公元189年四月，漢靈帝劉宏在南宮嘉德殿病逝。死後第三天，皇子劉辯登極，年14歲，是為漢少帝。尊母親何皇後為皇太後。何太後於是就臨朝主政，赦天下，改年號光熹。封皇弟劉協“渤海王”，時劉協才9歲。擢升後將軍袁隗（袁紹的小叔叔）當皇家師傅太傅，跟何皇後的哥哥大將軍何進，共同主管宮廷機要。而漢靈帝病急時，又將宮內大事及劉協，托付給宦官上軍校尉蹇碩。
蹇碩與何進兩人素來不和。蹇碩本來打算先誅殺何進，再擁立劉協登極，因事泄露，不成。何進既掌握大權，痛恨蹇碩的陰謀，秘密準備報複，想把宦官一網打盡，全部誅殺。蹇碩也想到何進不肯罷休，大為恐慌，就聯係幾個宦官謀誅何進。結果這幾個宦官反而向何進告密，蹇碩反被何進逮捕處死。
秋季，七月，少帝劉辯改封皇弟渤海王劉協當陳留王。中軍校尉袁紹再次向何進建議全部誅殺宦官，何進晉見何太後陳述，何太後不同意，何進一時也拿不定主張，袁紹見何進沒有膽量發生行動，就又建議何進征召四方著名的軍事將領及英雄豪傑，使他們率軍向京師進發，同時威脅何太後。何進以為是好主意，予以同意，可最高統帥部主任秘書（主薄）陳琳反對，認為這樣做是“掩住眼睛捉麻雀”，自欺欺人，而典軍校尉曹操聽到消息後，冷笑著說：
“宦官這種東西，古今都有，問題隻在於君王不可太寵信他們，更不可賦給他們大權。既然懲治罪犯，也隻能限於誅殺元凶，交給一個軍法官就夠了，何必勞師動眾，紛紛征召地方部隊以致威脅朝廷？要全部消滅宦官，消息一定走漏，我將能親眼看到殺宦官者的失敗！”
何進聽了，忿怒頓生，對曹操狠言道：“孟德亦懷私意耶？”
曹操於是退下，說：“亂天下者，必定是進。”
大將軍何進於是就命董卓率軍進逼京師。董卓的軍團是漢、羌、胡各族的混合武裝集團，軍紀十分不好，官兵野蠻，掠奪成性。董卓本人生性殘暴，狡詐無情，貪得無厭。朝中大臣紛紛勸說何進不要讓董卓進京，何進不聽，董卓大軍進逼京城的消息傳入宮中，引起宦官們的恐慌，以張讓、段煨為首的宦官決定先下手為強。八月二十五日，何進前往長樂宮晉見皇太後以後，張讓等騙他重新入宮，就在嘉德殿擊斬何進，隨即緊閉宮門。袁紹、袁術得到消息，率軍殺入內宮，斬殺宦官2000餘人。張讓、段煨等困守寢殿，束手無策，無奈隻好裹脅皇帝劉辯和皇弟劉協步行逃出穀門（洛陽正北門），向北方亡命。董卓大軍挺進顯陽苑（洛陽西郊），遙遙望見洛陽大火衝天，知道發生政變，即強行軍急進，在北芒阪（邙山北側）下，跟皇帝劉辯一行人相遇，董卓於是擁帝回京。
董卓進京之後，依仗武力，廢少帝，立陳留王劉協為獻帝，自封為丞相，獨攬朝中大權。董卓的涼州軍一到洛陽，便縱兵劫掠，任意屠殺百姓，欺掠婦女，軍紀蕩然無存。但董卓初到洛陽時，步騎兵不過3000人，兵力單薄。當時曹操仍在洛陽，掌握著一部分兵權。董卓為了擴大自己的勢力，竭力拉攏曹操，任命他為驍騎校尉。但曹操看到董卓這樣的驕橫跋扈，野蠻殘忍，十分痛恨，根本不願和他合作，並且料定他一定會失敗，於是就想逃走。此時袁紹已逃離京城，投奔冀州（河北省中部），袁術也因恐懼董卓，棄職投奔南陽（河南省南陽市）。曹操為了免遭毒手，便在一天夜裏，改裝換名，帶著幾個親兵，沿小路也逃出了洛陽。
第二天早晨，董卓聽說曹操逃走，又氣又急，立即派兵追捕，同時發出通緝令，布告附近各州縣。
又過了一天，城裏風傳曹操已經遇難。從家鄉跟隨曹操進京的人都想散夥。曹操夫人卞氏十分傷心，她勸阻眾人：“曹公凶吉未定，有朝一日，如活著回來，我們有何麵目見他？如果真的大禍臨頭，大家一塊去死，有什麼可怕！”眾人聽了，覺得有理，便乘董卓兵士不備，護著卞氏離開洛陽，回到了故鄉譙縣。
再說曹操並未遇難，他逃出洛陽後，隱姓埋名，沿小路向家鄉方向急趕，途中經過成皋（河南省滎陽汜水鎮），到他父親的好友呂伯奢家宿夜。那一天，碰巧呂伯奢不在家，呂伯奢的5個兒子出來殷勤招待。曹操是從洛陽逃出來的，一路上一直提心吊膽，生怕被人暗害，加上他又生性多疑，呂家兄弟雖是熱情，他仍感懷疑。在屋休息時，忽聽後院傳來“沙沙”的磨刀聲，還有人在小聲說話：“捆起來殺了怎麼樣？”曹操疑心大起，立即拔出劍，衝出房門，見人就殺，不由分說，一下殺了呂家8口。待神稍定，才發覺呂家兄弟原是準備殺豬來招待他。曹操知道殺錯了人，心裏很懊悔，但轉念一想：“寧可我負天下人，不要叫天下人負我。”於是，便縱身上馬，繼續趕路。
從成皋出來，還要經過中牟（河南省中牟縣東）。那時中牟還是屬於董卓的勢力範圍之內。當曹操過境時，境內的一個亭長發現曹操行跡可疑，就把他扣留起來，送到中牟縣衙門。那時縣衙裏已收到了董卓通緝曹操的命令。但是縣令沒想到亭長送來的嫌疑犯就是曹操。隻有中牟縣的人事官（功曹）心裏知道亭長押來的正是曹操，但是這個功曹以為現在天下已亂，不應再迫害天下英雄豪傑，就向縣令說：“以世方亂，不宜拘天下雄雋。”為曹操說個了情，縣令想想也對，便把曹操給放了。曹操僥幸逃離中牟，一路快馬加鞭，向家鄉譙縣趕去，於這年十二月份到達離譙縣不遠的陳留郡（河南省陳留縣一帶）。
陳留距離洛陽有530裏地在東漢全盛時期陳留郡有17萬多戶，86萬多人口，在當時是數得上的大郡。陳留郡太守張邈，原來和曹操、袁紹都是好友。陳留郡隸屬兗州，當時的兗州刺史劉岱，又是士大夫集團中反對董卓比較積極的人物。因此，在曹操抵達陳留之後，就允許曹操在陳留郡己吾縣（河南省寧陵縣西南）一帶招募軍隊，以待進討董卓。
曹家本來就有一部分財產在兗州境內，曹操就把家產拿出來作為招募和訓練軍隊的費用。陳留有個名叫衛茲的“孝廉”，早就對曹操很欽佩，家裏也很有些財產。曹操恐怕家產不多，費用有缺，便在家擺下筵席，拜請衛茲來家商談。
曹操與衛茲寒暄過後，便對他說：“現在朝廷中皇上弱小，董卓專權，欺君害民，為天下人所不齒，我想力扶社稷，無奈力量不夠。公是忠義之士，我冒味請你幫助！”衛茲應道：“我早有這個心願，隻恨一直沒有遇到英雄，現在您既然有此誌，願以家產來助你一臂之力。”曹操一聽大喜，於是就先發詔告，馳報附近郡縣，然後招募兵士，豎起招兵白旗，上麵寫有“忠義”二字。沒有幾天，應募的人紛紛而來，竟至3000人之多，日後曹操帳下的大將樂進、李典、夏侯惇、夏侯淵兄弟等均於此時投奔曹操。曹操的堂弟曹洪、曹仁也帶2000人從譙縣和江淮來到陳留。曹操有了這5000人馬，便正式打出了討伐董卓的旗號。
這時袁紹已到河北，董卓還想籠絡他，派他做渤海（河北省南皮縣東北）太守。袁紹就在河北說動冀州牧韓馥，並聯絡關東（函穀關以東）州郡，於公元190年正月共同聲討董卓。相應的州郡共有17處之多各路人馬，多少不等。因為袁紹是北方最大的豪強，聲望最高，大家便推他做總指揮（盟主）。袁紹自稱車騎將軍，其他將領，都由他用朝廷名義，授予官職，曹操被授予奮武將軍。
盟會上，眾將領都慷慨激昂地發誓，決心同盟除暴，興複漢室。盟會畢，殺牲祭祀，歡宴3日。袁紹遂安排各路人馬，袁紹跟河內（河內省武陟縣）郡長王匡駐軍河內；冀州州長韓馥留守鄴城（河北省臨障縣）負責後勤糧供應；豫州（河南省）刺史孔佃駐軍穎州；兗州刺史劉岱、陳留郡長張邈、張邈弟廣陵（江蘇省揚州市）郡長張超、東郡（河南省濮陽縣）郡長橋瑁、山陽（山東省金鄉縣）郡長袁遺、濟北國（山東省長清縣）宰相鮑信全部屯紮在酸棗（河內南省延津縣）；後將軍袁術則駐軍魯陽（河內南和魯山縣）；曹操一軍雖有5000人左右，可是因為沒有地盤，在給養諸方麵，不得不受陳留郡長張邈的接濟，在指揮上，也不得不受他的節製，因此也駐紮在酸棗。一時天下英雄豪傑，都心歸袁紹，隻有鮑信告訴曹操：“智謀不是為每個人都有，能撥亂反正是你，才幹如果和地位不相稱，即使強大，最後也一定倒斃，難道是上天派他們下來為你開路的嗎？”