聽翁文灝的口氣，似乎國民黨在重慶期間，他本人沒有同朱家驊爭奪過中央研究院院長的位子，也不是大權在握的中央研究院評議會的秘書，更不知朱與葉此前是否相識，隻是“聽人家說”，那時有個偽中央研究院的機構如何如何。翁氏真不愧是宦海名宿，從官場名臣李鴻章那裏學來的“搗糨糊”的回旋術和脫身術，可謂至絕至妙矣！
“專案組”在葉企孫與相關證明人的口供中找不到葉企孫參加C.C.特務的證據，很是惱火，便幾次將清華大學那位揭發葉是C.C.特務的中層行政幹部捉來審問，希望從中找到突破口。這位幹部一口咬定葉企孫確實是C.C.特務，並煞有介事地說：“中統（特務組織）在清華，梅貽琦、吳澤霖、沈履、葉企孫、戴世光等人是領導核心。梅貽琦總其全權，在北平由國民黨市黨部情報組直接領導。”又說：“清華的幾個院長如馮友蘭、陳岱孫、湯佩鬆等人都是中統分子……在清華反動組織‘中統’骨幹分子的分工。據我所了解的是，沈履負責職工方麵的工作，戴世光負責學生方麵，吳澤霖負責教師方麵的。沈履在一次談話中還說到過葉在校內監視進步教師的一些活動。”[56]
麵對此人慷慨激昂的言辭和信誓旦旦的保證，“專案組”人員一時感到丈二和尚——摸不著頭腦，不得不一次又一次地把相關人員捉來調查、審問。當把“揭發”出的戴世光捉來審訊時，戴回答說：“我沒有聽說過清華有什麼中統組織，我想，‘中統’大概是指國民黨反動派的特務組織，而不是國民黨時代的‘中國統計學會’。我參加過中國統計學會，是會員，但清華沒有統計分會。葉企孫沒有，也不會參加中國統計學會。”戴氏的“交代”既不乏幽默，又似乎是事實，辦案人員如墮霧中，隻得本著寧信其有，不信其無的原則，繼續加大調查與審訊的力度，於是，一群又一群涉案者被捉來審訊。
如此往複調查、審訊，葉企孫在獄中反複解說、回憶、爭辯、檢討、坦白，在極度的恐慌與沒完沒了的坦白交代與花樣百出的折磨中，葉精神分裂症加重，身體狀況急劇下降。“專案組”在經過花樣百出的折騰後，開始認為“葉證據不足，不能定特務”，但又不知如何處置，遂將情況上報。在周恩來的親自批示下，1969年年底，葉企孫被放出監獄，由北大紅衛兵組織對其實行“隔離審查”。也就是說，中央軍委專案組曆時一年半未能搞清的案情，將由神通廣大的紅衛兵小將們來完成。葉企孫出了監獄又步入地獄，從此落入紅衛兵手中，經受更嚴酷的煎熬。經過一陣亂拳加亂棍的摔打錘煉，葉企孫病情再度加重，前列腺肥大，小便失禁，兩腿腫脹難以站立。偶爾走動，腰彎成九十度，似一根彎曲的枯木在風雨中搖晃。再後來，葉的神經徹底崩潰，成了一個胡言亂語的瘋子。
日夕涼風至，聞蟬但益悲。自1969年出獄始，葉企孫每月隻能領50元工資，吃飯穿衣皆不能足，生活淒慘。當看管的紅衛兵稍微放鬆一點，葉本能地溜出來在中關村一帶的小攤上討吃討喝，嘴裏不住地嘟囔著別人很難聽懂的話語。當時中科院有幾個研究所已遷往北大校園所在的中關村一帶，不少與葉熟悉的朋友見到了下列慘不忍睹的一幕：葉企孫頭發花白，弓著背，整個身子呈九十度直角狀，穿著一雙破棉鞋，躑躅街頭，間或踽踽前行。有時來到一家店鋪小攤，或買或向攤主伸手索要一二個明顯帶有蟲咬疤痕的小蘋果，邊走邊津津津有味地啃著，碰到教授模樣或學生打扮的人，便伸出一隻枯幹的手，說：“你有錢給我幾個”，所求不過一二角而已！望者無不為之潸然。
1972年，海外友人任之恭、趙元任和學生輩人物林家翹、戴振鐸、楊振寧等著名學者陸續回國觀光時，曾分別向有關部門請求探望葉企孫，均被對方以各種說辭婉拒。幾位不明就裏的書呆子於失望之中又不甘心，設法躲開陪同人員的掌控，悄悄向北大校園家屬區探聽消息，但複被有關方麵發現並加以勸阻。就在海外學人幾番探詢未果之時，卻意外從清華園得到了葉企孫好友、一代建築學大師梁思成撒手歸天的消息。
梁思成與葉企孫之死
當梁思成心中的一代女神林徽因匆匆告別這個世界的時候，在政治夾縫中苟延殘喘的梁思成，與其他留美派教授一樣，自然被視為“資產階級的代言人”和“反動學術權威”在政治風浪中浮沉。