商鞅的變法必然會引起舊貴族的反抗，一時國都內“言初令不便者以千數”；後來這些人又前來獻媚說令便，商鞅稱之為“亂化之民，盡遷之於邊城”。曆史上任何一次變法維新，都不僅是一種治國方略的重新選擇，而且是一種利益關係的重新調整，這便是改革會遭到阻力的真正原因。由於商鞅廢除井田、獎勵耕戰等改革措施觸犯了貴族階層對土地和官職所一向具有的壟斷特權，因而便遭到了以太子為首的既得利益集團的強烈反對。但是商鞅並沒有被這些有權有勢的人所嚇倒，他認為法律的製定，並不隻是用來製裁老百姓的，自古“法之不行，自上犯之”，因而主張首先懲辦那兩位唆使太子違抗新法的老師。結果，公孫賈的臉上被刻上了墨字，公子虔則因屢教不改而被割掉了鼻子。商鞅此舉，確實起到了“殺雞儆猴”的作用。人們看到，就連太子的老師都逃脫不了法律的製裁，於是再也不敢抱有任何僥幸的心理了。經過商鞅的這番努力，新法“行之十年，秦民大悅。道不拾遺，山無盜賊，家給人足。民勇於公戰，怯於私鬥，鄉邑大治”。《戰國策》對此事的評論是：“商君治秦，法令至行，公平無私，罰不諱強大，賞不私親近，法及太子，黥劓其傅。期年之後，道不拾遺，民不妄取，兵革大強，諸侯畏懼。”商鞅執法敢於不避貴勢，在秦國震動頗大，這是上下都能奉公守法的重要原因。新法令推行幾年後，秦國百姓家給人足，臣民勇於公戰而怯於私鬥，故國勢蒸蒸日上，孝公以商鞅為大良造。商鞅受命為大良造，接著辦理了兩件事：一，出兵占領魏固陽。固陽是魏的重要關塞，魏在此地修築魏長城用以抵擋秦國的進攻，是秦、魏兩國的必爭之地，商鞅占領固陽，那麼，魏長城就失去了應有的防禦作用，而秦東部邊疆的壓力就相對減輕了。有了相對穩定的環境，商鞅才有時間安心地推行改革。二，遷都鹹陽。秦占領固陽之後，魏長城就失去了作用，河西之地盡在秦國的勢力範圍之內。這個時候，秦國已不再是一個固守一隅、落後懦弱的國家了。秦人的視線已放眼東方，準備渡過黃河，把戰場開辟到黃河以東去，為了達到這戰略目的，必須把首都遷到更理想的地方，便於運作全國經濟、政治及軍事。鹹陽是秦孝公及商鞅理想之地。鹹陽，北倚高原，南臨渭水，坐落在秦嶺懷抱之間，沿渭水而下，可直達黃河，然後直奔函穀關，利於出擊，是東向發展的方便之地。經過三年的經營，鹹陽終於具備了國都的條件。兩年後，秦從雍（今陝西省鳳翔）遷都鹹陽，並第二次下變法令。
（二）第二次變法
公元前350年，商鞅進行第二次變法，這次變法進一步從經濟和政治上進行改革，目的在於進一步謀求富國強兵。變法內容主要有以下幾點：
1.廢除奴隸製的井田製，“開阡陌封疆”。阡陌指每一畝田的小田界，封疆指每一頃地的大田界，意思是指廢除井田製，把原來百步為畝的“阡陌”和每一頃田的“封疆”統統廢除，開拓為二百四十步為一畝，重新設置新的界限。這項舉措是為了廢除奴隸製度下的土地國有製，允許並承認土地私有和買賣，擴大政府擁有土地的授田製度，以利於地主經濟的發展，增加封建政權的地稅收入。因此，所謂“廢井田、開阡陌、封疆”，是為了重新整治耕地，令民力盡其用，使軍功授爵賜田發揮更大的作用。並且頒布法律嚴禁侵犯私有土地，即“盜徙封，贖耐”。就是指把私自移動田界看做偷盜行為，要判處耐刑（即剔除鬢發），但允許出錢贖罪。
2.普遍推行郡縣製，設置縣一級官僚機構。秦孝公時代，秦國已實行郡縣製代替封建世襲製，進一步加強中央對地方的控製，也進一步將地方官員的任免大權集於國君一身，商鞅這時把鄉、邑聚（村落）合並為縣，建置了四十一個縣，設有縣令、縣丞等地方官吏，還設有縣尉。縣令是一縣之長，縣丞掌管民政，縣尉掌管軍事。公元前349年“初為縣有秩史”，就是在縣官之下，開始設置有定額俸祿的小吏，從此縣一級地方行政機構才正式確立。縣製的普遍推行，是為了把全國證券、兵權集中到朝廷，建立中央集權的封建政治體製，以便於鞏固封建統治，發展地主經濟。《商君書·懇令篇》說：“百縣之製一形，則從；迂者不飾，代者不敢更其製，過而廢者不能匿其舉。”就是說，各縣的政治製度都是一個形態，則人人遵從，奸邪的官吏不敢玩弄花樣，接替的官吏不敢變更製度，犯了錯誤而罷黜的官吏就不敢掩蓋其錯誤行為。還認為，隻有這樣，才能“民不勞”“民不敖”，做到“農多日，征（征收賦稅）不煩，業（農業生產）不敗，則草（草地）必懇矣”。在不實行封建製度的前提之下，對於新占領地區，秦必須構思出一套管製的辦法，而郡縣製度正好滿足這個需要。商鞅此時加以推行，一方麵說明秦國新占領地區逐漸增多，另一方麵也是未雨綢繆，使這套製度推行到全國去，成為秦治國的基本政體。