《新青年》編輯部的分化隻是一種信號，作為新文化運動統一戰線最具代表性的群眾性組織——少年中國學會，也開始由思想傾向的不同而產生了裂痕。少年中國學會會員是在反對封建思想文化、介紹新思潮、探索社會改造的大前提下結合起來的，針對各種極不相同的思想傾向，學會從一開始就有意識地采取了兼收並蓄的態度。但這並不能彌合內部的裂痕。當“問題與主義”之爭出現時，學會內部立即有所反映。當上海分會提出“多研究‘學理’，少敘述‘主義”’的建議，以及王光祈以“北京本會同人”的名義對該“建議極表同情”時，巴黎分會很快來函，表示異議。認為“有一定主義，研究學術方切實”。如果沒有一定的主義，“本會將日入於消沉，日墮於空虛”。為此建議“協定一共同之主義”。這是學會內部關於學會宗旨的第一次交鋒。由於學會內部思想不一，加之會員分散各地，聯係較少，會員之間已開始呈現分化。1921年7月學會在南京召開會員大會時，各派會員在討論確定主義和參加政治活動問題上，展開激烈爭論。會上，北京代表鄧中夏、黃日葵、高君宇等人一再提出必須“采取或創造一種主義，以為學會的主義”。並認為學會所采用的這種主義“不可不為社會主義”。反對者認為，如果學會強定一種共同主義，必會引起因會員意見不同而致分裂，而且，學會在成立時並非是因相信共同的主義而結合，如果現在強令會員相信一共同的主義，必然會使學會成員意見不一而解散。左舜生甚至強調“學者即不談主義”，明確表示反對“實行一種主義”。在參加政治活動問題上，鄧中夏、黃日葵、惲代英等人認為應“為創造新政治而加入政界”，要求應容許會員參加政治活動，以求探尋切實改革政治和社會的辦法。陳啟天當即表示絕對反對加入舊政界，認為加入舊政界將會被同化而壞。一些會員則認為學會不是政治團體，也就不應以團體名義參與政治活動，他們對於“學會是否到了參與政治活動的時候？會員是否有參與政治活動的能力？”表示懷疑。最後，為了緩和矛盾，避免分裂，惲代英在討論確定主義的議題時，提出了“求個最小限度之一致”的建議。但他隨即意識到這個希望是不現實的，因而主張“學會非破裂不可”。南京大會後，少年中國學會雖未立即分裂並繼續維持到1925年，主要是由於會員之間的個人感情而致。但實際上，學會已名存實亡，會員也已各行其是，分道揚鑣：李大釗、鄧中夏等成了中國早期的共產黨員；曾琦、李璜等人，組成了反蘇反共的國家主義派。其餘的大部分成員，則在政治上逐漸消沉下來，單純致力於教育、新聞、工程、農業和科學研究活動。
新文化運動統一戰線分化後，科學社會主義即“馬克思派”和“十月革命”型的社會主義，不僅同其他社會主義流派劃清了界限，並且實際上獨占了社會主義的旗幟；而讚成或者傾向改良主義思潮的人們中的大多數，則抱著可貴的愛國熱情，以自己的專長，從事他們稱之為“實業救國”、“科學救國”、“教育救國”和“衛生救國”等有益於祖國前途的事業，並對中國共產主義者領導的革命運動，表示了不同程度的同情。他們自己大多也成為以後民主黨派的積極籌建者。