1844年4月30日，梭羅和他的朋友愛德華·霍爾在康科德鎮的費爾黑文湖附近遊玩，不慎引發山火，燒毀了三百英畝林木，造成超過兩千美元的損失；這件事成為5月3日《康科德自由人報》上的新聞。梭羅並沒有因此受到任何懲罰，然而鎮上的同胞卻不肯原諒他的無心之失，經常在背後指責他是“燒毀森林的人”。由於紛紜的人言物議，再加上內心的負疚，梭羅在康科德鎮生活得並不舒心，遂漸漸萌發了搬離他父母家的想法。他最初選中了弗林特湖——當地最大的湖泊——旁邊的荒地，準備到那裏蓋一座木屋供自己居住，可是沒能獲得其主人的同意。
事情的轉機出現在當年年底，愛默生以每英畝八美元八美分的價格，買下了瓦爾登湖邊十一英畝林地。作為梭羅的朋友兼導師，他自然沒有理由拒絕前者的請求。於是梭羅在1845年3月底來到了瓦爾登湖，動手搭建一座十英尺寬、十五英尺長的小木屋；等到7月4日，也就是美國的獨立紀念日，終於如願以償地開始了那段將會在後世成為傳奇的獨居生活。
瓦爾登湖位於康科德鎮區南邊大約一英裏處，雖然費奇堡鐵路緊貼著湖邊經過，但由於人跡罕至，依然是個非常安靜的地方；梭羅在這裏度過了也許是他生命中最重要的兩年。1847年8月，愛默生決定接受英國友人的邀請，到大西洋彼岸去講學和訪問，卻又擔心妻小無人照顧，便邀請梭羅再次住到他家裏。梭羅當然很樂意替愛默生分憂，況且他和後者家人的相處向來非常融洽，所以在9月6日，他帶著兩部在湖邊生活時完成的書稿，永遠地離開了那座親手所建的小木屋。
那兩部書稿，就是《在康科德河與梅裏麥克河上的一周》和《瓦爾登湖》的初稿。前者便是梭羅此前數年間念茲在茲的悼亡之作，記錄了他和約翰從1839年8月31日起在這兩條河上一周的遊曆。用今天的眼光來看，這部書稿雖然有些瑣碎，但梭羅很成功地將個人感情、自然環境、風俗曆史結合起來，可以算是上乘之作。然而當時默默無聞的他卻找不到願意將其付梓的出版商；1847年11月14日，他寫信向正在英國訪問的愛默生抱怨好幾個出版商都拒絕這部書稿。此後他沒有放棄努力，但始終沒有得到滿意的答複，隻好聽從愛默生的建議，把修改過的書稿交給詹姆斯·曼羅公司，在1849年自費印刷了1000冊。就像其他許多名載史冊的大作家一樣，他的處女作也遭遇了無人問津的慘景。在1853年10月28日的筆記裏，梭羅寫道：
過去一兩年來，那位徒有其名的出版商不斷地寫信來，問我應該如何處理庫存的《在康科德河與梅裏麥克河上的一周》，最後旁敲側擊地說，他想把原本被那些書占用的地窖派上其他用場。於是我讓他把書寄過來，今天送到了，裝了滿滿一車，總共706冊。四年前我向曼羅買了1000冊，那筆錢到現在還沒付清呢。……另外290餘冊裏麵，有75冊是贈書，其他的都已賣掉。現在我擁有一座藏書近900冊的圖書館啦，而且其中有700多冊是我自己寫的哦。
雖然在筆記裏故作幽默，但梭羅為了將這本書付印，不惜背上多達290美元的債務（當時普通工人的日薪隻有1美元），整整四年過去，卻隻賣掉可憐的219冊，這不能不說是一種沉重的打擊。
正是因為《在康科德河與梅裏麥克河上的一周》的反響如此之糟糕，同時完稿的《瓦爾登湖》遲遲不能與讀者見麵。不過梭羅似乎很少有懷才不遇的負麵情緒，他樂此不疲、精益求精地對《瓦爾登湖》進行修改和完善，七年間七易其稿，直到1854年8月9日才由波士頓的提克諾和費爾德茲聯合公司出版。
半個月後，也就是8月24日，愛默生寫信給他和梭羅共同的朋友喬治·帕特裏奇·布拉德福德（當時正在倫敦訪問），談到剛剛麵世的《瓦爾登湖》：
舉凡吾國人氏，均應以《瓦爾登湖》為喜。是湖雖小，邇來聲名大振。未知閣下已得閱否？其行文欣快，流光溢彩，殊堪玩味，兼且諸妙鹹備，部分文字已臻極高境界。吾輩皆視亨利為美利堅群獅之王。但觀其人近日於康科德鎮行走之貌，雖似淡定，然顧盼自雄之情，溢於言表矣。