深悉中國傳統“天下觀”的日本，在明治維新後全麵西化。這種身份在清廷麵前於是乎就成了巨大的優勢：他們了解西方的近代外交理念的同時，又深悉清廷傳統“外交觀”的種種漏洞，及其與西方近代外交理念的種種衝突之處。如何利用這種優勢在清廷身上獲利，成了明治政府維新之後工作的重中之重。征韓論與奪取琉球，之所以在明治維新之後甚囂塵上，便是日本人深知大清在這方麵的漏洞。
在清廷，“置之化外，未便窮治”，是“天下觀體係”下的政治詞彙。日本人並非不知，但現實需要，他們故意將之放置到了近代“世界觀體係”下理解，於是就成了：清廷承認台灣東部番地無主。
此次交涉影響範圍不大，但也引發了朝廷之外的一些言論。這些言論，又恰恰是日本所需要的。譬如副島種臣來訪半月之後，受北滿州影響提前問世的《申報》，便刊載了署名為“嶺南蓮塘生”的一篇稿件，基本上可以代表當時大多數中下層士大夫們的普遍看法。“嶺南蓮塘生”說：“蓋台灣一帶，雖係中華之地，而台灣府屬界，居海島邊境。至於生番，則又深居內地；雖統稱台灣，實非台灣府屬可管也。且生番蠻類，未曉人性，不入王化，非我朝百姓；與中土何礙焉！”
其中的“不入王化”、“非我朝百姓”等言辭，正合日本人之心。但在“嶺南蓮塘生”的本意，卻並不涉及國家疆域問題，所指均屬文化層麵。兩套彼此交叉、互相矛盾的“世界認知體係”及其衍生出來的不同的外交遊戲規則，被日本政府輕易地操縱於股掌之間，而清廷舉國朝野竟毫無察覺。
有了內外的一致鋪墊，日本政府緊急通過了《台灣蕃地處分要略》，並不顧北海道的戰火剛剛熄滅，加急組織了侵台軍，名曰：“台灣生番探險隊”。《要略》的重點便為副島種臣使團所取得的“外交成果”：“台灣土番部落,為清國政府政權所不及之地。其證據具見清國自來所刊行的書籍之中,而當前任參議副島種臣使清之際清廷官吏所作答語,尤其顯然,故視之為無主之地,具備充分理由。是以報複殺害我藩屬琉球人民之罪,為日本帝國之義務,而征番之公理,亦可於此中獲得主要根據。”
日本出兵台灣在即，台灣道在給閩浙總督的文件裏卻將此事的權重放置在“剿辦彰化廖匪”一事之後，並稱：“牡丹社係屬番界，彼如自往剿辦，在我勢難禁止。”雖然擔心日本人勝利後會盤踞番社不走，但給出的處置建議仍是消極的“一切惟以鎮靜處之”。這自然正是日本人所希望的清廷的反應，台灣地方官絲毫沒有意識到此事關乎中國在台灣東部番地的領土主權。
一切似乎都超乎想象的順利，但是當日軍討“番”統領西鄉從道將出兵台灣的照會直送閩浙總督李鶴年處時，卻出乎意料地遭到了李鶴年的強硬反擊。此後李鶴年更是多次照會西鄉從道，其中名言：“本部堂查台灣全地，久隸我國版圖。雖其土著有生熟番之別，然同為食毛踐土已二百餘年。……查萬國公法雲：凡疆內植物、動物、居民，無論生斯土者、自外來者，按理皆當歸地方律法管轄。……據此各條，則台灣為中國疆土，生番定歸中國隸屬，當以中國律法管轄，不得任聽別國越俎代謀。茲日本國中將照會，以台灣生番戕殺遭風難民，奉命率兵深入番地，殛其凶首，以示懲戒。在生番迭逞悍暴，殺害無辜，即按以中國之法律，亦所必誅，惟是台灣全地素屬中國，日本國政府並未與總理衙門商允作何辦理，逕行命將統兵前赴，既與萬國公法違背，又與先時所換和約內第一、第二兩條不合。”
李鶴年態度的突然強硬，是因為西方幾個看熱鬧的出聲了。最先是英國駐華大使威妥瑪致函總理衙門，告知清廷日本出兵台灣一事，並在信中詢問“生番居住之地，是否隸入中國版圖”。稍後，英、法兩國使節以及總稅務司赫德也先後前往總理衙門，詢問台灣生番所居之地是否中國領土。尤其重要的是，英國通過駐華使節，將來自英國駐日大使阿禮國獲知的信息告知中國：“內稱據東洋意見，台灣島自某處迪南，皆不隸中國版圖之內”。
威妥瑪強調，清廷對台灣番地主權等認定，與英國針對此事的外交態度密切相關。如果中國認為番地不屬於中國版圖，則英國政府對英國民眾協助日本出兵台灣不做任何限製。如果清廷認定台灣屬於中國版圖，則英國政府將明令禁止英國民眾參與日軍出兵台灣一事。法、美各國所持意見，與英國大致相似。