在被拘押前，葉企孫於1968年1月22日向“專案組”就自己與朱家驊相識與共事經過，曾做過如下交代：“1918年8月，我同朱家驊同船赴美國留學。那時吾同朱並不熟識。朱不是清華公費生。到美後，吾同朱並不同學，也不通信。朱留美不久，即轉往德國留學。朱回國後，曾在北京大學教地質學，但為時不久，比李四光在北大教地質學的時間要短得多。在同類地質學家中，吾同丁文江、翁文灝和李四光相熟在前，同朱相熟在後。約1933年，中央研究院成立第一屆評議會，吾當選為評議員。評議會約每年或每兩年開一次會，開會時可以會到丁、翁、李、朱四位地質學家。”又說：“朱就院長時，總幹事為任鴻雋，不久辭職。1941年春，朱來信要吾擔任總幹事。吾應允了，但須秋間方能到職。”[47]
因那位清華大學的中層幹部、葉企孫“高足”某君橫空出世的震撼性揭發，使葉企孫與朱家驊的關係變得嚴重複雜起來。在提審人員冷峻與冷厲目光逼視下，葉在堅決表示沒有加入C.C.特務組織的同時，不得不細心回憶與朱家驊交往的陳年舊事，盡量在每一個細節上都交代清楚且與以前交代的相吻合。9月4日上午，葉交代說：“我從1918年同朱家驊認識的，是一同去美國的。在1918年8月在南京號輪船上認識的。朱到紐約，我到芝加哥。1924年3月（我）回國在南京東南大學任物理係副教授。1933年在南京中央研究院開評議會時同朱家驊見麵。他是地質組，我是評議員，議長是蔡元培，物理組組長是丁燮林（現叫丁西林）或李書華。1941年開始同朱家驊往來多了。1941年春夏時期，我在昆明受（收）到朱家驊的來信，叫我到國民黨政府中央研究院工作擔任總幹事。當時朱家驊是該院院長，又是國民黨黨內的反動特務，是中央組織部部長。我應允朱家驊的邀請到了重慶作了中央研究院的總幹事。我管計劃、預算、審查著作、聘請人、籌備開會等。”又說：“我在中央訓練團作過兩次報告。中央訓練團是培養訓練政治上的反動分子，參加受訓的都是（國民黨）黨員。我講課兩次，中央訓練團負責人是陳立夫、段錫朋、朱家驊。我去中央訓練團所作的兩次報告是應中央訓練團的聘請書而去的，所報告的內容是‘科學問題’、‘數理化’、科學的重要性等。”[48]
當“專案組”人員問到既然葉不是國民黨員，為何收繳黨費卻要蓋葉企孫私章的問題時，葉回答說：“因為朱家驊是黨員，我是研究院負責人之一——總幹事，我的圖章放在總務主任王毅侯那，所以蓋我的圖章……（本來）應該蓋朱家驊的章。為什麼蓋我的章，我也搞不清。”[49]這個口供顯然比葉企孫入獄前的交代要詳盡得多，但從辦案的角度看，要想與C.C.特務組織掛上鉤，還有一大段距離。
從葉企孫前後兩次交代中可以看出，朱與葉作為同事之前，僅是熟悉而已。朱家驊之所以瞄上了葉企孫，除了葉自己所說的受到“正統思想”和“歐美資產階級思想”的雙重教育，一個重要原因就是葉的學術地位和組織處事能力非一般人可比擬。當時中央研究院各所的主要支柱，基本都是清華出身或與清華相關的歐美係統，而葉企孫在這個係統的地位之高之重是有目共睹的。按馮友蘭親筆向中共中央軍委專案組提供的“揭發”材料說：“葉企孫，按解放前北京教育界的派係說，是清華派的第二號人物（第一號人物是梅貽琦），在清華幾次代理校務，當過理學院長，負責清華的幾個研究所的工作，在清華有很大的影響。”[50]馮友蘭此話大致不差，正是緣於這種其他人無法企及的影響力，葉企孫才能做到“對於學者間的糾紛，尚能公平處理”。加之葉是一個無黨派人士，性格溫和，以此麵目出現，對於各政治派別和學術利益集團的平衡，更有一種無形的親和力與說服力——這便是朱家驊請其出山的根本動機。
據資料顯示，朱家驊最初想讓葉企孫出任中央研究院總幹事的計劃是在1940年夏，當時梅貽琦因公赴渝與朱家驊相見，朱向梅表示，有意聘葉企孫接替身體欠佳的傅斯年擔任中央研究院總幹事。此前朱家驊和翁文灝、傅斯年已與葉單獨做過溝通並談及此事，葉表示“亦未嚐不可盡其綿力，逐漸使該院之研究事業更上軌道”。[51]但又說要看梅的態度再商定。梅聽罷朱家驊的要求，頗感為難，表示清華方麵的事務很難離開葉。當時西南聯大的情況如馮友蘭所言：“除了聯大的總部外，三校各有其自己的辦事處，自己設立一些機構，與聯大無關。清華的辦事處最大，自己設立的機構也比較多，主要的是那些原來辦的研究所，有農業、航空、無線電、金屬和國情普查等研究所，這些所都不招學生，與聯大毫無關係。清華還有研究院，招收研究生，他們雖然也往聯大聽課，可是不算聯大的學生。北大辦有文科研究所，招收研究生，也與聯大無關。”又說：“當時的聯大，好像是一個舊社會中的大家庭，上邊有老爺爺，老奶奶作為家長，下邊又分成幾個房頭。每個房頭都有自己的‘私房’。他們的一般生活靠大家庭，但各房又各有自己經營的事業。‘官中’、‘私房’，並行不悖，互不幹涉，各不相妨，真是像《中庸》所說的‘小德川流，大德敦化，此天地之所以為大也’。”[52]