1799年2月10日，拿破侖從開羅出發。17日，法軍占領了阿裏什，接著又毫不費力地占領了加沙。3月4日，法軍包圍了雅法城，遭到守軍完全抵抗。6日，雅法城攻陷。
3月20日，法軍包圍了阿克城堡。阿克城堡位於三麵環水的半島上，是巴基斯坦的軍事要衝，也是土耳其總督傑查賴以頑抗的據點。這裏守軍非常強大，有250門大炮。同時，阿克城堡還得到了一個英國海軍支隊的支持，這支艦隊擁有2艘戰艦和幾艘炮艇。
3月28日，法軍開始第一次強攻阿克城堡，遭到還擊，未能成功。接下來的5個星期內，拿破侖不顧軍隊傷亡，多次組織部隊強攻，結果都以失敗結束。鑒於種種不利因素，拿破侖放棄了攻城計劃。
5月17日，拿破侖宣布：放棄圍攻阿克，返回開羅。直到6月14日，法軍才疲憊不堪地抵達開羅。為了穩定人心，拿破侖發布了一些哄人的公告，他說：
“我帶回了大批的戰俘和軍旗，我已掃平了傑查的宮殿和阿克城鎮。全體居民已經由海道離開該鎮，傑查受了重傷。”
不過，參加過此次戰鬥的士兵都很清楚，拿破侖的話隻是一個徹頭徹尾的謊言。
不久，拿破侖又編造了一個謊言，但這次他說謊的目的卻是為了離開埃及。
（四）
1799年7月14日的一個傍晚，一名阿拉伯使者給拿破侖帶來一份緊急報告。報告是駐守在亞曆山大港的馬爾蒙發來的。拿破侖從中獲悉：一支土耳其艦隊在英國和俄國艦隊的保護下已抵達亞曆山大港，並準備登陸。
這個消息並沒有讓拿破侖震驚，因為他期待這個機會已經多時了。他立即率領一個縱隊出發，沿尼羅河而下，抵達拉曼尼亞。此時拿破侖獲悉：土耳其兵3.8萬人已抵達阿布吉爾灣，攻克了阿布吉爾要塞和堡壘，俘虜了駐守的全部法軍，並且炮轟了亞曆山大港。同時，穆拉德貝伊軍也正重新集結，準備威脅開羅。
形勢刻不容緩，拿破侖馬上率領1萬名法軍開赴前線。7月24日拂曉，及時趕到亞曆山大港的法軍開始攻擊土耳其軍防線。在11個小時內，拿破侖就打敗了土耳其軍，取得了決定性的勝利，轉瞬之間土耳其軍隊幾乎全軍覆沒，而法軍犧牲的人數不到1000人。
自從遠征軍抵達埃及一來，這是法軍第一場真正的勝利，拿破侖得意洋洋地寫道：
“這是我所看到的最出色的戰役之一。”
拿破侖已經有10個月沒有得到法國和歐洲的任何消息了，此刻，他迫切需要了解法國國內的最新情況，而這次打敗土耳其正是他獲得消息的良機。
拿破侖派使者前往土耳其送休戰旗，借機打探國內消息。沒想到使者被英國海軍司令西德尼·史密斯中途阻攔了。他幸災樂禍地交給使者一卷報紙，並說這是送給拿破侖的小禮物。
英國司令的小計謀得逞了，拿破侖迫不及待地看完報紙後大發雷霆。上麵的消息簡直就是一枚炸彈，將拿破侖炸懵了。
原來，在拿破侖遠征埃及期間，一個強大的反法聯盟又成立了，萊茵河地區的儒爾當將軍敗得一塌糊塗，舍雷爾在意大利也吃了敗仗。英國海軍已經成功封鎖了法國和西班牙，馬耳他也遭英國海軍封鎖。與此同時，法國國內也已四分五裂，到處彌漫著怨恨和不滿情緒。
拿破侖猶如一頭雄獅，大聲咆哮：
“一群笨蛋，無能的傻瓜！我的一切勝利果實都丟失了！我必須馬上離開埃及！馬上！”
8月5日，拿破侖離開了亞曆山大港，10日到達開羅。這一次，他又不得不向他的軍士們撒謊。在17日召開的軍事會議上，他說：
“明天一早，我就要去三角洲視察埃及的民間情況，並對這個國家的人民有一個更為深入的了解。”
拿破侖離開埃及的計劃也是絕對保密的。他命令梅努將軍繼續留在埃及，並給克萊貝爾留下一封信，任命他為軍隊的總司令，繼續駐守埃及，授權他可以自由考慮撤出埃及的事宜。
8月18日，拿破侖帶著一批精心挑選的人才，乘著夜色悄悄離開了開羅。
海上航行單調乏味，拿破侖緊張不安。經過40多天的煎熬後，拿破侖的船隊順利地避開了英軍艦隊的阻攔。
1799年10月8日，拿破侖的船隊終於抵達法國南岸弗雷居斯海峽附近的港口。9日黎明，拿破侖一行在土倫東邊的弗雷居斯陣上岸。
當小鎮的居民得知拿破侖將軍回來了，平靜的小鎮立刻歡騰起來。一位自稱為代表的來訪者向拿破侖說道：
“將軍，請您立即去追擊敵人。如果您願意，我們願意擁戴您為國王。”
民眾的支持和歡騰給了拿破侖準備奪取國家最高權利的信心。他決定當天晚上就返回巴黎，開始他那孤注一擲的冒險事業。