康熙在宣鼇拜進宮前，對那些參加布庫的滿族少年做了交代。太皇太後認為，如果此舉成功，當然是天大的好事，如果失手，也無關緊要，可以推托是借此檢驗一下孩子們的勇武之威，屬於少年不懂事的荒唐行為。進可攻，退可守。
沒過多久，鼇拜就大搖大擺地進入皇宮。這時，正在做布庫遊戲的小孩蜂擁而上，一下子就把鼇拜摔倒在地，並且結結實實地捆了起來。直到這時，鼇拜還沒弄清楚是怎麼回事。這時，康熙宣布鼇拜“上違君父重托，下則殘害生民，種種劣跡，難以枚舉”。經過審問，列舉其大罪三十條，本應立斬，但念其是顧命輔臣，又有戰功，且效力多年，免其一死，革職籍沒，與其子一道終身監禁；黨羽一律處以死刑。同年，鼇拜死於獄中。
除掉鼇拜，康熙掌握實權以後，緊緊依靠宿臣老將，如索額圖、傑書、圖海等人，采取了一係列革新朝政的措施，深得人心。醫治戰爭的創傷，逐步恢複和發展社會經濟，改變了生產倒退、民生凋敝的困難局麵，使久困於戰亂和饑荒的百姓得以休養生息。
（二）削平三藩綏靖寰宇
鏟除鼇拜集團以後，年輕的康熙又經曆了“三藩”作亂的考驗。“三藩”是投順清朝後封為藩王的三個明臣的總稱，即雲南的平西王吳三桂、廣東的平南王尚可喜、福建的靖南王耿精忠（襲其祖耿仲明、父耿繼業爵位）。三藩本身或他們的父祖輩都是叛明降清的漢族將領，靠鎮壓農民起義、背叛明朝起家。他們受封藩王後，擁兵自重，逐漸形成了三個封建割據的獨立王國。
三藩中吳三桂是頭號人物，他是遼東（今遼寧省遼陽市）人，武舉出身，在明朝末年，曾任遼東總兵，鎮守山海關。農民起義軍領袖李自成攻克北京後，曾經招降過吳三桂。然而，由於農民軍策略有誤，反而使他投到了大清的懷抱中，充當清軍入關的先鋒，引清軍攻入北京城內，殘酷鎮壓了李自成起義軍。接著，他又配合清軍鎮壓各地人民的抗清鬥爭。因此，吳三桂被清統治者倚重，受封為平西王。
尚之信的父親是尚可喜，原為降清明將。清初，尚可喜帶兵入關，後來鎮守廣州，受封為平南王。其長子尚之信，粗暴凶殘，養狗取樂，隨意殺人，甚至以割人肉喂狗為戲。尚之信甚至連父親都不放在眼裏。父子政見不合，尚之信漸漸將父親晚年的藩王大權掌握在自己的手中。
耿精忠的祖父耿仲明，也是叛明降清的將領，後被封為靖南王，其子耿繼茂及孫耿精忠承襲其職。耿精忠對福建勞動人民肆意盤剝壓榨，而且生性驕奢淫暴、肆意妄為。他發怒時，常剝人皮以泄恨，每年剝人皮數十張。耿精忠野心極大，謀反稱霸一方的念頭早已有之。
吳三桂、尚之信、耿精忠合稱“三藩”，他們都懷有分裂叛亂的野心，在對抗中央的統一目標下，他們逐漸結成了反對中央政權的死黨。他們殘酷地搜刮民脂民膏，每年花兩千多萬兩銀子去養活自己的軍隊，致使“天下財賦，半耗於三藩”。這時，他們又期望依靠這支軍隊為自己賣命，去發動大規模的武裝叛亂，把廣大勞動人民重新拖入分裂混亂的災難之中。康熙帝親政時便意識到三藩割據的隱患，並且注意到吳三桂等人的分裂之心蓄謀已久，漸成尾大不掉之勢，若不及早清除，遲早要禍及國家。因此，康熙帝早就有撤藩的打算。親政後，他親自書寫了“三藩、河務、漕運”的條幅懸掛於宮中柱子上，把解決三藩問題作為朝夕不忘的首要大事。當康熙帝收到吳三桂和耿精忠為掩蓋自己叛亂意圖而假意要求撤藩的疏文以後，便先交給大臣們討論，結果反對撤藩的人占了絕大多數，而同意撤藩的人卻隻有幾個。反對撤藩者提出了種種理由。有人認為，移藩後要派軍隊去原藩地鎮守，勞廢甚大；更有的人甚至為吳三桂求情，說他鎮守邊關，物足民豐，並無謀反的征兆。議政王貝勒大臣們也議論紛紛，莫衷一是。隻有兵部尚書明珠、戶部尚書思翰、刑部尚書莫洛等少數人堅決主張撤藩。