5月7日，拿破侖帶領他的“預備兵團”離開巴黎，悄悄趕到日內瓦。在那裏，他決定從大聖伯納德山口進入意大利。之所以選擇這個山口，是因為該處道路大部分可通馬車，隻有約15英裏的一段路是馬車不能行走的。馬爾蒙將軍當時指揮炮兵，他發明了一個很巧妙的辦法，就是把大炮從炮車上取下來，裝入掏空的樹幹中，然後拖過山口。
到5月17日，貝爾蒂埃已經成功將1.5萬名步兵和1000名騎兵運過山口。而拿破侖則於5月16日離開洛桑，在20日清晨越過大聖伯納德山口。不過，他不是騎著彪悍的戰馬跨過去的，而是騎著一頭騾子，由當地的一位向導牽著。
至此，法軍沒有遇到任何抵抗。拉納將軍率前衛部隊從奧斯塔向夏狄戎迅速推進，至夏多拉·巴蒂亞河穀。
（四）
這時，拿破侖的行動已被奧軍總司令梅拉斯察覺。5月21日，梅拉斯得知一支強大的法軍已通過了大聖伯納德山口，他驚恐不安，隨即留下1.8萬人與堅守瓦爾河的弗歇爾對峙，自己則親率領其餘兵力奔赴都靈。
到了都靈後，梅拉斯又獲悉他的對手是拿破侖本人。但直到5月底，他才得知法軍的蒙塞正在強行通過聖戈塔德山口，威脅著米蘭。這時，他才看清自己所處險境的全貌。
於是，梅拉斯將所有能調回的兵力全部匆忙調回，甚至還下了一道十萬火急的命令給圍攻熱那亞的部隊，要求他們撤回到亞曆山大裏亞。而此時，這支部隊正與馬塞納進行交出熱那亞的談判。
當時，熱那亞城的法軍處境萬分困難。城中糧食已消耗殆盡，法軍大肆搜求馬、狗、貓、 鼠等用以充饑。在奧軍的猛攻之下，馬塞納不得已與奧軍談判。6月4日，談判結束，馬塞納率領8000名餓得半死的守軍撤出奧軍的陣地。
占領了熱那亞後，奧軍留下一支部隊駐守要撒，其餘部隊向亞曆山大裏亞集合。在挺進的路途中，奧軍接到了梅拉斯的命令，奉命改行皮亞琴察，以確保波河渡口。
1800年6月2日，拿破侖進入米蘭。6月9日，他率軍前來斯特拉代拉。在那裏，他等候著從薩沃納和切瓦兩地弗歇爾和馬塞納的消息。因為這兩人的實力若能合起來，那麼他為奧軍所設下的包圍圈就基本完成了。但由於種種原因，這次會師未能按時進行。
拿破侖又分析了奧軍的動向，斷定奧軍會向熱那亞方向撤退，因此率軍進入托爾托納平原，想在這裏阻截奧軍。但由於部隊占地麵積過大，以致任何一個點上的兵力都很薄弱，而敵人反而有利地占有中心地位，拿破侖的心裏感到很沒底。
就在這時，拿破侖的老朋友德塞將軍來了。他剛從埃及返回巴黎，隨後便來到意大利前線。他的到來讓拿破侖的精神為之一振。德塞為人高尚，作戰英勇，他一到，拿破侖就與他熱情地談了3個小時。6月13日夜，德塞奉命率領5000人馬開往熱那亞，以便切斷奧軍的退路。
6月14日天剛破曉，在距離馬倫哥不遠的地方，戰幕拉開了。奧軍在開始幾個小時內就顯示出強大的威力，法軍邊戰邊退，雖然給予敵人巨大打擊，但自己也損失嚴重。下午3時，梅拉斯迫不及待地向維也納宮廷報告了奧軍的進展，並稱奧軍已經大獲全勝，拿破侖已被擊潰。
然而一個小時後，情況發生了急劇變化，德賽將軍率領前去熱那亞的部隊被拿破侖召回，結果給奧軍以沉重的打擊。到5點鍾，奧軍已經在法軍騎兵的追擊下潰不成軍。遺憾的是，德塞將軍在這場戰役中犧牲了，這讓拿破侖非常悲痛。
正當維也納宮廷為梅拉斯第一次送來的令人興奮的消息歡欣不已時，緊接著第二個消息也來到了維也納，帶來的卻是奧軍遭到慘敗的壞消息……奧軍再一次失去了意大利。
這次戰役就是著名的馬倫哥大捷，但這次大捷的代價也是很高昂的，法軍傷亡5835人，且德塞將軍的陣亡也給法軍造成了不可彌補的損失。
不過，這次會戰還是以拿破侖的大膽果斷與別出心裁而震驚世界。許多人將其此次行動與當年漢尼拔進軍意大利相媲美。這次會戰僅僅用了一個月的時間便決定勝負，成為世界軍事史上的傑作。
15日上午，被打敗的梅拉斯派人持停戰旗前往法軍中請求休戰。傍晚，貝爾蒂埃與梅拉斯簽訂了亞曆山大裏亞停戰協定。此時，拿破侖很樂意在極為榮耀的情況下結束這場戰役，因為他需要趕回巴黎，法國的利益和他個人的利益都需要一個和平的局麵。於是，他再一次光榮地凱旋而歸了。