1966年11月7日，格瓦拉化名“拉蒙”，並化裝成一位禿頂、圈眼鏡的烏拉圭商人，從蒙得維的亞經巴西聖保羅市乘飛機抵達玻利維亞首都拉巴斯，然後，格瓦拉帶領遊擊隊進入玻利維亞叢林中展開遊擊戰。拋棄古巴優裕且安寧的城市生活，再進入毒蛇蚊蟲出沒的南美叢林，對從小便患哮喘病的格瓦拉絕非易事，但是為了理想他義無反顧。在近一年艱難的山區遊擊跋涉中，格瓦拉隻靠一匹騾子馱行李，忍受了諸多困苦，麵對追剿和陷入絕境也毫不動搖，並宣布絕不讓敵人活捉自己。
在1967年10月8日的最後戰鬥中，格瓦拉的小隊遭伏擊覆沒，他因負傷並犯了哮喘病，才當了俘虜。次日黎明，玻利維亞武裝部隊司令親自乘直升飛機趕到現場，確認被俘者就是格瓦拉，並對其進行審訊，格瓦拉早已將生死置之度外，拒不回答任何問題，審訊一無所獲。
最後，審訊者問：“你現在在想什麼？”
格瓦拉堅定地回答：“我在想，革命是永垂不朽的。”
美國中央情報局特工也同他談了話，出於敬佩曾主張送到關塔那摩關押，玻利維亞政府卻堅持處決。因該國已取消死刑，9日下午他便在雙手被綁在木板上的情況下，被一個抽中簽的玻利維亞中士槍殺，由於十分害怕，據說劊子手提前喝了幾口酒，然後劊子手迎麵用衝鋒槍向切掃射，再拍照後公布說格瓦拉是陣亡。
麵對槍口，格瓦拉昂首挺胸，無愧於一個戰士的形象！然而負責處死切·格瓦拉的劊子手於2007年接受古巴醫生提供的免費醫療而治好白內障重見光明，頗具諷刺意味的是，這項免費醫療正是由切·格瓦拉生前所推廣的，這名叫瑪利歐·塔蘭的玻利維亞陸軍中士透露他槍殺切·格瓦拉時先打的腿部和腹部，然後本身也是醫師的切·格瓦拉仍忍痛自己指著自己胸口要他射擊，十分英勇。
敵人在切的遺物中發現了一本手抄的詩集，其中有一首是西班牙詩人萊昂·費利佩的詩，人們當時誤傳為是切寫的詩。詩中寫道：“ji督，我愛你，並非因你自一顆明星降臨，而是因為你向我揭示：人有熱血，淚水，痛苦，鑰匙，工具，去打開緊鎖著的光明之門。是的：你指點我們說，人是上帝……”
切·格瓦拉被殺害時，伊格拉村附近有一位多明我會神父，當他聽說切被關在伊格拉村時，立即找了一匹馬趕往那裏，他想對切說：“上帝一直相信著您。”神父在半路上聽說切已經被殺害，隻得趕到被當成屠場的小學校教室現場，默默擦去地麵上的烈士血跡。
本來以為能依靠消滅切·格瓦拉的肉體，就可以把他從人民心中徹底抹去的敵人完全失算了！格瓦拉的死不僅沒有讓他陷於籍籍無名，反而使切的崇高精神發揚光大，使格瓦拉的大名在後來名揚天下，成為無數被壓迫、被奴役的勞苦大眾崇拜的偶像！成為這個星球上能夠超越時代而長存的為數不多的聖人！
“在革命中，一個人或者贏得勝利，或者死去。”想想這句著名的切語錄，格瓦拉真是死得其所。
就在切·格瓦拉被美國支持的玻利維亞軍人政權槍決之後，本來那些當地的玻利維亞農民在格瓦拉領導遊擊隊戰鬥時，對他表現得冷漠，甚至懼怕，此刻他們但卻紛紛拿著蠟燭和《聖經》來瞻仰他的遺體。
這當然不是玻利維亞政府和美國中央情報局期望看到的場麵，他們驚恐萬分，甚至砍下了切的雙手，並秘密掩埋格瓦拉遺體企圖銷毀罪證。
但是，人民的眼睛是雪亮的！1968年5月，巴黎的學生們舉起格瓦拉的巨幅照片，走上街頭衝著防暴警察高呼：切，切，切……
從此以後，西方青年動輒在遊行集會上高舉格瓦拉頭像和標語。他的頭像開始漂洋過海，不約而同地跨越種族、地域的差異成為世界各地革命者或者是叛逆人群高揚的旗幟，不同國家是誰在第一時間有意識地普及宣傳了它？有沒有人冒著生命危險保護它？這些故事可能和他的前半生一樣令人驚心動魄。