董卓死後，作為誅殺****的首要功臣，王允得以總理朝政，錄尚書事，王允也表奏天子任呂布為奮威將軍，儀仗與三司相同，並進封為溫候，與之共同執掌朝政。
大權在握的王允態度開始發生改變，他原先懼怕董卓，故屈身降誌，委曲承奉，殺卓之後，以為再無患難，就有點居功自傲。
當然他也有驕傲的資本，生殺予奪基本由他一個人說了算，董大人脾氣大，王大人的脾氣好像也不小。
蔡邕本是當世大儒，雖迫於壓力，委身於董卓，但並沒有幫董卓做什麼壞事，有一次蔡邕到王允家裏作客，說起董卓的時候，想起了董卓的知遇之恩，不知不覺歎息了幾聲。
王允很不高興，當場變了臉色，勃然大怒，罵道:“董卓，國家大賊，幾乎覆滅我朝，你身為臣子，應和大家一樣感到憤怒，隻是因為他對你好，你竟然把大節也丟了，不知道朝廷正懲處所有有罪之人嗎！你在這裏悲傷、哀痛，難道不是與他通同叛逆?”
蔡邕也意識到自已有點失態，馬上謝罪，但王允不依不饒，還是逮捕了蔡邕，交廷尉審訊。
獄中，蔡邕承認有罪，請求黥首斷腳，饒一條命，使他能繼續修成漢史。
蔡邕的名氣很大，不少士大夫憐憫他，求王允放過蔡邕，但王允就是不鬆口。連太尉馬日蟬都專程前往王允住處，替蔡邕說情：“伯昭(蔡邕字)是難得的曠世奇才，學問淵博，見多識廣，特別是對本朝故事了解頗多，應當給他機會，讓他繼續寫成史書；況且伯昭以忠孝聞名於士大夫之中，現在以莫須有之名給他判罪，恐怕有失眾望，不服人心吧!”
王允反駁道：“從前漢武帝不殺司馬遷，使他寫謗書，流傳後世。現在國家的命運中衰，皇位不穩固，不能讓諂媚的人在幼主左右執筆。對皇上沒有好處，我們這些人也會受到他的攻擊。”
馬日蟬無奈，隻得退出，遇到同僚後，不由得感慨地說：“王允這種作法恐怕不行吧!善待人才，這是一個國家得以維持和發展的命脈，而讓國家經典得以流傳，則是重視國家製度和創作的保障。如今，像王允這樣不重視賢才，切斷國家的命脈，阻礙國家經典的流傳，難道能維持久遠嗎？”大家聽後，都不停歎息。
蔡邕最後冤死獄中。之後，文武百官和士大夫對蔡邕的死議論紛紛，王允聽聞這些議論後，這才後悔處置有些過份。
蔡邕死時六十一歲。很多士大夫和儒生為他屈死流淚。兗州、陳留間甚至有人畫著蔡邕的像紀念他，可見蔡邕影響之深遠。
蔡邕能有如此巨大的影響，不僅因為他博學多才，還因為他極講孝道，是天下士林學習的楷模。
蔡邕年輕時，母親就臥病在床，不能起身。在母親臥病三年期間，不論盛夏嚴冬、氣候變化，蔡邕沒有解開過衣帶，母親病重的時候，他一直不睡覺，足足守了七十天。母親死後，他在墓旁蓋一間房子住下守著，一動一靜，都遵守當時的禮製。這些都不是一般人能裝出來的。
蔡邕除了以孝名動天下外，本人也極愛學習，少年時就博學多才，文學、數術、天文，音樂無一不精。熹平四年(175年)，蔡邕在其他人幫助下修訂《六經》被漢靈帝正式頒定為標準經文，供所有儒生學習，蔡邕用紅筆親自寫在碑上，使工人刻好立於太學門外。碑新立時，來觀看及摹寫的，一天之內，車子就有近千輛，街道也隨之堵塞。
蔡邕的死令很多朝中大臣對王允大感失望。
人死不能複生，如果說王允殺蔡邕，隻是措施失當的話，那麼對董卓舊部的處理，則是王允最後走向滅亡的最重要和最直接的原因。
董卓的嫡係部隊是涼州兵，戰鬥力強，董卓死後，如何處置涼州兵，是王允眼下最需要考慮的大事。
在怎樣處置董卓舊部的問題上王允態度模糊，有些搖擺，他企圖削奪涼州兵將領的兵權，取締全部涼州兵，並且計劃利用關東兵去控製他們。
他手上最主要的力量是呂布，呂布和王允是一根繩上的螞蚱，但呂布在董卓身邊常常扮演的是看家護院的角色，董卓手上的主力都掌握在自已的女婿牛輔等人手中。忠於呂布的兵馬並不多。董卓死後，京城內的一些部隊投靠了王允、呂布等人，力量有所增強，但與董卓部署在外麵的部隊相比，明顯有差距。
王允和呂布第一個想到的就是董卓的女婿牛輔，牛輔統領董卓的主力單獨駐紮在S縣今HNSMX市殺死董卓後不久，呂布立刻派李肅到陝，打算用皇帝詔書的命令殺掉牛輔。
當時，牛輔正分別派遣校尉李傕、郭汜、張濟攻奪陳留、穎川各縣。聽說董卓被殺的消息後，牛輔就開始戒備，李肅隻能當眾宣讀詔書，但牛輔根本不予理會，率眾攻打李肅，結果李肅戰敗，逃到弘農郡（今HN靈寶北）。
李肅的失敗讓呂布很生氣，雖說是同郡人，又在誅殺董卓時出力不少，但呂布仍怪其無能，將其處死。
牛輔打了勝仗，本是好事，但皇帝以詔命殺他這件事，令牛輔很擔心，他害怕有人利用這件事暗害自已，於是整天手握兵符令箭，把兵器放在身邊，借此給自已壯膽，每次會見部下及賓客，他都先讓相麵先生看一下來人，觀察一下來人臉上是否有反氣。