從十九路軍時代起，福建這些民軍、民團就被地方政府逐步收編了，在閩北的盧興邦、劉和鼎兩個師和錢玉光一個旅，雖然被編入中央軍係列，抗戰一發生，就被調去前線了。閩南大大小小的民軍，更早被省保安司令部收編為八個保安團，在抗戰前就被逐步淘汰了。張聖才他們出於要有一個屬於自己的政治平台的企圖，就想假軍統的名義來組建一些地方武裝，抗戰初期，還設想以李良榮的十三補訓處為基礎來建立閩南人的軍隊，“反陳儀”也就是為了這個目的。
從菲律賓回來之後，張聖才有了軍統局給他的一個少將的頭銜，但用他自己的話說，他就隻有這張虎皮，旁(別)的都沒有了。他拒絕了戴笠要他去日本和台灣地區工作的安排，說要回家服侍年老的母親。實際上，他在福建還是有所活動的。在抗戰勝利前夕，他們一些人對時局有所估計，認為國民黨已經不可能消滅共產黨，但共產黨要推翻國民黨也可能還要一二十年的時間，因而他就聯合福建一些地方政界人士，如“CC”派(英文“Central Club”，“中央俱樂部”的簡稱，是由陳氏兄弟陳果夫和陳立夫領導的一個政治派係)中的朱家驊等人，計劃通過辦企業，來打下經濟基礎；並著重吸收一批大學生作為開展社會活動的骨幹，通過中華文化基金發放助學金，來團結年輕知識分子，甚至有“一個大學生就是一份力量”的口號，其用意同樣是要在地方政治舞台上形成一種力量。
1946—1947年間，他們在福建組織企業集團、開銀行、開辦實業公司，在上海辦雜誌，在廈門開書店，借鼓浪嶼觀海別墅接辦“海疆資料館”，還組織“廈門友真社”來聯絡上層人士，一時儼然自成一個局麵。但內戰全麵爆發，時局急轉直下，到了1947年底，要在中國形成一種可以和國共分庭抗禮的第三勢力已經是不可能了，這些公開的活動也就逐步收斂了。張聖才曾引用李濟深的話和周圍的人說：“現在用我們的全部力量，最多隻能裝備兩個師，現在隻能幫助共產黨成功了。”李濟深他們當時就把原來由十九路軍將領張炎在廣東南路組織的武裝交給了共產黨領導。正是這種思路影響了張聖才，於是他就和在“閩變”時代認識的潘漢年建立了工作聯係。
在這段時間還有一個插曲，就是1948年李良榮出任國民黨福建省主席時，張聖才參與了農村複興委員會的工作，幫助李良榮聯係在福建的英美人士，爭取國際救濟組織在福建投資發展工業和交通。自己的部下和外國政治勢力直接發生聯係，這正是蔣介石最忌諱的。很快，李良榮的省主席就做不下去了，張聖才也開始引起了蔣介石的注意。
1949年，蔣介石設想要在西南建立新的反共基地，同時想控製台灣和福建來保持對外通道。他先後派石有德、毛森到廈門來加強特務工作。張聖才的一些活動引起了他們的警惕，後由蔣介石指名，要張聖才到台灣去報到。張聖才知道這事凶多吉少，因此在解放軍解放了閩南地區，兵臨廈門島之時，就通過閩中地下黨的關係，轉移到島外，參加解放廈門的工作了。
新中國成立後，張聖才有一段時間參加了對台工作，但他是希望到學校工作的，後他被安排為福建省博物館副館長。這段時期他看起來開始對政治鬥爭厭倦了，但他不僅要為自己取得一個立命安身的地方，還要為過去和他合作過的人，特別是已經被界定為反麵人物的人尋找一種歸宿，因此，他也並不是完全退出政治生活的。特定的曆史條件使他受到潘漢年事件的牽連，從新政權的“座上客”變成了“階下囚”，雖然沒有被定什麼罪，但仍然過著被流放和被看管的生活超過20年。他的妻兒也一起被下放到農村生活，直到1975年他才恢複政治和生活待遇，回到鼓浪嶼安度晚年。