在農民代表中，伊·阿·切庫諾夫曾給列寧留下深刻的印象。切庫諾夫是弗拉基米爾省的一位農民，曾去過不少地方，了解很多實際情況。在和列寧談話中，他向列寧提出了實行糧食稅的辦法，進一步啟發了列寧考慮農村經濟政策的新思路。列寧對切庫諾夫的評價很高，當即寫信推薦他到共和國農業人民委員部工作，並建議再吸收幾個經驗豐富、在群眾中有威信的老農民到農業部工作。切庫諾夫後來的工作表現，果然不負列寧的厚望。
1921年2月28日，在敵人的挑撥離間下，喀琅施塔得部分水兵發動叛亂，叛亂者占據了海軍要塞和幾艘軍艦，並奪取了大批槍炮彈藥，提出了“不要共產黨人參加的蘇維埃”的口號。在勸說無效的情況下，俄共（布）中央派遣正在出席俄共（布）十大的300名代表在圖哈切夫斯基、伏羅希洛夫的帶領下，會同紅軍，用武力很快平定了叛亂。
喀琅施塔得叛亂表明，農民、士兵、工人對戰時共產主義政策的不滿情緒已發展到十分危險的邊緣，若不注意，極易為別有用心的人利用，甚至威脅新生蘇維埃政權的生存。事件引起了列寧和俄共（布）中央的高度重視。嚴酷的形勢進一步堅定了列寧實施新經濟政策的決心。他承認，“現實生活說明我們犯了錯誤”，在一個小農國家中直接用無產階級的法令，按共產主義原則來調整國家的生產和分配行不通，必須另辟新路。
正當俄共（布）中央決定實行有秩序地退卻，將用直接衝擊的手段進入“共產主義”改為用迂回的辦法建設社會主義經濟基礎的關鍵時刻，托洛茨基卻挑起了關於工會問題的爭論，黨被迫花時間來糾正托洛茨基等人的錯誤。
1920年11月全俄工會第五次代表大會召開。托洛茨基在會上公開提出了“把螺絲釘得緊”、“整刷工會”的口號。他主張在工會工作中采取軍事命令的辦法，反對向工人群眾采用說服的辦法，主張工會國家化，反對工會機關選舉製，反對在工會內部擴大民主，反對列寧用迂回辦法建設社會主義經濟。會上，除全俄工會中央理事會主席托姆斯基反對外，大多數中央委員持靜觀態度。11月8日~9日，俄共（布）召開中央全會。會上，托洛茨基提出了一份題為《工會及其今後的作用》的提綱初稿，但被否決。全會決定成立一個研究工會問題的專門委員會，這個委員會吸收托洛茨基參加，以便將有關工會的任務、作用等問題由這個專門委員會作進一步的討論和研究。中央全會還通過決議，不得把中央委員會內部的分歧和爭論訴諸廣泛的討論。但是托洛茨基拒絕參加專門委員會的活動，並堅持要把自己的意見在黨報上公布出來。於是，爭論不但沒有停息，反而愈演愈烈。12月7日，中央全會再次舉行。由同情托洛茨基的一些人領導的運輸工會中央委員會無視上次中央全會的決議，依然堅持戰時領導方法，采取極端措施，造成廣大水運員工的強烈不滿，加深了衝突和分裂。季諾維也夫代表工會專門委員會建議撤銷交通總政治部，改組運輸工會的領導機構，迅速召開運輸工人代表大會。托洛茨基堅決反對。布哈林采取“緩衝”立場，一方麵承認水運員工反對極端措施是正確的，另一方麵不同意立即改組運輸工會領導機構。列寧和另外6名中央委員反對布哈林的草案，托洛茨基出於策略上的考慮，投票讚成布哈林的草案，遂使這一“緩衝”草案以一票優勢得以通過。工會問題的爭論引起中央委員會內部的思想混亂，爭論逐步升級。因此，列寧認為這是“兩次不幸的中央全會”，幹擾了中央正確方針和政策的製訂。
12月24日，俄共（布）中央全會決定把中央內部分歧和工會問題提交全黨公開討論，並在即將召開的黨的代表大會上展開討論，以形成統一的決議。同日，在一次群眾性集會上，托洛茨基作了《關於工會在生產中的任務》的報告，托姆斯基作了副報告，這是工會問題爭論公開化的開端。12月25日，托洛茨基在全俄蘇維埃第八次代表大會上散發了以“一群負責工作人員”的名義寫的綱領性小冊子《工會的作用和任務》。小冊子從頭到尾都貫穿“整刷”的精神，但列寧認為，“從形式民主的觀點來看，托洛茨基無疑是有權發表綱領的，因為12月24日中央曾許可自由爭論。但是從對革命是否適宜的觀點來看，這就更擴大了錯誤，這就是根據錯誤的綱領建立派別組織。”12月30日，在蘇維埃八大的黨員代表、全俄工會中央理事會和莫斯科省工會理事會的黨員幹部大會上，就工會問題展開了全麵爭論。會上由季諾維也夫、托洛茨基作報告，布哈林、諾根、施略普尼柯夫和梁讚諾夫等人作副報告，列寧作了題為《論工會、目前局勢及托洛茨基的錯誤》的演說，他闡述了工會在無產階級專政體係中的地位和作用，分析了爭論的實質，對托洛茨基的錯誤觀點和布哈林的“緩衝”立場進行了尖銳的批判。列寧指出，在無產階級專政條件下，一方麵，工會幾乎是全體工業無產階級組織，是實行國家強製的階級的組織；另一方麵，工會是教育、吸引和訓練的組織，是共產主義的學校。在向社會主義過渡時期裏，工會是黨和國家政權聯係廣大工人階級的紐帶，黨對工會、工會對群眾絕不能采取軍事命令的辦法，隻能采用說服教育團結幫助的方法。工會是群眾性的階級組織，隻能在先鋒隊領導下進行活動。即使在最先進的國家裏，無產階級的覺悟也是參差不齊的，是分裂的，有些部分還被人收買，所以工會不能實現無產階級專政，隻有吸收了階級的革命力量的先鋒隊，才能實現這種專政。關於工會問題爭論，實質在於對待群眾、掌握群眾、聯係群眾的方法問題上存在著分歧。而對待群眾的政策不正確，就會使蘇維埃政權失去群眾支柱而滅亡。