舊日本的統治者是德川幕府，其統治中心在江戶城，“王政複古”以後，仍以天皇為名義上的領袖，而以薩、長、土、肥等西南藩閥為核心的新政府在京都成立，隨即新政府揮師東征，慶應四年三月進入江戶，可以說新舊兩大勢力的鬥爭至此已經大局底定，戰爭應該可以結束了。
但是日本並不是一個中央集權製國家，幕府將軍在關東還有一大批小弟呢！東部的諸侯們可以容忍新政府的產生，卻不能容忍新政府大權都掌握在西南藩閥手中，他們要求有自己的一席之地。如果那些倒幕派誌士真的為國為民，毫無私心的話，這一問題本是很好解決的。可惜別說給他們這些外人安排地方，新政府的內部都擠的夠嗆。薩、長之間矛盾重重，大久保利通、西鄉隆盛一直想要把實權都抓在薩藩誌士手中，著力排擠和打壓長藩誌士，而長藩的大村益次郎數次指揮戰鬥，都以薩摩兵為先導，表麵上是“好鋼要用在刀刃上”，實際卻是想用薩摩人的性命為長州執政鋪平道路。新政府一成立，自己人就開始爭權奪利了，怎麼還可能容許外人來分一杯羹呢？
“我們忠誠尊王，不惜拋頭灑血，你們東國各藩一直當幕府的走狗，現在卻想搖身一變成為新政府的一員，世上哪有這種惠而不費的美事？”看透了東邊心思，西南藩閥們全都在心裏罵娘。
慶應四年五月，仙台藩主伊達慶邦、米澤藩主上杉齊憲向新政府奧羽鎮撫總督九條道孝提出，希望寬大處理會津藩。會津乃是幕府的親藩，藩祖保科正之本是德川秀忠的第四個兒子，過繼給譜代保科正光，繼承保科的苗字，保科氏先被封在信濃高遠，繼而移封出羽山形，最後換到富庶的陸奧會津，並且恢複了本家鬆平的苗字。會津藩主鬆平容保，是佐幕的急先鋒，尊攘誌士無不對其恨之切齒，非要除之而後快。
其實仙台、米澤這些外樣大名，與鬆平容保的關係也一般，根本沒有為鬆平氏出頭的理由。他們不過是想藉此來觀察新政府的態度，看看新政府將會怎樣處理東北各藩而已。結果九條道孝悍然拒絕了兩家的請求，於是以會津鬆平氏、出羽莊內酒井氏兩藩為首，於六月二十二日成立了“奧羽同盟”，共同抗拒新政府軍的北上。其後北越後長岡、新發田等藩也陸續加入，是為“奧羽越列藩同盟”，總共大小三十一家諸侯。北越後的長岡藩，加入聯盟的時間很晚，但是表現非常搶眼，因為他們冤枉啊！
掃蕩了江戶周邊的絆腳石之後，大村益次郎便開始橫掃關東，結果新政府軍在北陸地區卻陷入了苦戰。當年的四月二十七日，新政府軍北陸方麵軍占領了越後中西部的小千穀，傳令附近諸侯迅速表明態度，是支持新政府，還是支持“朝敵”德川氏。
消息傳到七萬石的幕府譜代長岡牧野藩，家老河井繼之助召集群臣商議對策，部分家臣傾向於新政府，部分傾向於舊幕府，互相攻訐不休。最終河井繼之助敲定了“武裝中立”的方針，並且親自前往小千穀去和新政府軍談判。