（二）生均綜合定額內容過濫
生均綜合定額是根據生均運營成本得到的，而運營成本的經費來源不僅僅隻是來自於財政撥款，還包括學校事業性收入等其他經濟來源。所以現行的生均定額並不是財政正常的經費撥款標準，而這個虛大的定額數字往往給高校的發展帶來許多阻力。
（三）專項補助未落實
專項資金本是生均綜合定額的有效補充，但在具體核撥過程中卻沒起到應有的輔助及對高校的激勵作用，原因是在經費安排的過程中由於人際需要等方麵的原因，除了極少部分國家特別扶持的項目而外都采取了“家家好”的均分政策，將這些資源分散後不但發揮不了積極作用還給高校一個錯誤的引導，嚴重影響高校科研的熱情、學術水平的提升及高校間專業不同側重的良性競爭。
（四）績效撥款體現不明顯
財政撥款標準及模式的確定一方麵為了方便操作、保持透明，更重要的是公平公正，激勵高校提升自身辦學水平為國民經濟的增長貢獻更大力量。但是衡量高校辦學能力及科研、人才產出的指標未健全，在對高校的撥款中顯得十分大眾化，未體現出正向、合理激勵的意義。
三、國外財政撥款模式借鑒
（一）美國國家與地方配合的多種撥款模式
美國高校的管理權在州政府，所以在管理及基本經費投入中占有主要地位，而聯邦政府的投入隻作為輔助手段。聯邦政府及州政府對高校的財政撥款在主次配合的基調下通過直接和間接撥款的模式，在此其中直接撥款又占有主導地位，常用的模式大致包括公式撥款、績效撥款、協商撥款三種模式，增量撥款也是曾今主流的撥款模式，但隨著高校的發展已逐漸被淘汰，對於地方政府而言除了以上方式還有結合區域經濟及地緣政治的特殊撥款手段。
（二）英國高等教育基金會及分類撥款模式
英國高等教育的撥款曆史在世界範圍內都是屈指可數的，在1889年英國成立了大學學院撥款委員會（CGUC），以此打開了了英國對於高校財政撥款的特色道路，在隨後的一個多世紀裏，專門的撥款機構不斷的演進發展，在促進英國高等教育不斷發展的同時也形成了自己的科學體係。現階段的專門撥款機構被稱為高等教育基金委員會（HEFC），其是一個非官方的機構，負責對英國高校財政撥款進行分配。這個類似於中間人的中介機構在政府及高校間扮演著十分重要的角色，不但可以緩解二者的衝突與矛盾，還在很大程度上提升了撥款的效率及資金使用的高效性。
（三）日本“雙重結構”與“內外評估”結合的撥款模式
日本政府對高校的財政撥款是借助從憲法開始的一係列明確的法律來保障的，並且是由中央政府、都道府縣和市各級共同分擔財政撥款的責任。日本現行的對高校的財政撥款主要有“雙重結構”的針對性撥款和“內外評估”為依據的核撥方式。日本對高校的財政撥款在其特殊的辦學主體的背景下顯得十分特別，但通過評估來進行核撥的方式就類似於績效核撥一樣，與傳統撥款方式相比具有很明顯的優勢，它為對高校財政核撥提供了重要的理論依據，同時也將社會及高校信息得到及時共享促進了社會資源得到合理高效的配置。
四、對我國高校財政撥款模式調整的建議
（一）聯合中央及地方的多參數綜合撥款
對於我國而言，雖然中央及地方的關係與美國和日本有很大體質層麵的區別，但現行的多種政策製度也是由中央及地方配合完成的，特別在省一級更是有比較大的政策行使權。在對高校的財政撥款方麵，中央直屬院校與地方及民辦院校有著截然不同的扶持政策，這使得地方及民辦高等教育的發展十分受限。政府應該加強不同層級的配合，由地方負責基本教學的撥款，而由中央進行專項補助，不但在宏觀層麵可以調整各校及各地高校發展，還可以促進區域經濟的形成及發展。而對於基本撥款，不能單純使用以學生人數為單一指標的生均綜合定額，應該引入多參數共同作用的綜合撥款，例如美國的公式撥款，加入學科、類別、區域等影響因素在撥款上的體現。