隻是，曾昭燏的記者之夢剛一萌生，就遭到在昆明的親友特別是俞大紱反對。俞認為眼前這位曾小姐過於天真，對國內抗戰情形亦不夠了解，徒憑一腔熱血欲棄多年的學術造詣不顧，去做一個並不熟悉行情的戰地記者，於國於己皆無益處，還是以教書和進研究機關為正途。曾昭燏亦覺俞大紱所言有理，遂打消了做一個記者的念頭，於11月4日到昆明靛花巷史語所租居之處拜見李濟。5日，曾昭燏與李濟、梁思永、吳金鼎夫婦共同聚餐，商談受聘中央博物院事宜。6日，赴昆明郊外溫泉傅斯年、俞大綵一家居處拜訪，就留學與歸國後的前途等與傅斯年做了推心置腹的交談。傅明確表示支持曾昭燏進中央博物院籌備處工作，並對曾的事業和前程寄予很大希望。10日，曾昭燏突接一親屬自昆明打來的長途電話，謂曾昭承來信，囑其回湘迎母，遂立即告別傅斯年夫婦搭車返回昆明。時俞大紱以“金陵大學文化研究所聘書相示”，但曾昭燏思母心切，無暇顧及。當天下午，由在西南聯大就讀的曾昭楣相送曾昭燏至汽車站，“別時不覺淚下。此去湘中烽火萬裏，未知能生還否也？”[27]按當時的行程計算，由昆明至湘中至少需要12天，且時逢戰亂，凶險莫測，故姐妹倆深感悲戚。
當曾昭燏乘車抵達桂林時，接曾昭承電報，告母似已逃出湘鄉，正向西南奔徙，囑其留桂探候。曾昭燏聞訊，立即在當地登報，並留有時住駐桂林的中央研究院物理研究所地址。11月23日，突有一個叫陳昭熙的表姐找上門來，謂家鄉淪陷，熙妹與母親及一男工逃出湖南抵達桂林，正準備趕往昆明投親，想不到在此地看到了報上的消息，真是曾家祖輩燒了高香，才得到這異地相逢的因緣。曾昭燏聞訊，悲喜交集，立即隨熙妹到下榻的旅館，母女相見，自是一番熱淚與親昵。
經過一番旅途周折和千辛萬苦，曾昭燏母女及隨行的親屬經貴陽、越南海防等地，總算於1月19日到達昆明，與家中在昆的親人團聚。也就是這一天，曾昭燏首次見到了剛從重慶回昆、分別四年的二哥曾昭掄，其親近歡樂之情非外人所能體會。第二天下午，曾昭燏來到西南聯大宿舍，與曾昭掄、俞大紱交談未來工作事宜，俞大紱告“金陵大學陳裕光校長以‘考古講座’名義邀請其至金大工業講學”，曾昭燏以“餘心在中央博物院”而辭謝了陳校長的好意。
其後，“為了使國內田野考古學的炬火不熄滅”（夏鼐語），在國難當頭的危難中，曾昭燏正式進入中央博物院籌備處，參加了史語所與中央博物院籌備處合組的蒼洱古跡考察團，於1939年2月9日與吳金鼎、王介忱等人，一道赴雲南大理蒼山洱海地區進行考古調查、發掘。借此際遇，曾昭燏大顯身手，首次向中國考古界展示了她卓越的才華和廣博的學識，發掘成果極為驚人。
1941年2月，曾昭燏以出眾的學術才能和組織能力，被任命為遷往李莊的中央博物院籌備處總幹事，位居李濟一人之下而統攬實際上的全局事務。此時夏鼐已攜英倫博士之盛名來到了李莊。自此，吳、曾、夏三位年輕的考古學家，勢同滔滔不盡的江河穿越層巒疊嶂的高山峻嶺，在揚子江盡頭的小鎮融會集結，並將以銳健的英姿和蓬勃朝氣，蕩漾開一片爛漫的風景。
——抗戰期間最著名的彭山漢代崖墓大規模調查發掘的序幕由此揭開。
發掘彭山漢墓
自1941年5月始，川康古跡考察團在彭山江口鎮方圓百裏的崎嶇山區展開調查，至1942年12月，共探明崖墓墓址900餘座。6月14日，考察團對江口附近崖墓開始大規模發掘。此後以江口為坐標，一直向西延伸，發掘地點計有寂照庵、石龍溝、丁家坡、豆芽坊溝、李家溝、砦子山等處，共發掘漢代崖墓77座，磚墓2座，所發掘墓葬均有詳細的勘測記錄並繪製了精確的實測圖。如曾昭燏後來撰寫的《永元殘墓清理報告》中，做了這樣的描述：
1941年6月12日，與吳金鼎君自寂照庵北行，往寨子山調查。於山之西向半腰上，見有近代石工所開之大缺口，其近處有一洞，蓋一已開之崖墓。入其內，見墓室尚完好，惟石槨破片與泥土堆積不平。吳君忽於墓之盡頭處左側，發現一內室，室門外兩側石上，各有刻字一行。向內一行過暗，不能讀。向洞口一行，有“永元十四年三月廿六日”字樣。既已知墓之年代，當即決意全部加以清理。