三百年來一大師
1928年，陳寅恪加入中央研究院史語所並出任第一組（曆史組）研究員兼主任。與李濟和趙元任不同的是，陳寅恪因不舍得丟掉清華國學研究院這個與自己建立了血肉情感的學術陣地，以及那些好學上進的學生，雖答應了傅斯年聘請，並未前往廣州赴任。當盛極一時的研究院解體後，陳寅恪仍在清華園擔任大學改製後的曆史、中文兩係合聘教授，史語所一組主任職務屬遙領性質，除人員聘請、職稱晉升與研究課題等大政方針親自操勞，具體事宜並不過問。
1929年春末，中央研究院史語所由廣州遷往北平北海靜心齋辦公，陳寅恪得以與史語所同人會合，並有了經常在一起研討的機會。而這個時候，經陳寅恪與天津一位叫李盛鐸的藏書家無數次談判，終於把清宮流出的號稱8000麻袋，計約6萬公斤內閣檔案（南按：即滿清入關後的檔案文書，曾作為廢紙被賣掉，後被羅振玉、李盛鐸先後獲得），以史語所名義買下並運到北海靜心齋供陳寅恪主持的一組整理研究——這是史語所自成立以來所獲得的第一筆寶貴史料和學術研究資源，史語所“有此一得，聲光頓起”，達到了一鳴驚人，為天下學界所重的奇效。隨著安陽殷墟發掘成果的擴大，史語所威望日隆，成為傲視群雄的學術重鎮。正如董作賓後來在《曆史語言研究所在學術上的貢獻》一文中所言：到了1948年，中央研究院已有13個研究所，史語所排行第九，“該是一位小弟弟，其實他一向在研究院中被推居老大哥的第一把交椅上”。史語所人員多達84人，比其他的所多一倍至九倍。而“那些兄弟所們，在敬、畏、妒，複雜情緒之下，不能不尊他是老大哥，稱之曰‘大所’”。[1]
正在往“大所”路上行走的傅斯年自搬來北平，大有潛龍歸淵、虎踞深山之勢。除了統率史語所本部人馬，傅氏還躍馬挺槍殺回北大，於霧色蒼茫中爭占地盤，以再展當年學生領袖的風采與輝煌。傅斯年入主北大公開的名號是北大文學院曆史係兼職教授，暗中的打算是借授課之機，發現讀書種子和有希望的學術研究苗子加以栽培籠絡，以便其人畢業後拉入史語所，繼續擴大“大所”的陣營和聲勢，後來加入史語所的胡福林——也就是在昆明不辭而別的那一位，就是這個時候被傅斯年發現並著意栽培的學生。對於北海靜心齋儲存的數量驚人的內閣大檔，傅斯年認為非陳寅恪出麵主持整理不可，於是要求在北平郊外清華園居住的陳寅恪，立即“改住北平，至少可以在北平住每周數日，以便從事上列（內閣檔案）工作”。[2]
既然擔負著史語所曆史組主任兼研究員之職，而整理內閣大檔的工作又屬於曆史組，陳寅恪責無旁貸，遂痛快地答應了傅斯年的要求，除保留清華園新西院36號的寓所，另在北平城內西四牌樓姚家胡同3號租賃了一處寬敞舒適的四合院，並把其父陳三立，連同本家大嫂從南京接來居住。有了城裏城外的兩處住房，且兩處住宅房間牆上都安裝了當時極其稀有的電話，陳寅恪開始比較從容地奔波於兩地之間。除在清華授課，大部分時間都在城裏北海靜心齋帶領史語所曆史組人員如徐中舒、勞榦、李光濤等人整理內閣檔案。這年9月，傅斯年與陳寅恪籌劃成立了“曆史語言研究所明清史料編刊會”，除傅、陳二人，另聘史學大家朱希祖、陳垣以及年輕的學術中堅徐中舒為編刊委員，擬列了一個龐大的出版計劃，曆史組人員一邊進行整理、分類、編目，一邊刊布印行，將珍貴史料公之於世，取名為《明清史料》。這是陳寅恪一生在生活上最舒心、精神上最得意、學術上最有創見的極盛時期。
可惜好景不長，1931年“九一八”事變之後，日本占據東三省，中國的政治、文化中心逐漸南移。1933年4月，遵照中央研究院總辦事處指令，史語所拔寨起程，由北平遷往上海曹家渡小萬柳堂辦公，除一小部分人員與內閣檔案留守北平外，其他人員全部南遷。陳寅恪不忍舍棄清華園生活環境與學術氛圍，沒有隨所遷移，仍留校任教，同時改任史語所“專任研究員暫支兼任薪”（南按：意為陳氏在史語所的主任與研究員名義保留，但隻給一點薪金補貼，主要薪水由清華支付）。這是陳寅恪與他所統領的史語所曆史組共同相處了四年之後首次分別。就陳寅恪當時的情形言，史語所自廣州成立之日起，就有遷北平的打算，而陳氏之所以答應傅斯年出任曆史組主任，正在於史語所遷北平後自己可以兩頭兼顧，或者辭去一頭而專顧另一頭，無論是在清華園任教，或到城內史語所辦公處從事專門的學術研究，二者皆可。想不到史語所僅在北平四年就來了個“孔雀東南飛”，一口氣跑到了上海，獨自留在清華園的陳寅恪遂有辭去史語所職務的打算，隻因時局動蕩，史語所最後在何處落腳生根仍未有明確的目標，盡管有定居南京的議案，但畢竟沒有落實，何況政局不穩，說不定哪一天又出個什麼岔子，再度返回北平亦未可知。於是，陳寅恪隻好采取靜觀待變的態度，視具體情形再做最後打算。1934年，中央研究院在南京北極閣興建的辦公地點陸續竣工，大部分研究所陸續遷入，史語所隨之由上海遷南京，同年5月增設人類學組，並於籌備完成後的1935年聘請歐洲歸國的大字號“海龜”吳定良博士主持。就在這個時候，陳寅恪產生了辭去史語所曆史組主任，一心一意在清華園教書的想法，但未得到蔡元培和傅斯年應允。