對家畜傳染病和寄生蟲病的防治，明清時期也有很多成就。我國傳統醫藥學在明代進入全麵總結和創新時期，有許多著名著作問世。
獸醫對家畜傳染病的認識有進一步發展，雖未形成專論和專著，但對那些能獲得治療效果或痊愈的傳染病，有獨到的見解和治法。
清代，中獸醫對馬病的防治經驗由於內地保留一定數量的馬而被延續。由於牛耕的發展，對牛病的醫療和防治較前有了明顯的發展和提高。
明代時期對寄生蟲的認識發展不大，仍以肉眼可見的外寄生蟲為主。明清時期主要對蜏鱉、牛眼蟲、胃腸道寄生蟲以及虱的研究有所發展。
至於明清時期的獸醫外科，獸醫本草學在明代仍然與人醫不分。獸醫外科學在明代仍以針刀巧治12種病為主，對各種家畜家禽的雄性去勢，對母畜摘除卵巢術，特別是大小母豬摘除卵巢術已普遍施行。
明代的獸醫外科在元代的基礎上有進一步的發展和成就。關於外科手術，明代總結出12種巧治法，即12種外科手術療法。
在明代始見的有腹腔3種手術療法，肛門、尿道兩種手術療法。古人把獸醫外科手術列在針灸療法中，反映獸醫外科學的發展當時尚未達到成熟階段。
清朝於1905年始建的京師大學堂的農科大學，當時在專科專業設置方麵，有獸醫寄生蟲學與寄生蟲病學、獸醫內科學、獸醫外科學、獸醫病理學、傳染病學與預防獸醫學、獸醫藥理學與毒理學、中獸醫學等。
其中的獸醫外科學，主要包括獸醫外科手術和獸醫外科疾病兩部分內容。可見較明代已有顯著發展。
此外，明清時期的獸醫已經有較為成熟的養馬保健意識。比如明代實行“看槽養馬”的保健製度，每群馬配一名專職獸醫。獸醫首先須鑒別馬群中的病馬，並將其剔除出來，然後辨別是何病何症，對症下藥。
起源古老的相畜學說
相畜學說在我國是一門古老的科學，它的起源遠在沒有文字記載以前。根據牲畜的外形來判斷牲畜的生理功能和生產性能，以此作為識別牲畜好壞和選留種畜的依據，是古時相畜學說的主要內容。
相畜屬於以自然選擇為基礎的經驗型人工選擇。在我國古代的相畜學家有很多，如春秋時期的寧戚和孫陽，漢代的滎陽褚氏，唐代的李石等，他們都編寫了許多相畜專著。古時的相畜學說對於後世家畜品質的提高，起到了很大的促進作用。
春秋戰國時期，由於諸侯兼並戰爭頻繁，軍馬需要量與日俱增，
同時也迫切要求改善軍馬的質量。當時也是生產工具改革和生產力迅速提高的一個時期，由於耕牛和鐵犁的使用，人們希望使用拉力比較大的耕畜。
這種情況，促進了我國古代相畜學說的形成和發展。春秋戰國時期已經有很多著名的相畜學家，最著名的要算春秋時期衛國的寧戚了。
寧戚著有《相牛經》，為我國最早畜牧專著，這部書雖早已散失，但它的寶貴經驗一直在民間流傳，對後來牛種的改良起過很大作用。
寧戚對牛是情有獨鍾的，他喂過牛，仕齊後又大力推行牛耕代替
人耕技術，提高了耕作效率，促進了農業發展。
齊國豐富的養牛經驗，帶動了養牛業的發展。戰國時，齊將田單被困在即墨，竟能在久困的城內收得千餘頭牛，以火牛陣打破燕軍，足見當時平度養牛業的發達。
寧戚以《飯牛歌》說齊桓公，其中就有“從昏飯牛至夜半，長夜漫漫何時旦”的詞句。“飯牛”就是喂養牛的意思。常言道：“蠶無夜食不長，馬無夜草不肥。”大牲畜要在夜裏添芻料，寧戚的歌反映了齊地所積累的養牛經驗。
與相牛相比，春秋時期的相馬的理論和技術成就更大，有過很多相馬學家。而當時的伯樂就是我國曆史上最有名的相馬學家，他總結了過去以及當時相馬家的經驗，加上他自己在實踐中的體會，寫成《相馬經》，奠定了我國相畜學的基礎。
伯樂的真實姓名叫孫陽，是春秋時期郜國人。在當時的傳說中，有一個天上管理馬匹的神仙叫伯樂。由於孫陽對馬的研究非常出色，人們便忘記了他本來的名字，幹脆稱他為伯樂。
春秋時期隨著生產力的發展和軍事的需要，馬的作用已十分凸顯。當時人們已將馬分為6類，即種馬、戎馬、齊馬、道馬、田馬、駑馬，養馬、相馬遂成為一門重要學問。孫陽就是在這樣的曆史條件下，選擇了相馬作為自己終生不渝的事業。
孫陽從事相馬這一職業時，還沒有相馬學的經驗著作可資借鑒，隻能靠比較摸索、深思探究去發現規律。孫陽學習相馬非常勤奮，《呂氏春秋·精通》記載：
孫陽學相馬，所見無非馬者，誠乎馬也。
少有大誌的孫陽，認識到在地麵狹小的郜國難以有所作為，就離開了故土。曆經諸國，最後西出潼關，到達秦國，成為秦穆公之臣。
當時，秦國經濟發展以畜牧業為主，多養馬。特別是為了對抗北方牧人剽悍的騎士，秦人組建了自己的騎兵，因此對養育馬匹、選擇良馬非常重視。
孫陽在秦國富國強兵中立下了汗馬功勞，並以其卓著成績得到秦穆公信賴，被秦穆公封為“伯樂將軍”，隨後以監軍少宰之職隨軍征戰南北。伯樂在工作中盡職盡責，在做好相馬、薦馬工作外，還為秦國舉薦了九方皋這樣的能
人賢士，傳為曆史佳話。
伯樂經過多年的實踐、長期的潛心研究，取得豐富的相馬經驗後，進行了係統的總結整理。他搜求資料，反複推敲，終於寫成我國曆史上第一部相馬學著作《相馬經》。書中有圖有文，圖文並茂。
伯樂的《相馬經》長期被相馬者奉為經典，在隋唐時代影響較大。後來雖然失傳，但蛛絲馬跡在諸多有關文獻中仍隱隱可見。
《新唐書·藝文誌》載有伯樂《相馬經》一卷；唐代張鷟寫的《朝野僉載》、明人張鼎思著《琅琊代醉編·伯樂子》和楊慎著《藝林伐山》中均有大致相同的記載。
到了西漢時期，我國相畜學說已有《相六畜》38卷，大多是集春秋、戰國時期相畜專著而成，雖早已失傳，但散見於後世古農書中的有關內容。
漢代滎陽褚氏分別是相豬和相牛的名手。相牛和相禽也有專門著作。後來在山東臨沂縣銀雀山西漢前期古墓中發現的《相狗經》竹簡殘片，也說明了當時相畜技術的發展和對家畜選種的重視。
魏晉時期，相馬術、相牛術有顯著發展。通過馬體外形與內部器官的關係，來鑒別馬匹。相馬之人普遍認為，馬匹的優劣和內部器官有密切關係，而內部器官的狀況又可以從馬體的外形中得到反映，因而提出了一個由表及裏的“相馬五藏法”。
“相馬五藏法”注意到體表外貌與內部器官之間、結構與功能之間的相關性，並由此來推斷馬的特性及其能力，反映了我國古代家畜 外形鑒定技術已趨向成熟。
關於牛的品種鑒定，賈思勰的《齊民要術》也有所論述。相牛有詳細的標準是：良好的牛，頭部肉不應過多，臀部要寬廣，尾不要長到拖地。尾巴上毛少骨多的，有力。膝上的縛肉要硬實。角要細，橫生、豎生都不要太大。身軀應緊湊。形狀要像“卷”的一樣。
相豬的標準是：好母豬應是嘴巴短麵部無軟毛的。可見相牛、相豬的經驗也積累得比較豐富。
《齊民要術》還闡述了對馬的外形鑒定，先是淘汰嚴重失格和外形不良者，再相其餘。實際進行相馬時，不僅要有整體觀念，而且馬體各個部位要有明確的要求。
即“馬頭為王，欲得方；目為丞相，欲得光；脊為將軍，欲得強；腹脅為城郭，欲得張；四下為令，欲得長”。這5句話非常生動形象地概括了良馬的標準形象。
隋唐時期的相畜理論和相畜技術都有了重要發展。唐代的相馬術，在曆代相馬理論和實踐的基礎上，更有顯著進步。李石著的《司牧安驥集》認為，相馬的要領是掌握相眼的技術，若係“龍頭突目”，則屬好相，一定是良驥。
《司牧安驥集·相良馬論》認為，馬體各部位之間的相互關係和內外聯係，具有統一的整體觀。《司牧安驥集》還指出：看本馬的同時，還要了解該馬上代的情況如何，把外形鑒定和遺傳結合起來。
唐代相馬學的進步，還表現在對一些迷信的說法開始采取批評的態度。如《司牧安驥集·旋毛論》認為，馬的旋毛，本不足奇，根據旋毛的位置、方向判斷凶吉，顯然是迷信的說法。
《旋毛論》在1000多年前就能對這種謬論給予嚴正的批判，並指出相馬“當以形骨為先”，其科學精神是了不起的。
唐代以後，五代十國，直到宋元明清各個朝代，我國的相馬理論和實踐，基本上不超出寧戚《相牛經》、伯樂《相馬經》、《齊民要術》、《司牧安驥集》有關篇章的範疇。