第一，不言天道與鬼神。在我國曆史上，儒家講“以神道設教”，墨家講“尊天事鬼”，道家講“人法地，地法天，天法自然”，他們都要從神、鬼、天、道那裏找到理論支柱，以推行他們的社會主張。他們在道德上、倫理上、修身養性上、謀取群眾的利益上以及哲學理論上是強者，但在政治的實際施行上卻是弱者。商鞅從哲學的強者那裏吸取了力量，掃蕩了鬼神，斬斷了天道鬼神與政治、社會改革的聯係，從而根據曆史進化論的觀點，來大膽創新，勇於改革，以大無畏的精神與一切頑固守舊勢力作堅決的鬥爭，來推動中國曆史的發展，這集中表現在商鞅與頑固派的辯論與鬥爭上。商鞅變法最先遇到的是反對者提出的“聖人不易民而教，知者不變法而治”，商鞅以曆史進化論的觀點駁斥說，這是“常人安於固習，學者溺於所聞”的世俗之言，他指出：“三代不同禮而王，五霸不同法而霸。故智者做法，而愚者製焉，賢者更禮，而不肖者拘焉。”保守派又以“法古無過，循禮無邪”相詰難，商鞅針鋒相對地反駁：“前世不同教，何古之法？帝王不相複，何禮之循？伏羲、神農教而不誅，黃帝、堯、舜誅而不怒，及至文、武各，當時而立法，因事而製禮。禮法以時而定，製令各順其宜。治世不一道，便國不必法古。湯武之王也，不循古而興；殷夏之亡也，不易禮而亡。然則反古者未必可非，循禮者未足多是也。”商鞅從曆史的發展進化中確立變法的原則和理論依據，“當時而立法，因事而製禮”，“治世不一道，便國不必法古”，如果真要以史為鑒，那麼隻有根據當今的形勢而變法圖強。從曆史的進化中得出由平等到尚賢，由尚賢到尊官，由無法、無官、無君到有法、有官、有君的曆史進程，得出了尚力、重刑、任法變法依據。商鞅學派主張嚴明刑罰，以“刑治”而不以“義教”，“不貴義而貴法”，這是針對人的衣食保暖的自然本性而采取的措施，自然人性論是法家堅持法製路線的哲學基礎。人民的本性是“有欲有惡”，如果君主將刑罰用於許多方麵以抑製、禁止人民的各種欲望，而利賞隻出於農戰一途，那麼人就會做事專一，去從事他們所憎惡的農戰，那麼全國的力量就會集中到農戰上，國家就可以富強。法律萬能論的突出，商鞅學派把追名逐利、好逸惡勞、貪生怕死作為人的自然本性，因此他認為：人民戰勝了法律，則國亂；法律戰勝了人民，則兵強。治國拋棄了法律，那就好比希望不受凍而拋棄了衣服，好比希望不挨餓而拋棄了糧食，希望到東方卻走向了西方一樣。法令“要製定名分”，如果“名分未定”，就連堯、舜、禹、湯都會曲而犯奸，去追逐名利，如果名分已定，那麼騙子也會變得正直誠信，窮苦的盜賊也不敢妄取。這基本上是法律萬能論，不僅認為法令可以禁止人民為奸，而且認為法令可以成就人的道德。我們知道，法律並非是萬能的，社會除法律之外還需要道德的約束，隻有禮、法並用，才能促進社會的和諧發展。
第二，君主集權主義與民本思想。商鞅認為：“國之所以治者三：一曰法，二曰信，三曰權。法者，君臣之所共操也；信者君臣之所共立也；權者，君之所獨製也。”顯然，在這三個要素之中，君主獨占其一，而另外兩個能否得到執行，其關鍵在於國君一人。“權者，君之所獨製也”，這是商鞅施行變法、建立新的政治體製的一個基本原則。在提出君主獨占權力的同時，又提出了君主“不以私害法”，指出君主不能私自占有天下人的利益，而是為了天下人而君臨治理天下，即天下非君主一人之天下，而是所有人的天下。甚至還提出君主可以論賢舉能而實行禪讓，這是君主集權與民本思想相結合的一個典型論述，這種思想一直貫穿於中國封建社會發展的整個曆史進程中，直到清代的宮廷即現在的故宮裏還有這樣一副對聯：“惟以一人治天下，豈將天下奉一人！”
第三，商鞅的經濟思想。農為強國之本，商鞅根據當時征戰不息的形式以及秦國的地理條件，實事求是、因地製宜地提出“富國強兵”的思想，他的變法措施基本上都是圍繞“農戰”而展開。農是戰的基礎，所以農是強國之本，商鞅學派的重農思想與戰國時期的諸侯兼並的戰爭形勢有密切的關係，國不興農則貧，貧則無力，無力則兵弱，兵弱則地削。反之，國興農則富，富則多力，多力則強兵辟土、成就王業。因此，君主的治國的關鍵是“令民歸心於農”，以及誘使、逼迫盡可能多的人去從事農業，人民專心務農，就會樸實而容易治理，忠厚而容易役使，誠信而可以守土、攻戰。這就是中國封建統治者所實行的愚農、役農的思想根源。商鞅學派主張“作壹”，“作壹”的根本目的是“壹之農”，即使農民專一於農戰，興農才可以強兵。“壹之農”必須抑製“浮學事淫之民”，在商鞅學派看來，農戰之外的學問是“浮學”，農戰之外的工商業是“淫業”。如果崇尚言談遊說，不壓抑工商業，人民就會選擇“浮學”“淫業”這樣既輕鬆又有利的謀生之路，從而逃避農業，這就是貧國弱兵之教，要富國強兵，就必須貶斥言談遊說，壓抑工商業的發展，這是我國兩千多年來封建社會所采取的“重農抑商”政策的根本由來。