一家人喘息未定，長沙臨時大學又奉命南遷雲南昆明，陳寅恪隻好攜家眷繼續登程。在遷往昆明的三條路線中，陳家選擇了水路。在南下之前，陳寅恪將清華園搶運出的一批私人書籍另行打包郵寄長沙，但直到要離開此地時，郵寄的書籍因交通阻隔尚未收到。眼看師生已走大半，陳氏已顧不得許多，隻好攜家眷起程。據流求回憶：“我們離長沙時已經霜凍，經衡陽搭乘長途汽車，途中拋錨，走走停停，夜宿零陵縣，入夜米糖開水的叫賣聲，提醒我們逃難的路程已由遼闊的華北平原到達祖國富饒的南方了。”[15]接著乘汽車到廣西桂林市。廣西是唐筼的故鄉，父母早已去世，有些親屬在桂林工作和居住。這是一座看上去較北方安靜的古城，買賣貨物使用的是“桂幣”，物價尚平穩。陳家住進靠近湖畔的一家旅館，一麵做繼續上路的準備，一麵在城中拜訪唐氏的本家或親戚。
桂林的日子很快過去，陳寅恪一家又要急著趕路。在蒙蒙細雨中，一家人登上長途汽車，經平樂到達廣西梧州市，稍事休息，再轉內河輪船，沿江夜航而下，經虎門抵達香港。此時已是1937年陰曆歲末了。
初到香港，陳夫人唐筼因旅途勞累過度，心髒病突發，三女美延又身染百日咳，高燒發熱，晝夜尖叫咳嗽不止，全家不能再行，隻好找一家旅館住下。據流求筆記：“這時香港大學許地山教授夫婦來我們旅館看望，見三妹患病發高燒，許伯母把我和二妹帶到他們家，並代租賃房屋暫住。我家就在這簡單行李和家具的房子裏度過逃難後的第一個春節。”[16]大年之夜，幽暗的燈光映照下的餐桌上，唐筼悄悄叮囑女兒：“王媽媽和我們奔波半年，過舊曆年總要讓她多吃幾塊肉。”意思是讓尚不太懂事的流求、小彭們主動克製、謙讓一些，盡量讓王媽媽多嚐到一點難得的美味。王媽媽從旁側聞聽，感動得淚流滿麵。
春節過後，陳寅恪必須趕往西南聯大授課，唐筼心髒病未愈，體力不支，不能隨行。陳氏隻好告別家人，獨自一人先行上路，自香港取道安南海防市抵達雲南蒙自。幾個月的艱苦跋涉，令陳寅恪與吳宓、朱自清等清華同人在這座邊陲小城再度相聚，抗戰流亡的生命曆程中添加了一個特殊的注腳。
由長沙到蒙自
因內地戰事連連失利，凶悍的日軍燒殺搶掠，大批官僚、士紳、商人與難民紛紛向西南邊陲，尤其是被譽為春城的昆明逃奔而來，使這座舒展安詳的“世外桃源”很快淹沒在滾滾人流與嘈雜的喧囂之中。物價開始上漲，房舍更是高度緊張，幾有爆棚、揭蓋的跡象。麵對此情，提前趕至昆明的西南聯大常委蔣夢麟，遂產生讓聯大師生暫在雲南蒙自落腳之意。
1938年2月底，蔣夢麟給長沙臨大外文係主任葉公超拍發一份電報，內稱：“昆明校舍無著，工料兩難，建築需時。蒙自海關銀行等處閑置，房屋相連，可容900人，據視察報告，氣候花木均佳，堪作校址。”[17]未久，在“雲南王”龍雲直接過問、協調與昆明各界人士鼎力相助下，臨時大學總算在昆明租到昆華農校與幾家會館以備急需，但校舍仍不能滿足全校師生需求。於是，蔣夢麟親赴蒙自考察，受到當地政府與士紳的歡迎，蔣認為此處可以供部分師生容身。3月14日下午，由蒙自返昆的蔣夢麟召集張伯苓、周炳琳、施嘉煬、吳有訓、秦纘、鄭天挺等校務負責人在昆明全蜀會館開會，決定聯大文法學院設在蒙自，暫名蒙自分校，並派出鄭天挺（北大）、王明之（清華）、楊石先（南開）前去籌備。王、楊二人先於鄭天挺抵達蒙自辦理租賃等手續，很快籌備就緒。
蒙自位於雲南省南部邊陲，為一偏僻的縣級小城，靠近紅河，可與安南（今越南）通航。19世紀50年代末60年代初，法國用武力侵入越南南部，繼而探測從越南通往中國雲南的航線，期間不斷派出軍隊窺探、入侵越南北部，1882年侵占北越重鎮河內等地。
1883年，法國擴大侵越戰爭，迫使越南朝廷屈服，法國取得了對越南的“保護”權。中國原與越南屬宗藩關係，清政府為防止法國占領北越、危及中國邊境，遂在西南邊陲增派了軍隊，加強防務。此時法軍已不把奄奄一息的大清王朝放在眼裏，公然向清軍挑戰，中法戰爭隨之爆發。光緒十一年（1885）4月4日，中法雙方匆匆簽訂停戰條件，戰爭終止。這年的6月9日，清政府代表李鴻章與法國公使巴特納在天津正式簽訂《中法和約》，即《中法會訂越南條約》，或《越南條款》，又稱《中法新約》《李巴條約》。條約共10款，其中第一、二、五條為：清政府承認法國對越南的保護權；中越陸路交界開放貿易，中國邊界內開辟兩個通商口岸，一在保勝以上，一在諒山以北，允許法國商人在此居住並設領事。