（二）加強審計監督的獨立性。
事業單位會計內部控製製，執行是否到位，最主要的取決於單位領導的重視程度，還取決於內部職工的認同程度，內控製度執行的是否有效，還應由審計監督部門對財務資料進行審計檢查，但如果審計監察部門不能獨立開展審計工作，受利益關係影響，很難提供高水平的審計報告，否定意見偏低，其提出的內部控製製度上防範和降低舞弊風險的效果也大打折扣。因此，有必要不斷加強審計監督部門的獨立性，健全組織結構，賦予獨立審計權限，參與重大事項研究，及時了解生產經營工作，能夠實時跟蹤審計監督。同時，還應適當引進外部審計機構，對內部會計控製缺陷的發現、披露、整改的監控作用，使外部審計和內部審計自查形成合力，真正實現會計內部控製對合法性的保證。事業單位的審計監督機構運行時，無論在國家經濟方針的指引下，還是相關法律的規範下，都應該以全麵、完善、獨立的會計內部控製來對事業單位的管理進行監督。
（三）加強內部控製環境建設，提高職工素質。
事業單位的會計內部控製有效執行與單位內部環境緊密相關，最高層的重視程度是內部會計控製建設成敗的關鍵，特別是企業文化建設，作為企業靈魂和個性，能提高職工的認同感和歸屬感，在一個誠實守信，遵紀守法的文化氛圍環境下實施會計內部控製，將起到事半功倍的效果，在製定內部控製製度時，應本著自下而上、自上而下、反複修改，得到認同，便於操作，能真正落實的目的，否則，再好的內控製度不能執行也是一紙空文；要不斷提高職工素質，尤其是會計人員的綜合素質，提高核算與監督能力，滿足事業單位的日常業務管理的需求，敢於履行會計職責，不怕得罪人，維護國家、集體、職工權益。提高職工素質，使職工了解、掌握相關法律法規，能夠遵紀守法，積極配合財務會計人員搞好財務核算，提供真實可靠的原始資料，通過相互配合與協調，能夠有效的使內部管理與會計控製得以貫徹執行，確保財務信息全麵、真實，推動事業單位財務管理工作有序實施。
通過解析事業單位會計內部控製的相關問題，借此提出完善事業單位會計內部控製的方法，使其能夠利用始終完善、與時俱進的會計內部控製來管理、監控、約束事業單位的管理與發展，使之能夠與經濟發展相匹配，保證國家資產安全完整，促進事業單位持續健康發展。
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