1.收入指標下降。由於增值稅為價外稅，在確認收入時需要價稅分離，收入指標會有所下降。經測算，下降比為5.66%。收入指標的降低將會影響試點地區和非試點地區以收入指標為評價標準的行業排名。
2.預付款提前納稅。如果業主議價能力較強，要求提前開具增值稅專用發票，設計單位就必須將預付款納入銷項稅額繳納增值稅。一般情況下，業務會要求先開具增值稅專用發票，且付款的期限未知。
3.實際收入減少。“營改增”試點之後，應稅服務理論上應當提價至包含增值稅銷項稅額才與試點前的成本相對應，但是由於“營改增”隻在部分地區開展，非增值稅一般納稅人即使取得增值稅專用發票也無法進行抵扣。在大部分情況下，勘察設計企業對業主的議價能力幾乎為零，自行承擔該部分稅負，在成本未能同步減少的情況下，實際收入下降。
（四）“營改增”對合同簽訂產生的影響
“營改增”對合同簽訂影響不大，但有點值得重視：
業務單位的選擇。選擇業務單位時，應優先考慮稅改地區單位。稅改地區的單位可開具增值稅專用發票，這樣可以合理降低企業稅負。這裏指的業務單位不能包含勘察設計的分包，因為勘察設計的分包可以實行差額征收的政策。這裏的業務單位隻能是研發和技術服務、信息技術服務、文化創意服務、、有形資產租賃服務、鑒證谘詢服務。
（五）“營改增”對發票管理產生的影響
增值稅專用發票在保管、開具、作廢、紅字衝銷、認證、抵扣等環節的要求更為嚴格。因此，發票管理就成為此次稅改能否順利進行的重要一環。下麵分別從銷項稅和進項稅兩個方麵就“營改增”對發票管理產生的影響進行說明：
1.對銷項稅發票管理的影響
（1）對一般納稅人開具增值稅發票時，開票信息一定要齊全、準確，以免出現由於信息錯誤而出現的作廢和紅字衝銷。可以要求需要開具增值稅專用發票的業主提供其一般納稅人登記證等證件，這樣既可以規範增值稅專用發票的開具，又可以降低發票管理的工作量和相應的稅務風險。
（2）增值稅專用發票的認證期限為180天，需要提醒業務部門及時將發票提交業主予以認證，以免造成不必要的退票。
（3）嚴格執行增值稅專用發票的作廢和紅字衝銷等方麵的管理規定，不符合作廢條件的退票要履行紅字衝銷手續。
（4）將增值稅發票提交業主時，需要履行簽字手續來證明發票的交接。如果財務部門與業務部門、業務部門與業主沒有發票交接過程和明晰的交接清單，一旦發生發票丟失的情況，責任將無法認定。
2.對進項稅發票管理的影響
（1）明確應取得增值稅發票的範圍，能得盡得。
（2）應繳增值稅和營業稅的業務要單獨核算，不能抵扣的進項稅不得抵扣。
（3）設置專人管理進項稅票的認證和抵扣工作。
（4）除非不可抗力等法定原因，否則必須在發票認證期限（180天）內辦理認證手續。
二、“營改增”的問題與對策
（一）在增值稅實際抵扣過程中遇到的問題及對策
勘察設計行業可以抵扣進項稅的支出項目大體包括：采購固定資產（不包含新建、改建、擴建、修繕、裝飾不動產）、無形資產、辦公家具等，支付曬圖費、效果圖製作費、資料費、圖書費、租車費、招投標代理服務費、勞保用品費、辦公用品費、修理費、汽油費、水電費、審計費、評估費、運輸費、勘察費、分包設計費、技術服務費、技術谘詢費等。
以下三方麵的問題值得關注：
1.對方單位若是小規模納稅人或者一般納稅人的分公司，需開具增值稅專用發票，但必須通過稅務局或者總部代開。然而，一旦對方單位較為強勢，拒絕開具專用發票，就會造成稅負損失。遇到應該開具但實際不能夠開具專用發票的企業或相關業務，需要在合同有關金額的談判環節注意稅款損失的挽回。
2.增值稅專用發票一旦通過認證就無法修改。認證後發現金額、單位錯誤等，則會造成抵扣數額偏低甚至無法抵扣的稅負損失。認證之前須仔細核對票麵信息，杜絕出現有瑕疵的進項稅票通過認證的事情發生。
3.不是取得的所有增值稅專用發票都能進行抵扣，一旦在抵扣過程中出現錯誤，將不可避免麵臨重大稅務風險。如用於非增值稅應稅項目、業務招待用煙酒、用於職工福利、非正常損失、接受的旅客服務、購入的應征消費稅的汽車等。
（二）稅收減免中遇到的問題及對策
營業稅的稅收優惠政策在剩餘稅收優惠政策期限內，享受增值稅的優惠。勘察設計單位的稅收優惠主要體現在以下三方麵：一是設計分包的差額納稅事項，稅製改革實行抵額或者抵稅的做法。二是向境外單位提供的設計服務實行增值稅零稅率。三是一是技術轉讓、技術開發和相關的技術谘詢、技術服務方麵繼續執行免征增值稅的優惠政策。但在實際操作中需要注意：技術轉讓、技術開發等應稅服務免交增值稅。但是，如果客戶是增值稅一般納稅人，要求取得增值稅專用發票，一旦開具，免稅政策將不適用。