在被問及何人、在何地搞無線電台時，葉企孫交代說：“作無線電台是在清華同學會，是我安排在三樓一間房子裏作電台，我是清華大學臨時辦事處負責人，他們兩人來也是找我。不久，熊大正來了，時間是端午節，從冀中到天津的，住在清華同學會。熊大正來了之後，和我講了一些冀中情況：1.貨幣情況；2.經濟商業情況；3.交通情況；4.軍隊情況沒談多少。我和熊大正講過呂正操應該同鹿鍾麟取得聯係，這是我的意見，熊大正讚成我的意見，並說這件事還得看情況。我們當時在呂鹿問題上定了暗號，用‘呂鹿合婚’的暗語與熊大正互通情報。”[43]
因葉企孫已經牽涉到控製中共冀中軍隊的呂正操，與時任國民黨政府河北省主席的鹿鍾麟的敏感問題，而鹿在河北建立敵後省政權，又曾與八路軍發生過摩擦和不快，此事立即引起了審訊人員的警覺，隨後的問答也變得緊張、簡短、尖銳起來。
問：目的是什麼？呂鹿合婚目的？
葉：我的目的是支持蔣介石。
問：呂正操當時受誰領導？
葉：是共產黨領導。
問：鹿鍾麟當時受誰領導？
葉：是蔣介石領導。
問：呂鹿合婚你主張由誰領導？
葉：我支持蔣介石，由蔣介石領導。
問：交代以後如何搞呂鹿合婚及通情報問題。
葉：我於1938年10月5日離開天津到上海，10月底到香港，11月10日在香港收到熊大正的來信（熊大正的信是從天津發到香港。信中談到呂鹿合婚等情況，詳見原信件），信中說：“林兄近日對生等印象不佳，現為生詳為解說，不快之感已去，並願與生合作編輯書籍之事。”這段話的意思是說，林風對參加冀中工作不滿，“編輯科學書籍”，此話是指“參加冀中工作的問題”。
問：熊大正在冀中工作與林合作“搞編輯科學書籍”之事，你必須交代實質問題！
葉：說不清……
問：南方家中指什麼？
葉：是指西南聯大。我給熊回了2-3封（信），內容記不清了。我是從1938年11月底由香港回到昆明，1939年3月朱家驊從重慶給我來電報，電文是“生死莫卜”，意思是指熊大正在冀中被捕生死不知。朱家驊怎知熊大正被捕之事？朱是從天津黨政軍辦事處那知道的。天津黨政軍辦事處知道我與熊大正很熟，所以他們叫朱家驊給我打的電報，我接到朱家驊電報後，給朱家驊回信，叫朱家驊營救熊大正。
問：還采取什麼行動營救熊大正？
葉：我在1939年4-5月到昆明找到國民黨中央研究院叫陶孟和（社會科學所所長，在葉企孫領導下）幫忙，請他再托人幫助營救熊大正，但是不久在昆明路上聽說熊大正死了。誰說的記不清了。[44]
第一個回合的審訊結束後，緊接著是第二個回合、第三個回合與無數個回合的交鋒。審訊內容仍是圍繞上述兩大主題展開。從部分審訊材料看，“專案組”對葉企孫如何進入中央研究院，以及是否加入陳立夫的C.C.特務組織之事，似乎更加關注。
在抗戰期間和勝利之後，沒有人特別關心朱家驊、葉企孫二人的關係，當時學術界知識分子普遍認為，葉氏暫辭清華大學“特種委員會主任”，加盟中央研究院並出任總幹事一職，屬於正常的工作調動，沒有任何特殊的背景和政治色彩。想不到20個春秋之後，這個簡單的工作調動已變得不再普通和尋常了，葉企孫與朱家驊的關係，由此成為決定他在深牢大獄中待多久，甚至是能否保住人頭的焦點所在。按照葉企孫的交代，他突然轉行出任中央研究院總幹事，主要是朱家驊的盛意。葉說：“據吾推測，中央研究院要吾擔任總幹事的理由，是因為吾對各門科學略知門徑，且對於學者間的糾紛，尚能公平處理，使能各展所長。”[45]
在葉企孫當時和之後的歲月裏，他認為此事隻是人生曆程中一個很小的平常枝節，沒有什麼值得特別說明的。但是，在“專案組”人員看來，問題卻沒有如此簡單。因為辦案人員已從梅貽琦與葉企孫的學生、後來擔任清華大學中層領導的某君處得到了一份秘密揭發材料，聲稱：梅貽琦與葉企孫二人均是朱家驊手下的國民黨“中統”特務，且“中統”在清華還有一個分支機構，主要負責人就是校長梅貽琦。為證明這個說法成立，某君解釋道：“葉企孫是理學院長，一向梅貽琦因事外出，總是由葉企孫代行校長職務，即在抗日戰爭前後都是這樣做的。直到解放後，還是沿襲過去慣例由葉擔任過一個時期的校務委員會主席。當時偽教育部長朱家驊是反動組織‘中統’頭子陳立夫手下的第一名打手，與葉的關係相同於梅與朱的關係。因此，我認為朱家驊不可能不拉葉參加這個反動組織。”[46]