但是，這位總司令又煩了一個大錯，那就是沒有命令霍恩洛爾不惜代價守住薩勒河上的渡口！因為他的失誤，法軍可以毫無障礙地在整個薩勒河以東地區長驅直入。
10月11日，法軍右路縱隊到達普勞恩，中路縱隊進抵奧馬以北，拉納的第五軍也進入薩爾費爾德，同時拿破侖也到達奧馬。拿破侖的意圖是以第四、第五、第六和第七軍進逼耶拿，渡薩勒河，在16日進攻普軍主力。與此同時，繆拉的騎兵、貝爾納多特的第一軍和達武的第三軍應奪取薩勒河在多恩堡和柯森的渡口，切斷敵軍向萊比錫或易北河穀的退路。
13日下午3時，拿破侖在距離耶拿不到14英裏的地方收到拉納的一個報告，稱他已占領了該鎮，並將一支1.2萬人的敵軍逐往魏瑪方向；另有一支3萬人的敵軍駐紮在耶拿以西3英裏靠近魏瑪的大路上。拿破侖馬上率兵趕往耶拿，與拉納軍會合。
10月13日夜間至14日淩晨，大霧彌漫，這對法軍來說真是幸運之至。在大霧的掩護下，法軍的內伊、蘇爾特和奧熱羅的部隊整晚都在從耶拿奮力往高原上調動兵力。拿破侖本人在午夜時親臨現場進行監督。
14日清晨，在奧爾施泰特東北4英裏的哈森豪森村附近，普軍前衛遭到法軍縱隊達武軍的一支先頭部隊，遂展開激戰。受到法軍活力的猛攻，奧軍幾無還手之力。戰鬥隨即全麵展開。
此時，拿破侖也已集中了7.5萬人在耶拿對付霍恩洛爾的4.7萬人，並親自指揮督戰。普軍作戰雖然頑強，但動作遲緩，法軍步兵在機動性和主動性方麵均遠勝普軍。法軍炮兵的運用也比普軍更為有效，與步兵的協同也較普軍密切。
下午3時左右，普軍已潰不成軍。法軍取得了奧爾施泰特和耶拿兩次大捷，沉重地打擊了普軍，使普魯士陸軍作為一個戰鬥實體受到致命重創。
在這兩次大捷中，法軍繳獲的戰利品是十分可觀的：俘獲的普軍有2.5萬人，野炮200門，軍旗60麵。此後，普軍方麵幾乎再沒有什麼抵抗了，而拿破侖終於在開戰3個星期之後，耀武揚威地進入了柏林。途中，他在波茨坦逗留了3天，從逍遙宮拿走了弗雷德裏克大帝的寶劍和軍功章，並將它作為戰利品送給了巴黎殘廢軍人院。
進駐柏林後，拿破侖命令部隊繼續追擊普軍，法軍勝利、普軍投降的消息也不斷傳來。法軍的窮追猛打令普魯士人聞風喪膽，法軍所到之處，更是如一陣龍卷風一樣，沒有任何東西能夠抵抗它的威力。一個月前，普魯士境內到處都是“讓科西嘉的小矮子嚐嚐厲害”的聲音；而現在，這種呼聲早就聽不到了，許多普魯士城堡一聽法軍騎兵的鐵蹄聲，就紛紛放下武器投降了。
到11月10日，普魯士最後一個要塞馬格德堡投降，普法戰役全麵結束，幾乎所有的普魯士城市都被控製在法軍之下。在短短一個月的時間，自詡為歐洲最強大的普魯士軍隊被拿破侖徹底打敗了。
1806年11月中旬，普法談判正式開始。作為勝利者，拿破侖提出了休戰的苛刻條件。普王雖然心有不甘，但普軍根本無力對抗法軍，因此也隻好全部答應拿破侖的條件。
（三）
勝利的榮譽無限地擴張了拿破侖的自我意誌力，他要對大洋彼岸的英國示威了。1806年11月22日，拿破侖在柏林頒布了著名的“大陸封鎖令”，強迫整個大陸屈從於自己的意誌，同英國在經濟上展開一場殊死戰。
在這一禁令中，拿破侖禁止歐洲大陸各國同英國有任何通商往來，宣布英國各島被封鎖，法國勢力所到之處均不得與英國有任何來往。