除此之外，道奇還要對付蘇族人（Sioux）、夏安族（Cheyenne）、克魯族（Crow）和阿拉珀霍族（Arapahoe）這些部落的致命襲擾。他寫道：“印第安人的麻煩是從1864年開始的，並一直持續到鐵路在普羅蒙特裏丘陵的銜接地帶。”據報道，因為獵場被侵占，平原上曾出現過因此被激怒的25000名印第安戰士，接著就是因為殺戮當地定居者而引起的懲罰性報複，然後又是火車失事。道奇需要5000名騎兵，但是陸軍部沒有資金來組建這樣一支人數眾多的軍隊。在奧馬哈和丹佛之間，隻有200人的騎兵和600人的步兵，一個騎兵說：“真是糟得像地獄，1個士兵要對付3個印第安人。”在道奇的傳記裏，他寫道：“正在修築卡尼堡到比特克裏克的鐵路的我們，人員和物資都有不少損失。”死亡的人數雖然很少，但卻讓人們很害怕。最容易受到伏擊的是道奇的先遣勘察隊，他們由18到20人組成，並由6名騎兵保衛著去為鐵路線尋找一條穿越人跡罕見的草原、丘陵、戈壁和沙漠的道路。每一次在平地、鋪枕木、勘察和架橋時，道奇都把卡賓槍和手槍發給工作隊員們，而且還附加一條簡短的命令：“遭受襲擊時不要逃跑。”他寫道：“我不知道有哪次他們沒有遵守這個命令。”對於道奇來說，其實每次遭遇印第安人的襲擊都是偶然的。1865年9月在與掠劫者進行波德河（Powder River）戰役時，他帶領6個人去探察過一條通向黑山的路線，這是修築鐵路的主要障礙。中午時，他們在山穀裏被100多個克魯族戰士發現，並被阻斷退路。道奇馬上讓他的人衝上克羅河（Crow Creek）和洛奇波爾河（Lodgepole Creek）之間高高的山脊，點火向山下的騎兵主力發信號，然後躲在大岩石後麵向已經迫近的克魯族人開槍射擊。傍晚的時候，人們才看見道奇的信號。但是當救援的騎兵部隊護送他的探察隊下山的時候，他發現他們幾個隊員藏身的山脊向下平順地伸展到平原。“省得我們再費勁了，”道奇說，“我想我們已經找到穿越黑山的路線了。”事實就是如此，1866～1867年他和隊員們返回時，證明這條路線非常理想。他根據一位負責保護這條鐵路線不受印第安人破壞的將軍的名字而把此地命名為舍曼隘口（Sherman Pass）。終於，這條鐵路翻越了懷俄明州的舍曼峰頂，海拔8242英尺，而成為所有大陸鐵路經過的最高點。［此記載的根據是道奇的傳記。華萊士·法納姆（Wallace Farnham）教授對此有異議，他認為是出生於英國的工程師詹姆斯·A·埃文斯（Jams A.Evans）發現了這個地方。］
在西部，“瘋牛”查爾斯·克羅克發現自己深懷管理技能，而自己以前從不知道。他沒有任何工程學知識：“就像自己不能飛一樣，我沒辦法測量要挖多少方土石。”但是，他擅長發號施令，同時也是一個合格的鼓動者。他最主要的創新是把成千上萬身為洗衣工、廚師、幫工、花匠、街頭小商販、漁夫和在快要廢棄的金礦裏淘金的人變成了築路工人。在加利福尼亞，60000名華人淘金者遭到歧視和虐待，他們交納200萬美元不公平的稅後卻不能享有選舉權，不能告狀，並被禁止上公立學校。有這種歧視看法的典型人物是中央太平洋公司的總裁利蘭·斯坦福。