1936年春，傅斯年致函陳寅恪，請其赴南京參加史語所會議，就未來大政方針和發展方向進行商討。陳寅恪思慮再三，於1936年4月8日致函傅斯年，決定不予出席，並正式提出辭呈。函曰：
孟真兄左右：
首示敬悉。所以稽遲未即奉複者，以尚未決計南行與否故也。今決計不南行，特陳其理由如下：清華今年無春假，若南行必請假兩禮拜，在他人，一回來即可上課，弟則非休息及預備功課數日不能上課，統合計之，非將至三禮拜不可也。初意學生或有罷課之舉，則免得多請數日之假，豈知竟不然，但此一點猶不甚關重要。別有一點，則弟存於心中尚未告人者，即前年弟發見清華理工學院之教員，全年無請假一點鍾者，而文法學院則大不然。彼時弟即覺得此雖小事，無怪乎學生及社會對於文法學院印象之劣，故弟去學年全年未請假一點鍾，今年至今尚未請一點鍾假。其實多上一點鍾與少上一點鍾毫無關係，不過為當時心中默自誓約（不敢公然言之以示矯激，且開罪他人，此次初以告公也），非有特別緣故必不請假，故常有帶病而上課之時也。弟覺此次南行亦尚有請假之理由，然若請至逾二星期之久，則太多矣，此所以躊躇久之然後決定也。院中所寄來之川資貳佰元，容後交銀行或郵局彙還。又弟史語所第一組主任名義，斷不可再遙領，致內疚神明，請即於此次本所開會時代辭照準，改為通信研究員，不兼受[任]何報酬，一俟遇有機會，再入所擔任職務。因史語所既正式南遷，必無以北平僑人遙領主任之理，此點關係全部綱紀精神，否則弟亦不拘拘（泥）於此也。所欲言者尚多，特先約略奉複，即希鑒諒，並代候諸公，至深感幸。敬叩
撰安
弟寅恪頓首
【right引文】四月八日[3]
傅斯年接信，對陳寅恪提出的不出席會議和辭職事皆不照準，退而求其次，想出了一個“兩頭兼顧”之法，讓陳氏隻出席幾天會議，保證一個星期內可返北平。為了加重邀請的砝碼，傅斯年與李濟聯名拍發電報，以示尊崇和迫切之情，但陳氏仍未南下。4月13日，陳寅恪在致傅斯年、李濟的信中說道：“前日奉到來電，又遲疑久之，至今日仍決計不南行，殊負盛意，惶愧之至。弟雖可於一星期內往返，但事實上因身體疲勞及預備功課之故，非請假兩星期不可。自昨日起，又略感冒受涼，則短期內往還之可能更少矣。又弟請於暑假後解除第一組主任名義一事，實考慮再三，認有必要，否則亦不拘泥，務求兄等與諸公會商允許，不勝感禱之至。”信旁注數語，其中有“弟不列會或可便於討論，否則互相客氣，又恐不易決定矣。此亦不必到會之一小小理由也”。[4]
既然陳寅恪兩次複函表示不再南下，並列舉了相當的理由，傅斯年自然不便霸王硬上弓，強人所難，陳氏南下之事就此畫上了句號，隻是他所堅辭的史語所曆史組主任之職未能遂願，不但這年的暑假之後未能解除，即便在抗日烽火燃燒於大半個中國之時同樣沒有實現。以陳寅恪在學術界超凡的學識與名望，滿身霸氣的傅斯年好不容易才延攬到自己麾下，自然不會輕易放棄。令傅、陳二人都沒有想到的是，北平分別近五年之後，陳寅恪與史語所同人又有了一次相聚的機緣，隻是，這次相聚不在北平，亦不在南京，而是在硝煙彌漫、彈片橫飛的西南邊陲昆明城。