作為清華校務委員會主席的馮友蘭，自然顧不得這些猜測和議論，趕緊做一些安撫性的宣傳和疏散工作。就在這時，毛澤東主席給清華發來了慰問電以示關心和安撫。這封發於一個偉大曆史轉折時期的電報，同曆史上任何一個鼎革時期一樣，都是一件特別值得重視的大事、要事與非凡之事。可惜號稱研究了大半輩子哲學，又每以“帝王師”自居且自負的馮友蘭，並沒有把統率百萬雄師的毛澤東放在眼裏，竟不識抬舉地仍然按舊觀點、舊規矩，當作原北大一個小小的圖書館管理員寄來的信函予以處理，這無疑是對毛澤東與所代表黨派的一種羞辱。馮氏不懂政治、不識時務和人情世故的做法，正如他自己後來痛心疾首的懺悔：“在清華遭到國民黨空襲以後，黨中央、毛主席打來慰問的電報，這是對清華的關心，應該大張旗鼓地宣傳，可是我是照舊辦法，把來電在學校布告欄內一公布，就算完事。”[22]此事在當時的馮友蘭看來無足稱道，但在即將推翻國民黨政權，準備來一個魷魚大翻身的一方看來則是大逆不道。因大局尚未明了，中共一方暫時忍而不發。未久，吳晗事件發生。
北平和平解放後，在馮友蘭主持的校務會議上，做出了願留清華者需要簽名登記的決定。此時吳晗正作為中共一方的“托命之人”，豪氣衝天地從中共解放區河北一帶回到北平，並作為接收大員隨解放軍浩浩蕩蕩地開進北平接收人、財、物。有一天，吳晗突發奇想，采取打槍的不要，悄悄地進園的方式，獨自溜進清華，向會計科領工資。吳氏搞這一手，可能不願意在舊同事麵前聲張，給人一種小人得勢，或唯利是圖的印象，更怕別的教授當麵或背後指斥自己作為中共麾下的一名先進分子、中共接受大員，何必計較這份少得可憐的薪水？況且，自己置清華師生與所授課程而不顧，偷偷溜掉已有幾個月了，既沒上課又沒有為嗷嗷待哺的教職員工和窮得像叫花子一樣的學生，拉回一個盧布的讚助費，可謂寸功未立，反而給校務委員會添了不少麻煩，如今領的是哪門子薪水？依據何在？若熟人問及，情何以堪？