培訓那裏的左派起義軍，想在非洲的心髒地帶建立一個“新古巴”。
然而，格瓦拉領導的起義軍屢遭挫折，格瓦拉認為這裏不適宜建立遊擊中心，便撤回了古巴遊擊隊，因為他感到當地人不願認真打仗，所以失敗是無法挽回的，與他一同前往非洲的不少古巴同伴也長眠於那片土地，這讓格瓦拉的內心感到痛苦不已。
格瓦拉也許不知道，因為非洲兄弟而痛苦的後世遠不止他一個，後來凡是支持培訓過非洲軍隊的都遇到過類似的問題，黑人兄弟的散漫懶惰、無組織無紀律已經深入骨髓，一直到當代那些在中國jun事院校畢業的黑人兄弟回國也是絲毫不見任何起色。在非洲大地上經常可以看到，兩夥對立的武裝份子站在相距僅有50多米的地方，互相持衝鋒槍瘋狂掃射，“激烈”的交火長達一個小時，最後戰果竟然是無一傷亡的慘劇！
隱蔽回古巴休整幾個月後，格瓦拉決定在玻利維亞的尼阿卡瓦蘇建立遊擊中心。尼阿卡瓦蘇位於聖克魯斯省一個被峻峭的叢山所包圍的峽穀之中，格瓦拉準備以此為中心。