專員辦應當按照工作職責和財政部要求，對專項轉移支付的預算執行情況進行全麵監管，並按照財政部要求對部分專項開展重點監管，定期形成監管報告並及時報送財政部。
第四十二條各級政府財政部門應當及時清理盤活專項轉移支付結轉結餘資金。
對結餘資金和連續兩年未用完的結轉資金，預算尚未分配到部門（含企業）和下級政府財政部門的，由同級政府財政部門在辦理上下級財政結算時向上級政府財政部門報告，上級政府財政部門在收到報告後30日內辦理發文收回結轉結餘資金；已分配到部門（或企業）的，由該部門（或企業）同級政府財政部門在年度終了後90日內收回統籌使用。
對不足兩年的結轉資金，參照第四十條、第四十一條執行。
第四十三條專項轉移支付項目依法應當實行政府采購的，原則上由項目實施單位組織采購。確因法律法規有明確規定或情況特殊需要上級主管部門集中采購的，應當按照有關規定履行報批手續。
第六章預算績效管理
第四十四條各級政府財政部門和主管部門應當加強專項轉移支付預算績效管理，建立健全全過程預算績效管理機製，提高財政資金使用效益。
第四十五條各級政府財政部門和主管部門應當加強專項轉移支付績效目標管理, 逐步推動績效目標信息公開，接受社會公眾監督。
有關部門、單位申請使用專項轉移支付時，應當按要求提交明確、具體、一定時期可實現的績效目標，並以細化、量化的績效指標予以描述。
各級政府財政部門和主管部門應當加強對績效目標的審核，將其作為預算編製和資金分配的重要依據，並將審核確認後的績效目標予以下達，同時抄送當地專員辦。
第四十六條各級政府財政部門和主管部門應當加強專項轉移支付預算執行中的績效監控，重點監控是否符合既定的績效目標。預算支出績效運行與既定績效目標發生偏離的，應當及時采取措施予以糾正；情況嚴重的，調整、暫緩或者停止該項目的執行。
第四十七條各級政府財政部門和主管部門應當按照要求及時開展專項轉移支付績效評價工作，積極推進中期績效評價，並加強對績效評價過程和績效評價結果的監督，客觀公正地評價績效目標的實現程度。
第四十八條各級政府財政部門和主管部門應當加強對專項轉移支付績效評價結果的運用。及時將績效評價結果反饋給被評價單位，對發現的問題督促整改；將績效評價結果作為完善財政政策、預算安排和分配的參考因素；將重點績效評價結果向本級政府報告；推進績效評價結果信息公開，逐步建立績效問責機製。
第四十九條專員辦應當按照工作職責和財政部要求，審核省級財政部門報送的專項轉移支付績效目標並提出審核意見，實施預算執行績效監控，開展績效評價並形成績效評價報告和評價結果應用建議，督促相關部門落實財政部確定的績效評價結果應用意見和有關問效整改要求，並對相關後續政策和問題的落實、整改進行跟蹤。