為了實行“三綱五常”之道，儒者們廣泛探討了這個治國之道是否可行的問題。儒者們認為，這“三綱五常”之道，乃是人的本性中固有的東西，所以，國家不僅有以“三綱五常”之道教化百姓的必要，百姓也有接受“三綱五常”之道的可能，這樣，為了治國教化，儒者們廣泛探討了人的本性問題，並進行了激烈的爭論。後來，認為人性本善的意見得到了普遍接受。儒學要求，人，特別是儒者，應把保持這固有的善性作為自己學習和修養的目標，要時時刻刻保持尊敬的心情，好像麵對著上帝，好像上帝就在自己身旁。朱熹還作了《敬齋箴》，把這種學習和修養的指導思想變為行動的規條。
那麼，人性從哪裏來的？善惡的根據是什麼？儒者們因此廣泛探討了人及天地萬物的來源問題，以及天地萬物的相互關係。他們認為，天地萬物開始於元氣，元氣分化為陰陽，陰陽又分化為五行，因此產生了天地，產生了萬物。萬物之中，人最靈，也最尊貴，因為人得了陰陽五行的秀氣，這秀氣，或說是至清無礙的元氣或太虛之氣，有至善無惡的天理，這是人性的根源。人性，就是這天理，所以本善無惡，這至善無惡的本性是天地之性或天命之性。但是，當氣凝聚而成形質，就有了氣質之性，氣質之性帶來了惡，就像清澈透明的水結冰以後就不再透明一樣，由這個氣質之性產生了欲望，是惡的根像。從這個意義上說，人的修養，就是去掉欲望，恢複本性，本性就是天理，所以叫存天理，滅人欲。
儒者們為了治國而研究人性，為了說明人性而研究天地萬物，當人們隻看到儒學的這一部分時，覺得儒學好像隻是純粹世俗的學問，純粹世俗的哲學，這是由於他們忽略了儒學和國家祭祀的神靈的關係，忘記了儒學曾明確表示的，是為了輔佐上帝治理民眾才研究各種問題的。
在探討世俗問題的同時，儒學還探討了專門的神學問題，比如，有關上帝的種種問題，即上帝觀，西方曾進行過熱烈的討論，中國古代也進行過熱烈的討論。
關於上帝的名稱，儒者們各據儒經，或稱皇天上帝，或稱皇皇後帝，或稱天立大帝，後才定名為昊天上帝。關於上帝的形象，最初是神人同形，甚至認為就是上到天上的人間君主。後來鄭玄認為是天上的北極星，唐宋以後的儒者，把“昊天”解釋為“元氣浩大”，雖無人形卻有人格，可以賞善罰惡。祭祀中，為什麼儒經中有時稱天有時稱上帝？朱熹說，天設壇而祭，稱為天；蓋屋而祭，稱做上帝。朱熹的解釋後來成了儒教禮製改革的根據。
儒經規定，天子祭天，諸侯祭境內山川，其他人基本上隻能祭自己祖先。為什麼是這樣規定？儒學說，那是因為隻有同類的氣才會發生感應。有人問朱熹，地方官代替古時諸侯，祭境內山川，他們的氣類和山川之神是否能發生感應？朱熹說，既然規定他們能主祭這些神靈，自然能互相感應，儒者祭孔，道理也是一樣。這種近乎強詞奪理式的解釋，乃是一切宗教都有的、不得已的事情。
儒學特別是唐宋以後的儒學，否認和人同形的鬼神，但並不否認鬼神的存在。他們說，子孫祭祖，能和祖先的氣息發生感通，虔誠的子孫甚至能和已逝的高、遠祖的氣息發生感應。
儒者追求的目標，生前，是協助君主教化和管理百姓，行堯舜之道，使天下太平，死後，是成賢成聖，被放入孔廟，陪同孔子享受祭祀。到孔廟陪同孔子享受條祀的製度，創立於唐代，第一批入選的儒者有顏回、孟軻，也有董仲舒、王弼，宋代的王安石、朱熹等，都曾享受到這種最高的待遇。從宋代開始，儒者們還到處建先賢祠，類似佛教的羅漢堂。其中供奉自己崇拜的儒者，自己死後也可能會受別人供奉。
清朝末年，康有為在鼓吹政治改革的同時也鼓吹宗教改革，企圖以基督教為模樣，使人人都可以祭天、祭孔，並建議全國到處修建孔廟，廢除一切淫祀神祠。康有為鼓吹的政治變革失敗了，他鼓吹的宗教改革也未能成功。