剛剛躲過被驅逐的厄運，夜幕沉沉中，忽又傳來對麵樓上陣陣淒慘的哭叫聲與廝打聲，睡夢中的陳家驚恐而起，緊張地聽著外麵的動靜，直到天將大亮哭叫聲才漸漸平息。次日有鄰居轉告，說是昨夜前方樓上一家五個花姑娘遭到日本大兵的強奸汙辱。此時陳家大女兒流求已上初中，母親唐筼聽罷打了個寒戰，立即從身旁摸過剪刀，一把拉過流求，不由分說，“嘁裏喀喳”把頭發剪掉，又找出陳寅恪的舊衣讓其穿上，女扮男裝，以躲避可能的不測。恰在此時，又傳來蔡元培夫人家中遭劫的消息，陳寅恪急忙跑去一看，蔡家錢物被洗劫一空，據說是當地一夥不法之徒趁亂所為。蔡夫人悲慟不已，幾次昏死，陳寅恪欲助其難，但已是泥菩薩過河——自身不保，隻好空言勸慰，以減輕對方精神苦痛。
在不能出門、無法逃亡，隻有苦撐待變的日子裏，陳寅恪強支病弱之軀，取一巾箱坊本《建炎以來係年要錄》（十二卷）倚床抱持誦讀。此為宋代史家李心傳所撰，建炎是南宋高宗趙構的年號。自建炎以來，正是強鄰壓境，中國由統一走向分裂的時代。戰與和、忠與奸、愛國與賣國、抗戰與投降的矛盾貫穿著這一時期的進程。當讀到汴京圍困屈降諸卷，淪城之日，謠言與烽火同時流竄，陳氏取當日身曆目睹之事與史實印證，不覺汗流浹背，有切膚之感受。在書的最後一卷，陳寅恪跋曰：“於萬國兵戈饑寒疾病之中，以此書消日，遂匆匆讀一過。昔日家藏殿本及學校所藏之本雖遠勝此本之為訛脫，然當時讀此書猶是太平之世，故不及今日讀此之親切有味也。”[33]
建炎以來誌士仁人堅守民族氣節的愛國事跡，激起了陳氏共鳴。未久，駐港日本憲兵首領得知陳寅恪乃世界聞名的學者，便祭出安撫、拉攏之道，欲令其為日本謀事。對此，令幾個憲兵拉兩袋當時在港島已極其緊缺，而陳家又特別急需的大米以示恩賜。陳寅恪夫婦見狀並得知來曆，竭盡力氣把已放於室內的米袋拽了出去，奉令行事的憲兵嗚哩哇啦地說著鬼話又一次搬回，陳氏夫婦再度拽出。如此往複多次，最後陳寅恪麵帶怒容用日語高聲斥責憲兵，並告知寧肯一家餓死也不要這來曆不明的大米，憲兵們見狀，知強迫無用了，不再爭持，將米袋拉了回去。
事情並未就此了結，春節過後，忽有一位自稱陳寅恪舊日學生的人來訪，謂奉命請其到淪陷區廣州或上海任教，並撥一筆巨款讓陳老師籌建文化學院。陳寅恪聽罷，憤而將對方趕出家門，並謂“你不是我的學生”。待靜下心來一想，感到自己的處境越來越危險，說不定哪一天會被日偽漢奸強行利用，想要不與狼共舞，就必須想方設法逃離港島。而這時，在重慶的朱家驊已拍發密電至澳門，委一國民黨地下人員告知陳寅恪，謂某日將有人攜款由澳門至香港某地等候接應，請陳寅恪設法與其人接頭，並攜家眷按計劃出逃。但這位攜款人由澳門赴香港五次接頭，均因日軍盤查甚嚴，未達到目的。陳寅恪眼見形勢緊迫，知事不可為，遂產生了冒死突圍的想法，經過一番籌劃與化裝打扮，陳氏攜全家老小於1942年5月5日夜，乘一艘運糧的小商船，在夜幕掩護下悄悄逃離了墳墓般的孤島，並在抵達澳門時得以與接應者謀麵。對方奉朱家驊之命送來由中央研究院和中英庚款基金會共同撥發的款項19000元，另有部分逃亡的川資。饑寒交迫的陳寅恪得到這筆款子，如得天助，遂攜家踏上了逃往內地的曆程。先是由澳門乘船取道廣州灣（即湛江），再由陸路乘車向內地進發，一路艱苦跋涉，於6月抵達廣西桂林。