戰鬥結束後，拿破侖立即發起追擊。7月20日，拿破侖軍隊到達了尼羅河的分支點，這裏距離開羅隻有15公裏，排列整齊、雄偉壯觀的金字塔就在眼前。
就在法軍對金字塔讚歎不已時，拿破侖登上了一個山坡，發現馬穆魯克兵早已在尼羅河兩岸嚴陣以待了。
7月21日淩晨，在金字塔群附近的開闊地帶上，穆拉德貝伊軍和法軍展開了對峙。馬穆魯克一方的中央是精銳的騎兵軍團，由1.2萬名騎士組成。騎兵軍團右翼是2萬名土耳其人和阿拉伯人組成的步兵軍團。他們的陣地上還構築著一道道土壘，後麵設置了40門舊式大炮。騎兵團的左翼是幾千名阿拉伯遊牧部落士兵，有的徒步，有的騎馬，有的騎駱駝，服飾武器雜亂無章。
拿破侖與參謀仔細觀察了敵陣和周圍的隊形，很快就發現了馬穆魯克軍的幾個弱點：騎兵兵團隊列鬆散，步兵更是混亂不堪；土壘簡易，不足以阻擋法軍步兵的攻擊；鐵炮安置在無法移動的海軍式炮架上。
隨即，拿破侖將自己的5個師擺成5個方陣，麵對敵人一字排開，共約2.4萬人，形成了一道不可逾越的刺刀城牆。然後，拿破侖又向士兵們發表了慷慨激昂的演說：
“戰士們，在那金字塔的絕頂上，40個世紀正在俯視著你們！”
上午11點左右，戰鼓聲和軍號聲陸續響起，法軍與馬穆魯克軍展開激戰。法軍將士以密集形向深溝高壘的馬穆魯克騎兵左翼發起衝擊，並打啞了火力不強的大炮。在右翼，法軍也擊潰了部落軍，繳獲了數百頭駱駝。
在法軍的大炮和猛烈攻擊之下，穆拉德貝伊率3000名殘兵倉皇逃走。
金字塔之戰令拿破侖在東方聲名鵲起，嚇得魂飛魄散的馬穆魯克兵稱拿破侖為“炮火之王”。法國也因這一戰役而又獲得了一個殖民地，其代價僅為30人陣亡、300人負傷。而埃及人的傷亡則是法軍的幾十倍。
傍晚，法軍開入開羅城中，並有效控製了開羅。在開羅，法軍獲得了充分的補給，極度疲倦的將士們終於可以好好休息一下了。
就在拿破侖著手準備重建埃及的政治製度時，一條不幸的消息傳來，讓拿破侖驚呆了。這個消息就是：法軍艦隊在海上幾乎全軍覆沒。
（三）
這場海戰史上最為慘烈的大拚殺發生在1797年8月1日。
原來，英國海軍少將納爾遜在發現自己判斷失誤後，立即調轉船頭向法軍艦隊追來。8月1日這天，納爾遜的艦隊終於發現了停泊在阿布吉爾灣的法軍戰艦。拿破侖在離開亞曆山大時，將艦隊交由布呂埃斯將軍指揮，但走時並未對其下一步行動路線作出明確指示。於是，布呂埃斯將軍就將13艘戰艦和4艘快速炮帆船停泊在阿布吉爾灣，但這片浩瀚的水域根本沒有充分的防禦設施。
英軍發現法軍艦隊後，遂從左右兩個方向向其發起猛烈進攻。法軍艦隊腹背受敵，隻有招架之功，全無還手之力。黃昏時分，法軍旗艦“東方號”爆炸，布呂埃斯將軍陣亡。2日拂曉，除2艘主力艦和2艘巡洋艦得以逃脫外，其餘艦隻軍喪失行動能力。
對於拿破侖來說，這個消息不啻晴天霹靂。一向遇到困難都能保持鎮靜的拿破侖，這次臉色蒼白，嘴唇發抖。因為這次海戰慘敗的後果會非常嚴重，艦隊的覆沒會令法國海上交通線被切斷，返回法國的全部希望也隨之破滅，除非屈尊向不共戴天的敵人投降。
當秘書規勸拿破侖耐心等待督政府的援助時，拿破侖大聲咆哮道：
“督政府裏都是一群混蛋！他們嫉恨我，巴不得我死在這裏才開心！”
但為了恢複法軍慘敗後極為沮喪的士氣，拿破侖還是裝出一副自信滿滿的樣子，不在乎地說：
“這是上天在給我們機會，讓我們去創造出古羅馬人那樣的豐功偉績。”
艦隊已經喪失，退路已被切斷，拿破侖必須馬上在埃及建立起絕對的統治地位才行，因為法軍將要在這裏停留相當長的時間。
拿破侖的身上似乎有使不完的勁，戰爭、防務、政府、法院機構、貿易、學術、科學等等，全都引起了他的注意。他毫不遲疑地發出一道道命令和指示，為的是防止與失敗俱來的迫在眉睫的危險。8月21日，拿破侖還以法國科學院為模式，在開羅設立了埃及科學院。
為了確立法國人在埃及的絕對統治地位，拿破侖對一切與法國人作對的人都絕不手軟。隻要誰膽敢觸怒法國士兵，誰就會受到拿破侖的嚴厲懲罰。
就在拿破侖竭力在埃及鞏固自己的統治時，土耳其總督傑查正在阿克附近集結一支土耳其軍隊準備入侵埃及。原來，土耳其見自己的領地被法軍占領，十分惱怒，蘇丹立即派兵向埃及進發，向法軍宣戰。
拿破侖得到這個消息後，馬上組織了有4個師彙集的1.2萬人的遠征隊，決定先發製人，由自己親自帶隊出征。