陳寅恪歸國時曾於國外購買一大批書，到清華後仍四處收購不輟。一次竟將積蓄的2000元購買一套日本印製的《大藏經》，約有二三百冊之巨，放於清華園寓所中研讀。此次陳封雄乘車趕到清華園陳氏寓所，本想把這套巨著一並帶上，無奈體積實在龐大，汽車空間有限，隻好暫時舍棄不顧，先把書桌內外的手稿及書桌周圍的書籍匆忙收拾起來塞進車內。當滿載書籍、手稿的汽車於慌亂中駛出清華大學西校門時，正好碰見一輛日軍坦克迎麵駛入，幾個鬼子嗷叫著鑽出坦克，荷槍實彈衝過來喝令汽車停下接受檢查。待車門打開，鬼子們揮動槍上的刺刀胡亂挑檢起來，見裝載的都是一捆捆的破書亂紙，有些失望地衝陳封雄嗚哩哇啦地喊了幾句聽不懂的鬼話，抬腳狠狠地踹了一下車門，示意放行。據陳封雄後來說，當時日軍仍在西苑一帶投彈，處境十分危險，遂沒有再返回清華園。翌日，因通州敗退之保安隊為日軍追擊，潰敗人員繞北平城北、城西而遁，西直門外萬壽寺之地猶有戰事，西直門連續幾日關閉，不能出城，逃入城內的朱自清、陳福田、吳有訓等清華教授皆乘車出城，欲入清華園搶救書籍、衣物，皆被阻回。後來清華園成了日軍的兵營，陳寅恪又遭逢父喪，沒再施行搶救措施，當年花費重金購買的《大藏經》和其他大量書籍全部下落不明。
正應了“福無雙至，禍不單行”的古話，陳寅恪入城之時，85歲高齡的父親陳三立老人已身染沉屙，行將不治。盧溝橋事變發生後，麵對山河破碎，生靈塗炭，日本軍隊咄咄逼人的凶妄氣焰，三立老人憂憤不已，情緒低沉，終致一病不起。無論家人如何勸慰，總是憂憤難平。臥床期間，每有親朋故舊前來探視，老人則艱難撐起病體，以低沉沙啞的聲調問道：“時局究竟如何，國軍能勝否？”外傳馬廠國軍大捷，老人特向來訪親友詢問消息是否確鑿。當中國軍隊敗退，有悲觀者言稱中國非日本人之對手，必棄平津而亡全國時，三立老人於病榻上圓睜二目，怒斥曰：“中國人豈狗彘不若，將終帖然任人屠割耶？”[10]言畢遂不再服藥進食，欲一死明誌。平津淪陷後，老人傷心欲絕，大放悲聲，曰：“蒼天何以如此對中國邪！”延至9月14日，一代詩文宗師溘然長逝。
炮火連天中，老父的不幸棄世，對陳家可謂雪上加霜。時陳寅恪幾個兄弟均在南方，因交通阻隔，一時難以趕赴北平奔喪，陳寅恪隻得在等待中先行準備喪事。
進入城中的吳宓自8月10日始，又幾次潛入清華園，將寓中書籍、衣服被褥等物皆清點裝箱，雇人力車拉回城內姑母家中保存。
9月2日，清華大學校長辦公處發出公告：“開學無期，現組織校產保管委員會，自九月份起停止發薪。”[11]各自設法向長沙集中，吳宓對此猶豫不決。23日，吳宓親至城內姚家胡同陳宅參加三立老人祭吊。此時，北平早已淪陷，日軍已進清華園，清華師生多數已躲避逃亡。吳與陳寅恪商量逃難辦法。吳宓不願南下，欲留北平暫避讀書，陳寅恪表示讚成，唯謂：“春間日人曾函邀赴宴於使館，倘今後日人徑來逼迫，為全節概而免禍累，則寅恪與宓等，亦各不得不微服他適矣。”[12]也就是說，日本人已注意到自己的身份並開始拉攏，且日後還會前來糾纏，身為富有民族骨氣的學界名流，要想不受日本人拉攏和脅迫，甘當漢奸，做有辱人格與民族氣節之事，就必須離開北平，遠走他鄉。於是，二人決定奔赴長沙臨時大學，吳宓比陳寅恪提前一個星期，也就是10月26日，攜兩位女學生與葉企孫、熊大縝等人一起離平去津，自此開始了流亡西南的亂離生活。而熊大縝抵津後，突然決定赴冀中參加中共指揮、呂正操直接領導的部隊抗日，就此踏上了前途撲朔迷離的艱險生涯。
吳宓與葉企孫等同事好友走後，陳寅恪繼續留在北平家中辦理喪事。國恨、家愁交疊而來，陳氏急火攻心，導致視力急劇下降，不得已到同仁醫院檢查，診斷為右眼視網膜剝離，醫生叮囑及時入院手術治療，不可延誤。陳氏聽罷，麵露驚慌之色，但猶豫不決。據陳寅恪女兒陳流求回憶說：“記得那天晚上祖父靈前親友離去後，父親仍久久斜臥在走廊的藤躺椅上，表情嚴峻，一言不發。”又說：“考慮到當時接受手術治療，右眼視力恢複雖有希望，但需費時日長久。而更重要的是父親絕不肯在淪陷區教書，若在已陷入敵手的北平久留，會遭到種種不測。當年，美延剛出生，流求八歲（南按：應為九歲）。側聽父母嚴肅交談反複商量，從大人的語句中感覺出父母做出決定很慎重，也極艱難。父親終於決定放棄手術治療眼疾，準備迅速趕赴清華大學內遷之校址。此時父輩四兄弟均已抵達，共議祖父身後事，在祖父逝世後剛滿‘七七’尚未出殯時，於11月3日父親隱瞞了教授身份，攜妻帶女，離開北平，決心用唯一的左眼繼續工作。”[13]