達到重要目標有兩個途徑——勢力與毅力，勢力隻是少數人所有，但堅韌不拔的毅力則多數人均可擁有。它沉默的力量隨著時間發展而至無可抵抗。
——拿破侖
（一）
1798年3月5日，督政府任命拿破侖為埃及遠征軍總司令。5月4日，在約瑟芬的陪同下，拿破侖離開巴黎。5月8日，拿破侖到達土倫。
在土倫，一路上疲憊不堪的拿破侖馬不停蹄地巡視了海岸和海軍，並重新組建了東方軍團，任貝爾蒂埃為參謀長，他的弟弟路易、繼子歐仁以及上校馬爾蒙、上尉拉瓦賴特等人，組成了參謀班子。
在選拔士兵時，拿破侖也親力親為，因為此次遠征要穿越炎熱、一望無際的沙漠，每個士兵都必須保證身強力壯。
一切準備妥當後，5月19日，遠征艦隊在土倫港揚帆出港，開始了征服埃及的航程。在登船前夕，拿破侖對部隊又發表了極具刺激性的演說，並允諾每位士兵在凱旋回家時可以獲得6畝的土地。
不過，直到輪船起錨時，士兵們還都不知道此次遠征的目的地。這次遠征的目的地是嚴格保密的，隻有包括拿破侖在內的極少數高級官員知道。直到最後一分鍾，官方還稱它是英吉利軍團的左翼兵力，並宣稱他們要經過直布羅陀海峽繞過西班牙，取愛爾蘭登陸。
這個消息傳到英國海軍少將納爾遜耳中，他對此也深信不疑，並馬上命令部隊開赴直布羅陀海峽，在那裏嚴陣以待。而此時，拿破侖正率領艦隊向馬耳他島疾馳。
馬耳他島位於地中海中部，是大西洋通往地中海東部和印度洋的交通要塞，也是地中海最好的港口。當時，這個島上有居民3萬人，由耶路撒冷聖約翰兵團駐守。
1798年6月10日，法軍艦隊抵達馬耳他島，並立即登陸。島上的士兵隻作了象征性的抵抗後便投降了。隨即，拿破侖宣布該島為法蘭西共和國的領土，並廢除了聖約翰騎士團，沒收了他們的土地，建立了新政府。
6月19日，法國艦隊離開該島，同時留下4000名法軍駐守在這裏，以確保地中海法軍的航運能夠暢通無阻。
6月30日，拿破侖的艦隊順利到達了亞曆山大港附近的埃及海岸，此時，海麵波濤洶湧，狂風大作，天氣極其惡劣。拿破侖為避免英國海軍獲得消息後追來，決定法軍艦隊立即在亞曆山大港灘頭登陸。
但是，波濤洶湧的大海很快就打亂了他的計劃，登陸過程對法國士兵來說，簡直就是一場噩夢。他們根本沒有經過專門的登陸訓練，整個艦隊都被惡劣的天氣搞得一團糟，登陸用的小艇也根本無法與大自然對抗，許多人溺死在海中。
盡管登陸進行得艱難而緩慢，但最終還是完成了登陸過程。7月2日淩晨1時，拿破侖率領的法軍踏上了埃及的土地。3時左右，拿破侖親自率領3個師向亞曆山大港出發。幾個小時後，亞曆山大港便落入拿破侖手中。
6天之後，拿破侖命克萊貝爾為當地和全省的司令官，率領9000名衛戍部隊留守亞曆山大，自己則率領其餘部隊向開羅進發。
在通向開羅的不到60英裏的路上，將士們無一不深切地體會到了戰爭的艱苦性。雖然路程並不遠，但因為行軍是在酷熱的沙漠當中進行，故而也極為艱難。
此時正是一年中最炎熱的季節，在沙漠直射的驕陽下，水成了最為寶貴的東西。然而鄉村居民的棄家逃走前，在井裏都投了毒。除了令人作嘔的鹹水塘外，士兵們找不到任何能夠解渴的東西。
空氣裏充滿了毒蟲，黃沙的灼光讓大多數人的視力都受到了影響，許多人甚至因此而失明。路途中不見人蹤獸跡和草木，隻有阿拉伯騎兵神出鬼沒，不時地襲擊掉隊的法軍。
將士們都無法忍受這種惡劣的環境，紛紛怨聲載道，他們甚至憤怒地將帽徽踩入沙土中。唯有拿破侖一人超然於這一切災難之上，他下定決心：一定要將這場戰爭進行到底。他說：
“隻有堅強的性格才有堅強的人，隻有堅強的人才能完成艱巨的事業。”
（二）
法軍入侵的消息傳到開羅，埃及最強大的馬穆魯克指揮官穆拉德貝伊率領2000名馬穆魯克、2000名土耳其步兵和60艘小艦隊從開羅出發，前去阻擊法軍。
7月13日夜間，拿破侖率軍沿尼羅河左岸向南進發，同時由貝雷指揮的一支法國艦隊也沿河上駛。拂曉時分，法軍抵達舒布拉希特，在這裏遇到了穆拉德貝伊率領的馬穆魯克騎兵團。
拿破侖馬上命令士兵將刺刀上好，組成方陣。麵對法軍寒光閃閃的刺刀，馬穆魯克騎兵毫無懼色，他們喊叫著，向法軍發起猛烈進攻，但很快就遭到法軍槍彈和葡萄炮彈的還擊，敗下陣來。在法軍強大火力的逼迫下，馬穆魯克騎兵不得不退向開羅。
與此同時，尼羅河上的法國艦隊與馬穆魯克艦隊也交上了火，法軍艦隊的一艘軍艦被炸沉，埃及士兵登上了兩艘法軍帆船。正當法軍艦隊敗局已定時，一枚炮彈正好擊中了馬穆魯克旗艦上的彈藥庫，整個旗艦頓時灰飛煙滅。敵軍大亂，慌忙撤退，法軍轉危為安。