第二十二條專項轉移支付資金依照有關規定應當經地方政府有關部門審核上報的，應當逐級審核上報，並由省級政府財政部門聯合省級主管部門在規定時限內將有關材料報送財政部和中央主管部門，同時抄送當地專員辦。
專員辦應當按照工作職責和財政部要求，審核駐地省級財政部門報送的申報材料，並提出審核意見和建議報送財政部。
第二十三條專項轉移支付資金的申報單位和個人應當保證申報材料的真實性、準確性、完整性；申報項目應當具備實施條件，短期內無法實施的項目不得申報。
以同一項目申報多項專項轉移支付資金（含地方安排的專項資金）的，應當在申報材料中明確說明已申報的其他專項轉移支付資金或者專項資金情況。依托同一核心內容或同一關鍵技術編製的不同項目視為同一項目。
第二十四條地方政府財政部門和主管部門應當加強項目申報環節的信息公開工作，加大申報材料審查力度。
基層政府有關部門應當公平對待申報單位和個人，實行競爭性分配的，應當明確篩選標準，公示篩選結果，並加強現場核查和評審結果實地核查。
第二十五條專項轉移支付資金分配可以采取因素法、項目法、因素法與項目法相結合等方法。
因素法是指根據與支出相關的因素並賦予相應的權重或標準，對專項轉移支付資金進行分配的方法。
項目法是指根據相關規劃、競爭性評審等方式將專項轉移支付資金分配到特定項目的方法。
中央向省級分配專項轉移支付資金應當以因素法為主，涉及國家重大工程、跨地區跨流域的投資項目以及外部性強的重點項目除外。
第二十六條財政部應當會同中央主管部門及時開展項目審核，按程序提出資金分配方案。
第二十七條專項轉移支付資金分配采取因素法的，應當主要選取自然、經濟、社會、績效等客觀因素，並在資金管理辦法中明確相應的權重或標準。
第二十八條專項轉移支付資金分配采取項目法的，應當主要采取競爭性評審的方式，通過發布公告、第三方評審、集體決策等程序擇優分配資金。
第二十九條采取第三方評審的，要在資金管理辦法中對第三方進行規範，明確第三方應當具備的資質、選擇程序、評審內容等。
第三方應當遵循公正誠信原則，獨立客觀發表意見。
第三十條除委托類專項有明確規定外，各地區、各部門不得從專項轉移支付資金中提取工作經費。
第三十一條對分配到企業的專項轉移支付資金，還應當遵循以下規定：
（一）各級政府財政部門應當在事前明確補助機製的前提下，事中或事後采取貼息、先建後補、以獎代補、保險保費補貼、擔保補貼等補助方式。
（二）負責分配到企業的財政部門和主管部門應當在資金下達前將分配方案通過互聯網等媒介向社會公示，公示期一般不少於7日，涉及國家秘密的內容除外。
（三）創新專項轉移支付支持企業發展的方式，逐步減少無償補助，采取投資基金管理等市場化運作模式，鼓勵與金融資本相結合，發揮撬動社會資本的杠杆作用。