因海關舊址荒草叢生，蛇蚊特多，令人生畏，大多數教授想到條件較優的歌臚士洋行樓上居住，但洋行房間有限，需抽簽決定。對此，鄭天挺有過這樣一段回憶：“我原住法國銀行314號，大批教授來到後，又重新抽簽。314號為羅常培、陳雪屏抽得，我抽至歌臚士洋行5號房，邱大年住4號房，於5月3日遷入。此外住在歌臚士樓上的尚有聞一多、陳寅恪、劉叔雅、樊際昌、陳岱孫、邵循正、李卓敏、陳序經、丁佶等十幾人。”又說：“寅恪先生到蒙自稍晚，未帶家屬。經常與我們一起散步，有時至軍山，有時在住地附近。當時他身體尚好，我們一起去過蒙自中學參觀圖書。臨離開蒙自時，大家曾去該地的黑龍潭遊玩，往返15裏，曆時數小時。”[22]
陳寅恪與政治係教授浦薛鳳（號逖生）及一女生，在安南乘火車於4月23日下午4時才抵達碧色寨，而後轉乘小火車到達蒙自海關舊址，時已暮色蒼茫，在與朱自清等教授見麵後，方知臨時大學已改為國立西南聯合大學，而原設在西安的臨大，也已遷往漢中，改為國立西北聯合大學了。第二天，經與分校總務主任樊際昌商量通融，陳寅恪與浦薛鳳、沈乃正等三教授沒用抽簽，即允準移住歌臚士洋行樓上一大一小相通的兩室，浦、沈住外麵一大間，陳寅恪獨住裏麵一小間。一個星期後，聞一多由昆明來蒙自，住歌臚士洋行樓上2號一室。教授房中設備統一配置，分別是每人板床一張（三塊板兩張長凳拚鋪而成），書桌一，木椅一，洋油燈一，餘則一無所有。因條件實在過於簡陋，陳寅恪等各出四元錢，每人向歌臚士洋行購得舊藤椅一把，後來的教授雖欲出重價索購，但藤椅早已售光，隻能因陋就簡，應付度日了。
由長沙經香港、安南赴滇時，陳寅恪把自己隨身攜帶的文稿、拓本、照片、古代東方書籍，以及經年批注的多冊《蒙古源流》《世說新語》《新五代史》等，連同部分文獻資料，裝入兩隻木箱交於鐵路部門托運——這是他幾十年心血凝聚並視為生命的珍貴財富。萬沒想到的是，待陳氏趕到蒙自，雇人力車夫將運來的木箱拉到居住處興衝衝打開校點，卻發現箱內隻有磚頭數塊，書籍等物蹤跡絕無。麵對如此慘狀，陳寅恪當場昏厥。後據校內同事分析推斷，很可能木箱在越南海防換滇越火車時發生了變故，而盜竊者可能就是鐵路行業內部的不法分子，他們誤以為箱內盛有金銀珠寶，或其他貴重物品，遂想法竊走，因多數書都由包袱或其他物包藏，竊賊並不以為是書，或以為書中夾有重金。為防盜事過早暴露，另易磚頭數塊入箱內，以此蒙混過關。可以想象的是，當盜賊們懷著滿腹發財的欲望在暗處打開包袱，發現包藏的竟是一堆破舊書籍時，一定氣得七竅生煙。而流亡西南的陳寅恪眼望一堆磚頭和兩隻空箱，自是悲憤交加，頓足捶胸，徒歎奈何？奈何？！
陳寅恪所丟之物，並不是傳統意義上所謂的“珍籍秘本”，而是他曾花費無數心血用蠅頭小楷，在書眉詳細記錄相關資料以及自己心得的批注本，其間有蒙古史、佛教史和古代東方書籍。這一批眉批本，可說是他研究工作的“半成品”，是心血與思想的結晶，若在此基礎上進一步加工潤色，便是一部完整的作品。這些書籍在陳寅恪心中的地位之高和價值之巨，是一切讀書人特別是靠讀書、著書安身立命的知識分子所能深切體會的。1942年9月23日，陳寅恪在給好友、武漢大學文學院院長劉永濟的信中，對此次遺失書籍與手稿做了如下披露：
弟廿十年來所擬著述而未成之稿，悉在安南遺失。中有蒙古源流注，係依據其蒙滿文諸本，並參稽其所出之西藏原書四庫提要所謂咖喇卜經等者，考訂其得失。與沈乙庵書大異。後聞伯希和在庫倫獲元秘史元本，故欲俟其刊布，再有所增刪。用力雖勤而原書價值頗不高，今稿既已失去，亦不複談論此事矣。
又有世說新語注，主旨在考釋魏晉清談及糾補劉注之疏失。