尼雅河是尼雅居民的母親河，大約在距今三、四千年前，全新世早、中期年代以前，尼雅遺址一帶是大水期，河湖交替發育，這裏不太適宜居民的居住，人們隻好生活在昆侖山前尼雅河的階地上。考古告訴大家，在距今7000～4000年前有一支狩獵人群從東麵來到了尼雅河，居住在尼雅河上遊緊貼山體的第1級、第3級高階地上。他們會磨製細石核，打製細石葉以及其他的工具。細石葉加工的比較規整，呈長方形，有的一側或兩側都經過人工的進一步修整。他們是現今所知生活在尼雅河上最古老的居民，當時，已是暖溫的荒漠地帶，氣候幹燥。這裏生存著各種野生動物，如野駱駝、羊類、鹿、野豬，兔都不會少，還有虎等，居民過著非常艱辛的狩獵生活。他們活動了很長的時間，後來就消失了，可能追蹤著一種狩獵動物，離開了尼雅河。
尼騅遺址一帶適宜人們居住，大概是在距今3000年前考古的青銅時代、地史進入全新世晚期的時候。這裏相對溫幹，湖泊變小，開始分散，河流侵蝕形成了許多的台麵，在風沙切割作用下縮小了河湖間的地麵。這時，從亞洲的北部草原帶有一支農業居民漸漸地由北向南遷移，他們經過了新疆準噶爾盆地，來到了塔裏術盆地。他們也來到了尼雅河的下遊，尼雅遺址北40多公裏的地方，距現尼雅河末端綠洲80多公裏，遷移的原因、具體的路線並不清楚。1980年以來，水文地質和石油勘探人員先後在這一帶發現了他們活動的遺跡，1993年和1996年中日學者兩次聯合考察了這一遺址，將它稱作“北方地區”遺址。這裏發現了居住的房址，牆體的木柱和編紮的葦草骨牆堆積，可惜在房址內外沒有發現任何的遺物。考古隊員在遺址的四、五個地點都發現了陶器、石器，青銅器和骨料器等，非常有意思的是陶器風格明顯，多是素麵、以戳印工藝製作圖案，紋樣有乳丁紋、弦紋、幾何形折曲棱紋等，顯示出亞洲北方草原文化的典型傳統工藝及紋樣特點。采集的石器有石鐮、石斧、石磨盤、穿孔石器、石紡輪、石球等，其中石鐮、石斧，石磨盤、穿孔石器，都與農業生產有關；石紡輪的出現，說明有了紡織業及存在養畜業的可能。直背斜刃銅刀的發現，無疑顯示出居民進入了青銅時代。
尼雅河流域上生活過的居民，經過了多次的變遷，進入了傳統意義上的尼雅遺址時代，它是一個全新的有文字的文明時代。今天人們走進尼雅遺址所見到的房屋遺跡大都是這個時代的遺跡，這支考古文化表現出的文化特點也非常的明白。在埋葬上開始使用由木板製作的箱式棺，隨葬的陶器大都是土黃色，器物以罐為主，還有壺，帶流罐等，器物比較規整，雖然有不少仍然是手製的器物，但也有不少具有模仿輪製陶器的效果。有木器，如木碗，木盆，木杯之類的，也有漆器，漆奩等。居民的穿著絲織品增多，同時也有不少的棉織品。農業生產有了進一步的發展，木耜工具已普遍使用，有鐵製的鐮刀。這支考古文化出現在尼雅河的時間，可能是在東漢的中期以後，這一帶發現過推測是東漢晚期的炭精官府印章“司禾府印”、五銖銅錢等，說明這裏曾有過東漢政府的屯田府兵，漢銅錢是主要的交易貨幣。
人們不會懷疑戰國，西漢至東漢初期，在尼雅河流域生活居住的是精絕國臣民，曆史進入了東漢明帝時期（公元58－76年），此時的塔裏本盆地東部的羅布泊地區發生了一些曆史變化。早在西漢年間統治著羅布泊地區的樓蘭王國已更名為鄯善國，鄯善國勢強大，此時對外擴張，吞並了且末、小宛，精絕和戎盧等國，隨後的尼雅遺址就進入了鄯善國的時代。然而，事情並非這麼簡單，在尼雅遺址出土的隸書漢文饋贈禮品的木簡，收受禮品的精絕國上層人物人中就有“王”，“大王”，“且末夫人”（是且末王女作了精絕王的夫人）等，同時，還出土過“漢精絕國承書從（事）……”的漢簡。
對此學者的解釋，認為這是東漢末葉精絕國又獨立了一段時間的反映。或許精絕遠離鄯善中心，獨立性還是比較地強，保留著王國的一些特權應是常事。
不管怎麼說，在尼雅遺址裏發現了大量的有鄯善國王紀年的怯盧文簡牘，此後的很長時間，精絕變成了鄯善王國統治下的一個州，這個州可能就叫精絕州，也就是怯盧文簡牘中的“凱度多州”，今天我們在尼雅遺址見到的遺跡都是在這個時期廢棄的，即公元4世紀末。
尼雅遺址，通過考古透視出古老文明的一線光亮
尼雅遺址是一個遊離的自然形態聚落。遺跡分布相當地分散，南北長25、東西寬7公裏，沿著尼雅古河道呈細長的形狀分布，麵積達175平方公裏。如果人們將尼雅遺址作為同一時間的大聚落來觀察，就會發現這是一個規模相當地大，相當繁盛的古代綠洲王國聚落，它可以和現代的任何一個地州，縣市的街鎮比大小，規模是驚人的。綠洲帶居民住宅的分布一般就是這樣，沿河而建，家家門前都有流水通過，尼雅遺址居住建築的形成過程或許就是如此，不斷地發展起來了。現今我們能看到各種遺跡100多處，有：佛塔和寺廟、房屋居址、陶窯和煉爐、田地和果園，畜舍和柵欄、木橋，道路和林帶、澇壩、古城和墓地等，一個文明的群體生存生活的必需建築似乎都可以找到，是一個完整的國家。許多遺存建築在孤立的土台上，構成一個居址的小單元，同時，自北向南也有數座居住遺址單元構成一個居住遺址群，由此形成了尼雅遺址的大聚落。
然而，尼雅遺址是在很長的時期裏逐漸形成的一個大聚落，將全部遺跡放在一個時間平麵上去研究，似乎並不科學，也不好理解。從今天獲得的考古資料，考慮到各遺跡的空間和時間的平麵關係，細細推敲它們形成的全過程，也是非常的困難。不過，人們要進入尼雅遺址沒有必要像考古學家考慮的那樣多，那樣細致，由一條合理的時間通道走人就可以了。
尼雅佛塔說起尼雅遺址，必須先認識尼雅佛塔。這不僅僅它在尼雅遺址中是最具代表性的建築，而且成為記錄尼雅各遺跡方位座標的基點。說它最具代表性，首先它比較好辨認，在尼雅隻發現一座。同時，大體上居於遺址的中央，是中部居住遺址的核心，許多考察隊都把營地安紮在這裏，附近有10多米高的紅柳沙包，和一些沙埋的籬笆牆，早出晚歸好辨清方向，防止在茫茫沙海裏走失。