在前後十幾年的時間裏，商鞅共進行了兩次變法。
（一）第一次變法
秦國經過了三年的變法準備，到公元前356年，秦孝公任用商鞅為衛庶長，實行第一次變法，主要內容有下列四點：
1.頒布法律，製定連坐法，輕罪用重刑。商鞅把李悝所製定的法經增加了連坐法。就是在按五家為一伍，十家為一什的基礎上，建立相互告發和同罪連坐的製度，告發“奸人”的可以如同斬得敵人首級一樣得到獎賞，不告發的要腰斬，如果一家藏奸，與投敵的人受到同樣的處罰，其餘九家如果不告發，要一起辦罪。旅客住店要有官府憑證，否則，店主人與奸人同罪，其目的是為了限製人民的隨意流動和戰國時期縱橫家的四處遊說。還主張對輕罪用重刑，認為這同樣可以迫使人民連輕罪也不敢犯，重罪就更不用說了，這叫“以刑去刑”。為了保護私有的馬和耕牛，對盜竊牛馬的人判處死刑，為了統一度量衡，規定“步過六尺者有罪”。對輕罪用重刑，目的在於貫徹指定的法律，運用封建政權的力量，加強對人民的統治，更重要的是把人民的反抗鬥爭給鎮壓下去，以達到地主階級所說的“大治”。《戰國策》評價商鞅變法的成效是：“道不拾遺，民不妄取，兵革大治。”史記稱讚其為：“道不拾遺，山無盜賊，家給人足……鄉邑大治。”
2.獎勵軍功，禁止私鬥，頒布按軍功賞賜的二十等爵製度。頒賜爵祿，基本上是財產、權力以及社會地位的一種分配製度。西周以來，為了鞏固宗法製度以及統治者的權力，周王朝將爵位基本上分為公、侯、伯、子、男五等，俗稱五等爵，其主要特點是將宗法血緣關係和爵位緊密結合在一起，而且世代相傳罔替到。春秋戰國時期，一種新的爵祿製度開始興起，爵位開始與宗法血緣脫鉤，爵祿也止於其身或三代而止。商鞅變法時，就采用了這種製度，並且把爵位分得更細，分為二十等：第一級是公士；二級是上造；三級是簪袤；四級是不更，是相當於士的；第五級是大夫；六級是官大夫；七級是公大夫；八級是公乘；九級是五大夫，是相當於大夫的；第十級是左庶長；十一級是右庶長；十二級是左更；十三級是中更；十四級是右更；十五級是少上造；十六級是大上造；十七級是駟車庶長；十八級是大庶長，是屬於庶長一級的，相當於卿的；第十九級是關內侯；二十級是徹侯，也叫列侯，是相當於諸侯的。收回貴族所有的爵位，取消他們的特權，所有一切都與戰場的軍功掛鉤，即隻有在戰場上立下功勞的，才可以重新回到貴族的行列，領回爵祿。並且此時的秦國，老百姓的衣食住行都與爵祿聯係起來，吃飯穿衣都與軍功掛鉤，有嚴格的規定，“有軍功者顯榮，無功者雖富無所芬華”。占有田宅、奴隸的多少以及服飾穿戴，都必須按照爵位等級的規定，否則是要受到處罰的，同樣，以獎勵軍功而禁止私鬥，“為私鬥者，各以輕重被刑”，把全國人的注意力都集中在戰場上，從政治、經濟等多方麵建立軍國體製，以適應戰國時期戰亂形勢的需要。
3.重農抑商，獎勵耕織，特別是獎勵墾荒。秦國地廣人稀，荒地較多，再加上農業生產條件不太好，秦人傳統上以遊牧為主，故多戰馬，而軍糧缺少，特別是遇到災旱之年，情況更差。所以商鞅在秦國把獎勵開墾荒地作為發展農業生產的重點。商鞅變法令規定：“戮力本業耕織而致粟帛多者，複其身；事末利及怠而貧者，舉以為收孥。”本業指從事男耕女織的生產事業，末利指商業和手工業，複其身指免除其本身的徭役，收孥指連同妻子、兒女收入官府為奴隸。這樣的法令是為了獎勵一家一戶的男耕女織的小農經濟的生產，有利於推動封建生產力、封建生產關係的發展，從而促進地主經濟的發展，增強地主階級的實力。為了達到重農的目的，商鞅不惜采用各種辦法抑製商人及商業活動，在《墾令》裏規定：第一，商人不得賣糧，不能賣米糧，就無利可圖，那麼就對自己的行業膽怯懷疑；第二，提高酒肉價錢，把酒肉的價錢提高十倍，並加重其稅，那麼，酒肉商人就無利可圖，一定會數量大減，而在位者就不能隨意揮霍；第三，廢除逆旅經營，不許商人經營旅館，旨在限製勞動人民的流動和削減縱橫家的遊說活動；第四，加重商品銷售稅；第五，商家的仆人必須服兵役。其目的都是為了減少商人的數目和活動。另一方麵，采取多種措施鼓勵和資助農業的發展：第一，增加農民的數目，這是抑商的直接目的，農民數目增加了，農業自然也就發達起來了。第二，逼迫農民專心務農，禁止農民購買糧食，逼迫他們自食其力。第三，使農民愚守於耕種，隔絕農民與知識的關係，使他們愚昧無知則不生異心，就專心致力於農耕了，同時也要逼迫農民心靜如水，就能安心務農了。第四，裁減官吏，使農民不累。官員數量少則稅輕，官員廉政則民靜，農民自然不受幹擾，就有時間去開墾荒地了。還主張“一山澤”，就是由國家統一管理山澤之利。所有這些措施，其目的在於防止商人損害和破壞小農經濟，扶助小農經濟的發展，這在封建社會剛開始確立階段有巨大的進步作用。
4.焚燒儒家經典，禁止遊宦之民。商鞅為了推行變法令，打擊儒家的複古思想，曾斷然采取“燔詩書而明法令”的措施，同時下令禁止私門請托，禁止遊說求官的活動。