保羅心中的石頭終於落了地，但緊張的工作卻讓他根本無法停下來。理療一結束，他就又投入到了繁忙的軟件編程中去了。
到1983年3月，在DOS2.0開發出來時，保羅的身體已經不允許他待在高強度的工作環境之中了。他時不時地感到頭暈、疲倦，而淋巴瘤的複發又令他隨時都有癌變的危險。保羅很清楚，為了身體，他隻能告別微軟。
這個決定讓保羅非常難過。微軟從建立之初到如今所經曆的8年的風風雨雨，保羅已將自己完全融入到這個從嬰兒成長為少年的公司。這裏有太多的酸甜苦辣、太多的人生滋味讓他不忍心。
舍不得離開的，還有他關於計算機的夢想和與他共同奮鬥的這幫朋友兼知己。尤其是比爾·蓋茨，這個與他少年就相識的玩伴，這個自湖濱中學就因計算機而結識的朋友。蓋茨也是，他也不忍心保羅的離去。他說過：
“當我還是少年時，保羅·艾倫就教我許多有關電腦硬件的知識，並鼓勵我建立信心，並且押注在微處理器上。我很幸運，在我年紀輕輕時他就發現了我的興趣。而今我如此著迷，至今仍是如此。”
失去這個一路陪伴自己的溫柔、大度而充滿包容之心的兄弟，比爾·蓋茨也感到十分難過，不知道還有誰能這麼容忍自己多變的脾氣和暴躁的性格。
臨別的時候，保羅強忍著淚，擁抱了比爾·蓋茨，並用力在他肩膀上拍了幾下。比爾·蓋茨也緊緊地抱著他。他當然舍不得保羅離開，可在健康麵前，所有的事情都是微不足道的。他隻能強忍著淚水讓保羅離開。他知道自己不能這麼自私，為了事業讓自己的朋友冒險，置他的健康於不顧。比爾·蓋茨一字一頓地說：
“董事會永遠會有你的位置。以後有什麼問題盡管找我。”
保羅的疾病和離開給了比爾·蓋茨很大的打擊。畢竟，保羅一直是他的精神支柱。當年，也是保羅用堅毅和執著等待蓋茨離開學校開始創業，他甚至放下自己在西雅圖優厚的薪金待遇，跑到蓋茨所在的城市工作。如果沒有他的堅持，如果沒有他日複一日地與比爾·蓋茨重複著他們共同的夢想，也成就不了比爾·蓋茨日後的輝煌。
還記得8年前，他們創立微軟之初的興奮之情；還記得他們徹夜長談，為了共同的目標而興奮不已；還記得在比爾·蓋茨最困難的時候，保羅總是首先挺身而出，幫助他遊說父母。
在與公司其他員工發生爭執，比爾·蓋茨常常無法控製自己的暴脾氣，這時保羅總是用他的溫厚和寬容化解怨恨，讓大家依然親如一家，充滿激情地工作。
但保羅又必須啟程，他開始尋找人生的另一番風景。他知道自己必須放棄計算機的夢想，幸好他還有其他的夢想等著實現。他要去完成它們，趁著自己還有時間。
保羅不同於比爾·蓋茨，他是一個生命體驗十分豐富的人。與強勢的蓋茨不同的是，他更加注重內心的體驗。
保羅是一個超級球迷，從來不放過西雅圖超音速隊任何一場的NBA比賽。而且有時候，他除了工作之外更喜歡撥弄幾下吉他，或者看幾頁科幻小說。他也很喜歡與家人一起分享家庭生活的溫暖。
離開微軟之後，保羅與家人朝夕相處，並開始環遊歐洲大陸。當他放下名利之心，反觀自己的心靈世界時，他的病竟然慢慢地好轉了，而且再也沒有複發過。自此，他開始照顧母親，並從事其他領域的投資，餘生用來享受生活，並樂在其中。