孔子知道弟子們對目前的處境都心懷怨氣，便想趁著這個機會教導他們應該如何堅守節操。
孔子先叫過來子路，問道：“你是不是認為我們的學說有什麼不對的地方？要不然我們為什麼會落到如此地步呢？”子路毫不隱諱地說：“我認為我們不夠仁德，所以別人才不信任我們，不重用我們；我們的智謀也很低，以至於被圍困在這個地方。”
孔子反問他：“真是這樣的道理嗎？子路，假如有仁德的人就會受人信任，那麼伯夷、叔齊為什麼還會被餓死呢？假如有智謀的人就能夠暢通無阻，那麼聰明的比幹又怎麼會被剖心呢？”
子路一時不知如何回答。
孔子又問子貢：“你是不是認為我們學說有什麼不對的地方？”子貢想了一想說：“先生您的學說博大精深，但正是因為它太精深了，反而使各國都不采納您的學說，您為什麼不降低一點要求使國君都樂於采納它呢？”
孔子說：“子貢啊，好的工匠雖然手藝高超，但他製造出來的器具卻未必能使人人都滿意；好的書並不是人人都喜歡讀，君子能夠不斷完善自己的學說，用法度規範國家，用道德統治百姓，但卻不能保證一定會被君王所采納。現在你不想著如何做好自己應該做的事情——完善我們的學說，而是一門心思去迎合當權者的需要，這種誌向太不遠大了。”
孔子又把這個問題向顏回說了一遍。顏回慷慨激昂地對孔子說：“先生，您的學說偉大極了，因此普通人理解不了，但不被理解、不被采納又算得了什麼？正因為如此，才顯示出您作為君子不迎合世俗的高尚情操。我們應該繼續堅持不懈地推行它，總有一天賢明的君主會運用它治理國家，實現我們的主張。”
孔子很受感動地說：“有道理。如果你是個統治者，我願意在你的手下為你服務！”
後來孔子派子貢麵見楚王求救。楚王派兵去接孔子，孔子師徒才擺脫了困境。
孔子又先後到了楚國、衛國，直到68歲才回到魯國，結束了14年的遊曆生活。雖然遊訪各國，備嚐艱辛，一事無成，但孔子仍壯心不已。
孔子編修六經
孔子的學說強調推行“仁政”，以仁治國，因此在考訂古代“仁人”的文獻上下了很大的功夫。他搜集散失在民間的《夏書》、《商書》、《周書》等篇章，這些都是我國上古曆史文件和部分追求古代事跡的典籍，把它們彙集成編，這就是後人看到的《尚書》，它包含了商周時期大量的曆史文獻。
孔子對古代流傳下來的詩進行整理。他收集了很多詩的抄本，把較好的305篇保留下來，編成書。其中包括了從歌頌商朝始祖契到記錄周厲王禮崩的各個時期的詩篇。孔子按照樂曲的音調，調整編排為《國風》、《大雅》、《小雅》、《頌》4個部分。這就是今天我們所見到的《詩經》。
孔子晚年喜研究《周易》，寫了很多解釋《周易》的文章。孔子在71歲這一年，根據魯國的曆史，按照時間先後順序，編寫了一部《春秋》，提綱挈領地記錄了從魯隱公到魯哀公200多年的天下大事。在編寫過程中，孔子把自己的主張滲透到字裏行間，形成了一種寫作風格，被後人稱為“春秋筆法”。
孔子整理編訂的《詩》、《書》、《禮》、《樂》、《易》、《春秋》，被稱為“六經”。它不僅是我國儒家最基本的經典作品，而且也是世界上富有學術價值的古代文化瑰寶，它的整理和保存對研究中國古代的思想、政治、社會有不可估量的作用。