一個時辰很快便過去，見到武珍城內沒有任何的動靜，李世民也就不再客氣，直接下令所有的炮火直接對準城牆開火，一定要在最短的時間內，將武珍郡的城牆完全徹底的摧毀，然後不惜通過肉搏戰也要將這裏收複。
接下來的整整一個時辰的時間內，大唐的炮火用最大的效率，就如同不要錢一樣，不停地向著武珍郡的城牆傾灑著炮彈。等到炮火終於停了下來的時候，武珍郡的城牆至少被炮彈炸得矮了一半，而且除了東麵的城牆外，剩下的三麵城牆上都至少被炸開了兩道以上的缺口，最小的缺口也至少有七八丈寬，足以令大唐的軍隊在最短的時間內，從南、西、北三方同時衝進城去。
大唐的軍隊再發動進攻的時候，百濟方麵負責守城的部隊，根本就無法站在城牆之上進行反擊。被炸得矮了一半的城牆之上，地麵上有一層厚厚的浮灰，浮灰的厚度甚至超過了一尺。百濟的防守部隊也曾經想，依靠這被炸的隻剩下半截的城牆進行反擊。但是那厚厚的浮灰，士卒們隻要踏入其中，就會將之激起。滿天飛舞的灰塵令士卒們連呼吸都變得異常的困難，就更不要說在這樣的環境下作戰了。
無奈之餘隻好放棄城牆，轉而用士卒的身體去封住城牆的缺口。先不要說百濟的士卒，有沒有大唐方麵的人多，單是在戰鬥力上雙方就明顯的存在著巨大的差異。都不用去考慮神威大炮的威脅，單是陌刀手的存在，就是百濟士卒難以抗拒的存在。
雙方隻是進行了短暫的交鋒，已經在之前炮擊中遭受嚴重打擊的百濟士卒，便立即潰不成軍。接下來的巷戰，簡直就成為了大唐軍隊單方麵的屠殺，到處都可以看到大唐的士卒，把百濟的士卒追得向沒頭的蒼蠅般四處亂竄。
這期間，百濟試圖阻止一支部隊，掩護著扶餘泰從東門突圍，但是在新羅的嚴密防禦，以及大唐軍隊的從旁策應，這一計劃終告破產。扶餘泰在無奈之餘隻好返回城內，躲進臨時王宮進行最後的抵抗。
黃昏時分，扶餘泰的臨時王宮被攻克。扶餘泰也在臨時王宮被攻破之前，在大殿之上引頸自刎。至此，百濟領土上的最後一支抵抗力量也被消除，百濟徹底成為大唐領土的一部分。
就在這臨時王宮的大殿之上，李世民下達了一連串的任命。首先在百濟的故地設立了熊津、馬韓、東明、金漣、德安五個都督府，這五個都督府治下下轄三十七州共計二百五十縣。同時任命青州刺史劉仁軌為熊津都督，統兵鎮守全境。說起來劉仁軌此番能夠率兵出征，還是李恪向李世民推薦的。
當時李世民還覺得有些奇怪，這個劉仁軌隻是一個文官，而且從未有過哪怕是從軍的經曆，更加不可能和李恪認識，自己的這個兒子怎麼會推薦此人率領大軍出征呢？後來，想到了李恪曾經擁經曆過的奇遇，一定是他掌握了天機，這才推薦了劉仁軌，所以才答應了他的這個推薦。沒想到這個劉仁軌還真的沒有令自己失望，帶兵打仗還真的有一套，高興之餘決定要重用於他。
又下令讓郎將劉仁願（與劉仁軌沒有任何關係）鎮守百濟都城泗沘城，百濟當地的酋長則出任各州刺史以及各縣的縣令。最後又下令將百濟王扶餘義慈、太子扶餘隆和朝中文武百官，以及百濟國內的世家、豪族、富紳一萬餘人，盡數通過戰艦運往大唐。武珍郡的所有富戶，由於幫助叛軍抵抗大唐軍隊，被李世民盡數斬首，家眷中的男丁全部充軍邊塞，女眷則全部進入樂籍。
一切都安排妥當之後，李世民讓劉仁軌率領麾下三萬大軍留下善後，然後率領著六萬大軍星夜趕往平壤，準備發動平定高句麗的最後一戰。
高句麗境內，薛仁貴已經圍困平壤城達半月之久，但是始終不對平壤發動進攻。而李恪則率領著麾下的大軍，對高句麗境內的剩餘城池進行攻擊。這期間，李恪手下的一支部隊，由於語言不通導致“誤入”新羅境內，並且趁著夜色襲擊了新羅位於兩國邊境上的一座城池，而且還是軍事要地。
這座城池內駐紮著五千新羅最為精銳的部隊，這已經是新羅國內，除了新羅王金春秋親自率領的大軍外，規模最大的一支部隊。結果，李恪麾下的這支部隊，僅僅用了三個時辰的時間，便將這座城池洗劫一空，五千新羅的精銳士卒在睡夢中，便稀裏糊塗的做了冤死鬼。
新羅王在得知這一消息以後，盡管心疼的要命，卻隻好捏著鼻子忍了下來，就連李恪提出的賠償都沒有要，並且把被李恪部下搶走的財物，作為出兵幫助他們攻打高句麗的謝禮，送給了李恪。