當此之時，住在靛花巷史語所樓上的陳寅恪等人，同樣遭受敵機轟炸的威脅，為了躲避空襲，傅斯年命人在樓前空地挖了一個大土坑，上蓋木板以做防空洞之用，但坑裏經常水深盈尺。住在三樓的陳寅恪一遇到警報，不惜帶著椅子坐在水裏，一直等到警報解除。為此，陳寅恪曾專門做過一副帶有調侃意味的對聯：“聞機而坐，入土為安。”[10]“機”，是指日本的飛機，“入土”者，入防空洞也。每次警報一鳴，眾人爭先恐後向防空洞奔跑，盡快“入土為安”。這個時候，身體虛弱的陳寅恪不但右眼已經失明，左眼也開始患疾，視力模糊，行動極其不便。又由於有睡早覺和午覺的習慣，傅斯年怕陳氏聽不到警報或聽到警報而因視力不濟遭遇危險，每當警報響起，眾人大呼小叫地紛紛向樓下奔跑，傅斯年則搖晃著肥胖的身軀，不顧自己極其嚴重的高血壓和心髒病，喘著粗氣，大汗淋漓地向樓上急奔，待跑到三樓把陳寅恪小心地挽扶下來，送進防空洞“為安”，才算了卻了一件心事，此舉在昆明學界傳為佳話。正是由於陳寅恪、傅斯年等人的密切合作與共同努力，才使一個並不為時人所重的曆史語言研究所一躍成為中國史學研究的中心，並開一代史學研究之風氣。許多年後，曾追隨陳寅恪治學的史語所曆史組研究員勞榦在台灣孤島上回憶往事的時候說道：“二十年來的曆史研究，國內幾個好的大學及研究機關，雖然都有他的貢獻，但孟真主持的中央研究院曆史語言研究所以及北京大學文科研究所，的確能做到中心地位。尤其曆史語言研究所的有關曆史部分在陳寅恪先生以曆史學先進、謹嚴而淵博的方法領導之下，影響尤深。”[11]此為讚譽，也是實話。
史語所撤出昆明遷入郊外龍頭村後，陳寅恪的日常生活主要由好友、聯大外文係的吳宓照應。當時吳宓住在玉龍堆，也就是後來改建的雲南大學校門附近，與靛花巷相隔不遠。每有警報響起，吳宓立即拋下手中事務，跑到陳寅恪居住的樓上將其扶下，因靛花巷樓下的防空洞過於狹小，吳不樂意委屈自己，乃攜陳寅恪向遠一點的山中躲避。好在穿過雲大校園至環城北路就是白泥山（南按：吳在日記中稱“第一山”），或越過古驛道至小虹山（南按：吳稱“第二山”），二者路程皆不遠，且山下蘇家塘村還有幾個茶點水果和燒餌塊的小鋪子，敵機來之前和之後可在此小住休息，吃些茶點之類的食物充饑，順便打發無聊的時光，算是一個駐足歇息的好去處。據吳宓1940年10月28日（星期一）日記載：
晴。晨，上課不久，7：15警報至。偕恪隨眾出，仍北行，至第二山避之。12：30敵機九架至，炸圓通山未中，在東門掃射。時宓方入寐，恪坐宓旁。……2：00同恪在第二山前食塗醬米餅二枚。[12]